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- PDB-4fzn: Crystal structure of syringacin M mutant D232A from Pseudomonas s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fzn
タイトルCrystal structure of syringacin M mutant D232A from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000
要素Bacteriocin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #880 / Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / Beta-Lactamase / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacteriocin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Grinter, R. / Cogdell, J.R. / Walker, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Crystal Structure of the Lipid II-degrading Bacteriocin Syringacin M Suggests Unexpected Evolutionary Relationships between Colicin M-like Bacteriocins.
著者: Grinter, R. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Milner, J.J. / Walker, D.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5391
ポリマ－30,5391
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bacteriocin

A: Bacteriocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0782
ポリマ－61,0782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
Buried area1240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.350, 160.350, 100.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Bacteriocin


分子量: 30539.068 Da / 分子数: 1 / 変異: D232A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_0572 / プラスミド: pETMDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q88A25
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 79.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 7% w/v PEG 8000, 30% v/v ethylene glycol 0.03 M CaCl2, 0.03 M MgCl2, 5% dimethyl sulfoxide, 0.1 M Bicine/Tris base, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→40.09 Å / Num. all: 13347 / Num. obs: 13347 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 107.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 3.12→3.2 Å / 冗長度: 16.2 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1018 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FZM

4fzm


解像度: 3.12→40.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 26.446 / SU ML: 0.209 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22359 697 5 %RANDOM
Rwork0.18211 ---
all0.18417 13347 --
obs0.18417 13347 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20.45 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→40.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2080 0 0 27 2107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.9552931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93833457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3225279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.924.47996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.99415319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7751513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02430
LS精密化 シェル解像度: 3.121→3.201 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 48 -
Rwork0.267 847 -
obs-847 99.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -70.2903 Å / Origin y: 16.4942 Å / Origin z: -10.244 Å
111213212223313233
T0.838 Å20.0639 Å2-0.0516 Å2-0.3674 Å20.1869 Å2--0.4807 Å2
L8.8857 °23.2724 °2-2.7261 °2-4.4333 °2-1.8499 °2--4.4816 °2
S0.1879 Å °-1.5592 Å °-0.8956 Å °0.6333 Å °-0.104 Å °-0.3555 Å °-0.4893 Å °0.429 Å °-0.0839 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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