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- PDB-4g33: Crystal Structure of a Phospholipid-Lipoxygenase Complex from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g33
タイトルCrystal Structure of a Phospholipid-Lipoxygenase Complex from Pseudomonas aeruginosa at 2.0 A (C2221)
要素15S-LIPOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Non-heme iron enzyme / Protein-phospholipid complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oleate 10S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / linoleate 13S-lipoxygenase / linoleate 13S-lipoxygenase activity / lipid oxidation / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-ZPE / Linoleate 9/13-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Carpena, X. / Garreta, A. / Val-Moraes, S.P. / Garcia-Fernandez, Q. / Fita, I.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2013
タイトル: Structure and interaction with phospholipids of a prokaryotic lipoxygenase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Garreta, A. / Val-Moraes, S.P. / Garcia-Fernandez, Q. / Busquets, M. / Juan, C. / Oliver, A. / Ortiz, A. / Gaffney, B.J. / Fita, I. / Manresa, A. / Carpena, X.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 15S-LIPOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2588
ポリマ－75,0541
非ポリマー1,2047
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 15S-LIPOXYGENASE
ヘテロ分子

A: 15S-LIPOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,51516
ポリマ－150,1072
非ポリマー2,40814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area12110 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area47410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.850, 97.276, 157.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 15S-LIPOXYGENASE / LINOLEATE LIPOXYGENASE


分子量: 75053.500 Da / 分子数: 1
断片: Secretable Pa_LOX without the periplasmic signal peptide
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8RNT4, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ZPE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradec-5-enoyloxy)propyl (11Z)-octadec-11-enoate


分子量: 687.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H70NO8P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE PHOSPHOLIPID HAS FATTY ACID CHAINS OF 18 (SN1) AND 14/16 (SN2) CARBON ...PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE PHOSPHOLIPID HAS FATTY ACID CHAINS OF 18 (SN1) AND 14/16 (SN2) CARBON ATOMS IN LENGTH.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 42120 / Num. obs: 42120 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 27.81 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.648 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
BUSTER2.10.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G32

4g32


解像度: 2.03→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9185 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 2164 5.21 %RANDOM
Rwork0.1801 ---
obs0.1824 41570 98.35 %-
all-41570 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0539 Å20 Å20 Å2
2--10.1872 Å20 Å2
3----12.2411 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.335 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5095 0 78 243 5416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095312HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.037223HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1809SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes116HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes783HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5312HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion674SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6417SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 151 5.23 %
Rwork0.2201 2737 -
all0.223 2888 -
obs--98.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.5247 Å / Origin y: -25.5076 Å / Origin z: -22.0229 Å
111213212223313233
T-0.0244 Å2-0.0022 Å2-0.0932 Å2--0.0843 Å20.0307 Å2--0.0683 Å2
L1.6418 °20.7546 °20.3513 °2-1.7952 °2-0.0143 °2--0.6344 °2
S0.0036 Å °-0.1048 Å °-0.3612 Å °0.0045 Å °0.0016 Å °-0.3537 Å °-0.0755 Å °-0.0406 Å °-0.0051 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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