PDB-4g3d: Crystal structure of human NF-kappaB inducing kinase (NIK)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g3d

タイトル

Crystal structure of human NF-kappaB inducing kinase (NIK)

要素

NF-kappa-beta-inducing kinase

キーワード

TRANSFERASE / non-RD kinase / protein serine/threonine kinase / NF-kappaB / MAP3K14

機能・相同性

機能・相同性情報

TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Hymowitz, S.G. / de Leon-Boenig, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of the NF-kappaB inducing kinase reveals a narrow but flexible active site.
著者: de Leon-Boenig, G. / Bowman, K.K. / Feng, J.A. / Crawford, T. / Everett, C. / Franke, Y. / Oh, A. / Stanley, M. / Staben, S.T. / Starovasnik, M.A. / Wallweber, H.J. / Wu, J. / Wu, L.C. / ...

履歴

登録	2012年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g3d.cif.gz	475.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g3d.ent.gz	395.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g3d_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g3d_full_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示
XML形式データ	4g3d_validation.xml.gz	42.9 KB	表示
CIF形式データ	4g3d_validation.cif.gz	58.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g3cC 4g3eC 4g3fC 4g3gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4idv-1 6g4y-1 3srj-1 3pxp-3 5vd0-d 4idv-3 4idv-2 6g4y-2 6g4z-2 5t8p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NF-kappa-beta-inducing kinase

B: NF-kappa-beta-inducing kinase

D: NF-kappa-beta-inducing kinase

E: NF-kappa-beta-inducing kinase

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NF-kappa-beta-inducing kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NF-kappa-beta-inducing kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
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3

D: NF-kappa-beta-inducing kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
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4

E: NF-kappa-beta-inducing kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.746, 145.851, 230.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.998665, 0.04522, 0.024954), (-0.017572, 0.751816, -0.659138), (-0.048567, 0.65782, 0.751608)	-8.16074, 5.4088, -23.18439
3	given	(-0.988703, 0.130267, -0.074143), (-0.065251, 0.071258, 0.995321), (0.134941, 0.988915, -0.061953)	43.4327, -78.60721, 38.17986
4	given	(-0.993738, 0.07328, 0.084353), (-0.007207, 0.711314, -0.702838), (-0.111505, -0.699044, -0.706331)	37.34609, 40.64146, 160.30974

#1: タンパク質	NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK 分子量: 40712.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NF-kappaB inducing kinase (NIK), NIK / プラスミド: pAcGP67 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 参照: UniProt: Q99558, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1:1 protein and well solution of 100 mM imidazole (pH 6.5), 1 M sodium acetate tri-hydrate, 7.5% 1,6-hexanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月28日
放射	モノクロメーター: 0.97945 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 35489 / Num. obs: 35489 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / R_sym value: 0.611 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Web-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→47.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 35.575 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26646	2687	8 %	RANDOM
R_work	0.20071	-	-	-
obs	0.20601	31030	95.22 %	-
all	-	33717	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.77 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9325	0	3	18	9346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	9527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.039	1.965	12889
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.154	5	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.894	23.698	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.73	15	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.03	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.96 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.256	1625	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	85.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9839	0.5904	0.0709	2.7521	-0.7855	0.3204	0.1485	-0.1635	0.0389	-0.2912	-0.1038	0.0039	0.072	0.0364	-0.0448	0.375	-0.0298	0.0005	0.3781	-0.0098	0.4569	10.1373	30.5034	39.3384
2	1.0452	0.0519	-0.0652	1.9936	-0.87	0.9146	0.1426	0.1008	0.1043	0.1758	-0.1717	0.02	0.0209	0.0792	0.029	0.2848	-0.0308	0.0024	0.4745	0.0689	0.4145	8.7148	6.2349	53.3823
3	0.9425	0.648	-0.1957	1.0184	-0.4311	2.7663	0.0035	0.0218	-0.0901	-0.2215	0.0532	-0.0359	-0.2037	-0.0375	-0.0567	0.441	0.0204	0.0471	0.3374	-0.0458	0.4185	14.6835	60.786	30.8365
4	2.4657	0.4782	0.005	0.5655	0.329	1.2314	0.2758	-0.1189	-0.2476	0.1237	-0.1548	-0.0269	0.0048	0.0175	-0.121	0.2782	-0.0095	-0.0514	0.4367	0.0129	0.4734	12.5762	52.1493	57.3259
5	0.6269	0.4678	-1.5049	2.3124	-0.9303	3.8664	0.1784	-0.0067	-0.0073	0.3785	-0.2296	0.2159	-0.289	0.2511	0.0512	0.7045	0.0036	0.102	0.3211	-0.0334	0.1884	25.0912	4.204	110.331
6	1.1549	0.0605	-0.4983	1.5099	-1.0531	3.1946	0.1306	0.1685	0.0637	-0.0399	0.1295	-0.131	-0.8046	-0.1557	-0.2602	0.8244	-0.0931	0.124	0.1508	0.0462	0.2599	31.2202	16.8088	85.9221
7	1.6113	0.2929	-0.5506	2.5195	-0.1836	2.4438	0.0493	0.1337	0.0827	0.2169	0.0141	-0.0033	0.3387	0.0196	-0.0634	0.6484	0	-0.1067	0.2654	0.0119	0.243	40.7148	75.5088	90.2764
8	2.4558	0.5521	-1.1153	4.2014	-1.0715	0.7401	-0.1256	0.152	-0.1676	0.4173	0.0531	-0.0426	0.2472	-0.0341	0.0725	1.2697	0.0573	-0.0878	0.0684	-0.0114	0.1038	38.873	47.8533	95.7349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	332 - 470
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	471 - 671
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	332 - 470
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	471 - 666
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	338 - 470
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	471 - 657
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	332 - 470
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	471 - 663

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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