[日本語] English
万見
- PDB-4fxf: Structure of M2 pyruvate kinase in complex with phenylalanine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fxf
タイトルStructure of M2 pyruvate kinase in complex with phenylalanine
要素Pyruvate kinase isozymes M1/M2
キーワードTRANSFERASE / TIM Barrel / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / Regulation of pyruvate metabolism / rough endoplasmic reticulum / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / MHC class II protein complex binding / extracellular vesicle / : / protein tyrosine kinase activity / vesicle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cilium / cadherin binding / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / OXALATE ION / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Walkinshaw, M.D. / Morgan, H.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: M2 pyruvate kinase provides a mechanism for nutrient sensing and regulation of cell proliferation.
著者: Morgan, H.P. / O'Reilly, F.J. / Wear, M.A. / O'Neill, J.R. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Hupp, T. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,68624
ポリマ－240,6574
非ポリマー3,02920
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21970 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area72130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.600, 139.350, 111.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ADCB

#1: タンパク質
Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58


分子量: 60164.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon_optimised / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OIP3, PK2, PK3, PKM, PKM2, pyruvate Kinase M2 / プラスミド: pET28a_M2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#5: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 444分子

#2: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細H379N SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P14618

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10-16% PEG 8000, 100 mM sodium Cacodylate, 50 mM MgCl2, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→66.09 Å / Num. obs: 79477 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2.55 / Observed criterion σ(I): 2.55 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 36105 / Rsym value: 0.757 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BJT

3bjt


解像度: 2.55→51.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 22.711 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25376 3978 5 %RANDOM
Rwork0.21243 ---
obs0.21453 75250 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.578 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→51.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15352 0 176 428 15956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02215784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8781.98621358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.12252009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10423.869641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.676152835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.26715125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.22452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2371.59989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.437216126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.43135795
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7874.55232
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.619 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 272 -
Rwork0.284 5287 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01220.21195.77210.07180.29058.39660.0965-0.12410.0907-0.076-0.1526-0.08530.31-0.12190.05610.2410.1550.08180.25060.1060.201917.5363-15.6653112.6427
21.33830.3306-0.20440.31920.01871.07140.0162-0.0685-0.00760.0297-0.03650.0257-0.1112-0.08840.02020.01960.0091-0.00680.0142-0.00640.0238-1.5227.4183140.2989
30.44430.0390.16790.90660.23650.8378-0.00660.0164-0.00530.00370.00380.0153-0.1088-0.01120.00280.01640.0023-0.00280.00120.00150.02996.26657.978128.1027
41.1798-0.0367-0.66091.85930.03543.24190.04180.005-0.0568-0.0694-0.0209-0.0624-0.02680.2171-0.02080.0043-0.0002-0.00040.0202-0.00240.017929.497411.5497117.7751
50.94210.36470.3620.5561-0.05450.84520.07260.1439-0.005-0.0525-0.0445-0.1116-0.04050.1661-0.02810.03860.0190.03460.07380.01150.041541.29714.535262.5852
61.1272-0.35620.2170.5659-0.02710.47190.0520.0106-0.0812-0.0122-0.047-0.02420.00660.0752-0.0050.0025-0.0005-0.00340.0753-0.00630.064737.92911.532774.1241
70.06240.1279-0.60660.3642-1.39726.76480.02830.03970.00160.00230.18460.22650.2048-0.4611-0.21290.1524-0.01280.01690.24730.13460.548324.50723.749795.0002
81.6030.018-1.04731.56260.03142.45090.0138-0.05180.11410.09970.0094-0.0398-0.18110.1604-0.02330.0286-0.0247-0.00340.0431-0.010.015739.675917.556296.6885
91.0773-3.111-0.25469.494-0.76124.4631-0.1620.0782-0.24390.4563-0.11410.62590.0629-0.33360.27620.0601-0.01980.02070.0716-0.02650.142224.5184-11.138581.165
100.56520.56560.09021.0728-0.07221.0135-0.06170.036-0.0262-0.05590.07790.0138-0.1708-0.0553-0.01620.03590.0125-0.00330.0354-0.02050.02238.389313.777353.1005
111.0163-0.2450.18260.492-0.08370.74430.029-0.0685-0.025-0.0031-0.01250.0193-0.1031-0.036-0.01650.01840.0067-0.00030.0327-0.01740.04658.62187.431366.3344
121.65910.2334-0.31731.6294-0.02212.1456-0.0363-0.0252-0.02580.02110.0142-0.03410.1013-0.00720.02210.00570.0022-0.0010.0239-0.01280.0186-5.0317-12.408375.1511
136.30437.2667-5.16519.7153-3.76187.8247-0.4180.4963-0.0871-0.2160.3311-0.08490.7205-0.80450.08690.31570.008-0.00580.23220.08010.1512-0.9936.4011110.3501
141.06880.48420.4460.78080.27221.35390.0353-0.0816-0.16250.2572-0.0494-0.02590.3008-0.18630.01410.1612-0.04120.03190.02610.00150.0338-2.7173-28.4944131.0601
150.480.00070.21041.37460.56140.91780.01790.0282-0.0115-0.01010.0165-0.05440.1311-0.0067-0.03440.0306-0.0049-0.01020.003-0.00010.03080.8889-20.1857116.2579
161.53130.2803-0.28441.7613-0.49742.74170.05840.06130.01340.0229-0.0150.07150.1489-0.1815-0.04340.0129-0.00980.00050.017-0.00150.0063-14.0337-19.379896.1598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3A224 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4A389 - 531
5X-RAY DIFFRACTION5B26 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6B212 - 387
7X-RAY DIFFRACTION7B388 - 406
8X-RAY DIFFRACTION8B407 - 531
9X-RAY DIFFRACTION9C32 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10C35 - 245
11X-RAY DIFFRACTION11C246 - 388
12X-RAY DIFFRACTION12C389 - 531
13X-RAY DIFFRACTION13D30 - 35
14X-RAY DIFFRACTION14D36 - 231
15X-RAY DIFFRACTION15D232 - 403
16X-RAY DIFFRACTION16D404 - 531

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る