[日本語] English
万見
- PDB-4g3f: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3f
タイトルCrystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to a 2-(aminothiazoly)phenol (cmp2)
要素NF-kappa-beta-inducing kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / non-RD kinase / protein serine/threonine kinase / NF-kappaB / structure-based drug design / MAP3K14 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center ...CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0WB / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.642 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / de Leon-Boenig, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of the NF-kappaB inducing kinase reveals a narrow but flexible active site.
著者: de Leon-Boenig, G. / Bowman, K.K. / Feng, J.A. / Crawford, T. / Everett, C. / Franke, Y. / Oh, A. / Stanley, M. / Staben, S.T. / Starovasnik, M.A. / Wallweber, H.J. / Wu, J. / Wu, L.C. / ...著者: de Leon-Boenig, G. / Bowman, K.K. / Feng, J.A. / Crawford, T. / Everett, C. / Franke, Y. / Oh, A. / Stanley, M. / Staben, S.T. / Starovasnik, M.A. / Wallweber, H.J. / Wu, J. / Wu, L.C. / Johnson, A.R. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NF-kappa-beta-inducing kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2912
ポリマ－36,9801
非ポリマー3111
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.789, 135.619, 64.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-910-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 36979.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, NF-kappaB inducing kinase (NIK), Nik / プラスミド: pAcGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q9WUL6, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-0WB / 3-{2-[(5-fluoro-2-hydroxyphenyl)amino]-1,3-thiazol-4-yl}benzonitrile


分子量: 311.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10FN3OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 uL plus 2 uL well solution containing 1 mm cmp2, 100 mM bis-TRIS pH 6.5, 100 mM sodium chloride, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月29日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 39429 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3607 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.642→33.226 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 3946 10.01 %Random
Rwork0.1773 ---
all0.1804 39407 --
obs0.1804 39407 97.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.725 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0551 Å2-0 Å20 Å2
2---0.1335 Å20 Å2
3---0.0784 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.642→33.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 0 22 244 2686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1233462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.345970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6425-1.66250.26111320.24811153X-RAY DIFFRACTION89
1.6625-1.68350.25221510.22331209X-RAY DIFFRACTION95
1.6835-1.70570.21431380.21151205X-RAY DIFFRACTION95
1.7057-1.7290.22611140.19091242X-RAY DIFFRACTION95
1.729-1.75380.24231480.19241230X-RAY DIFFRACTION95
1.7538-1.77990.26481190.19711244X-RAY DIFFRACTION96
1.7799-1.80770.22931630.17771247X-RAY DIFFRACTION97
1.8077-1.83740.21791350.17841233X-RAY DIFFRACTION97
1.8374-1.86910.22681370.16691278X-RAY DIFFRACTION97
1.8691-1.9030.19691490.17291235X-RAY DIFFRACTION97
1.903-1.93960.20481370.16571242X-RAY DIFFRACTION97
1.9396-1.97920.20811460.16211264X-RAY DIFFRACTION98
1.9792-2.02230.21681380.15721259X-RAY DIFFRACTION97
2.0223-2.06930.20311430.1571245X-RAY DIFFRACTION97
2.0693-2.1210.2231300.16411278X-RAY DIFFRACTION97
2.121-2.17840.18271450.16331256X-RAY DIFFRACTION98
2.1784-2.24250.19091500.16551272X-RAY DIFFRACTION98
2.2425-2.31480.20711360.16221260X-RAY DIFFRACTION98
2.3148-2.39750.21521370.17191301X-RAY DIFFRACTION98
2.3975-2.49350.21541300.17651291X-RAY DIFFRACTION98
2.4935-2.60690.1971500.17521268X-RAY DIFFRACTION98
2.6069-2.74430.22061460.18121285X-RAY DIFFRACTION99
2.7443-2.91620.20031350.19341304X-RAY DIFFRACTION99
2.9162-3.14120.23021750.18521266X-RAY DIFFRACTION98
3.1412-3.4570.21440.18011297X-RAY DIFFRACTION99
3.457-3.95650.18281460.17191335X-RAY DIFFRACTION99
3.9565-4.98210.17421310.15311358X-RAY DIFFRACTION99
4.9821-33.23240.23811410.21271404X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7599 Å / Origin y: 17.8369 Å / Origin z: 2.465 Å
111213212223313233
T0.0698 Å20.0021 Å20.0097 Å2-0.0968 Å2-0.0073 Å2--0.0827 Å2
L0.1815 °2-0.1773 °20.1619 °2-1.0653 °2-0.5144 °2--0.9699 °2
S0.0125 Å °-0.0054 Å °-0.0145 Å °0.0111 Å °0.0021 Å °0.0508 Å °0.1007 Å °-0.0081 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 345:676)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る