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- PDB-5ir4: Crystal structure of wild-type bacterial lipoxygenase from Pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ir4
タイトルCrystal structure of wild-type bacterial lipoxygenase from Pseudomonas aeruginosa PA-LOX with space group C2221 at 1.48 A resolution
要素Arachidonate 15-lipoxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME IRON ENZYME / PROTEIN-PHOSPHOLIPID COMPLEX / EICOSANOIDS / INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / linoleate 13S-lipoxygenase activity / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid metabolic process / periplasmic space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZPE / Lipoxygenase LoxA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Kalms, J. / Banthiya, S. / Galemou Yoga, E. / Kuhn, H. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research FoundationUniCat - Research Field E3-1 ドイツ
German Research FoundationKu961/11-1 ドイツ
German Research FoundationGRK1673 ドイツ
German Research FoundationSFB740-B6 ドイツ
German Research FoundationSFB1078-B6 ドイツ
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Structural and functional basis of phospholipid oxygenase activity of bacterial lipoxygenase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Banthiya, S. / Kalms, J. / Galemou Yoga, E. / Ivanov, I. / Carpena, X. / Hamberg, M. / Kuhn, H. / Scheerer, P.
履歴
登録2016年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 15-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,60813
ポリマ－75,0541
非ポリマー1,55412
水9,944552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.744, 97.391, 153.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-711-

MG

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Arachidonate 15-lipoxygenase / 15-LOXm LINOLEATE 13-LIPOXYGENASE


分子量: 75053.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: loxA, PA1169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I4G8*PLUS, linoleate 13S-lipoxygenase, EC: 1.13.11.13

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非ポリマー , 7種, 564分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ZPE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradec-5-enoyloxy)propyl (11Z)-octadec-11-enoate


分子量: 687.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H70NO8P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 12 % PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→48.97 Å / Num. obs: 104548 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G33

4g33


解像度: 1.48→48.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.41 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15514 5276 5 %RANDOM
Rwork0.1358 ---
obs0.13677 99223 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0 Å20 Å2
2---0.69 Å2-0 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.48→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5035 0 99 552 5686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9817640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854312342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7025726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30122.988241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7915860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6281549
LS精密化 シェル解像度: 1.479→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 446 -
Rwork0.297 7076 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19640.0327-0.06860.1299-0.03730.03640.0008-0.01380.00320.0108-0.0057-0.00880.0004-0.00060.00490.0131-0.0088-0.0020.01810.00190.004614.88626.0075-21.5849
21.52080.6217-1.34571.0743-0.23461.3123-0.02320.0423-0.12710.1765-0.0882-0.1140.1164-0.08590.11140.0621-0.0266-0.00190.02270.00920.02122.222513.6247-19.1775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2A702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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