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- PDB-4g0h: Crystal structure of the N-terminal domain of Helicobacter pylori... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g0h
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of Helicobacter pylori CagA protein
要素Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
キーワードTOXIN / cytotoxin / integrin beta 1 / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin transmembrane transporter activity / molecular adaptor activity
類似検索 - 分子機能
CagA exotoxin domain III / Type IV secretion system CagA exotoxin / CagA exotoxin, phosphopeptide substrate mimic region / CagA, N-terminal / CagA exotoxin phosphopeptide substrate mimic region / CagA protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kaplan-Turkoz, B. / Remaut, H. / Dian, C. / Louche, A. / Terradot, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural insights into Helicobacter pylori oncoprotein CagA interaction with beta 1 integrin.
著者: Kaplan-Turkoz, B. / Jimenez-Soto, L.F. / Dian, C. / Ertl, C. / Remaut, H. / Louche, A. / Tosi, T. / Haas, R. / Terradot, L.
履歴
登録2012年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0051
ポリマ－103,0051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.830, 97.830, 245.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxicity-associated immunodominant antigen / 120 kDa protein / CAG pathogenicity island protein 26


分子量: 103005.117 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1 to 884 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: cag26, cagA, cai, HP0547, HP_0547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P55980

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% Ethanol, Na Cacodylate 100mM pH7, NaI 15mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 2.3 / 数: 76085 / Rsym value: 0.07 / D res high: 3.8 Å / D res low: 91.256 Å / Num. obs: 12510 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
12.0298.3899.210.0430.0435
8.512.0299.910.0390.0396.1
6.948.599.610.0590.0595.5
6.016.9499.910.0920.0926.4
5.376.0199.910.1150.1155.9
4.915.3710010.1320.1326.1
4.544.9110010.1530.1536.5
4.254.5499.910.240.246.5
4.014.2599.710.4080.4085.7
3.84.0110010.8150.8156.3
反射解像度: 3.6→90.874 Å / Num. all: 13408 / Num. obs: 13408 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.6-3.793.60.8520.90.852196.4
3.79-4.023.60.4921.50.492195
4.02-4.33.50.2742.70.274192.6
4.3-4.653.20.1694.30.169186.7
4.65-5.093.60.1116.20.111195.6
5.09-5.693.60.1016.90.101194.9
5.69-6.573.30.10260.102189.9
6.57-8.053.30.0817.20.081190.3
8.05-11.383.30.04410.10.044193.6
11.38-81.7972.90.0479.50.047187.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8_1056精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.6→62.752 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 39.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3413 670 5.02 %
Rwork0.3287 --
obs0.3294 13345 91.79 %
all-13346 -
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 166.8307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0268 Å20 Å20 Å2
2---1.0268 Å2-0 Å2
3---2.0537 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→62.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3275 0 0 0 3275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5934462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3511149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.87790.3571510.30392539X-RAY DIFFRACTION95
3.8779-4.26810.32551280.27252524X-RAY DIFFRACTION93
4.2681-4.88550.33141360.25112414X-RAY DIFFRACTION89
4.8855-6.15440.3471250.32632588X-RAY DIFFRACTION93
6.1544-62.76160.34251300.36552610X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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