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- PDB-4fwi: Crystal structure of the nucleotide-binding domain of a dipeptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fwi
タイトルCrystal structure of the nucleotide-binding domain of a dipeptide ABC transporter
要素ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NBDs / ABC transporter / nucleotide binding / iron-sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type dipeptide transporter / peptide transport / protein transport / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / Dipeptide transport ATP-binding protein DppD
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.892 Å
データ登録者Li, X. / Ge, J. / Yang, M. / Wang, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the nucleotide-binding domain of a dipeptide ABC transporter reveals a novel iron-sulfur cluster-binding domain
著者: Li, X. / Zhuo, W. / Yu, J. / Ge, J. / Gu, J. / Feng, Y. / Yang, M. / Wang, L. / Wang, N.
履歴
登録2012年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3664
ポリマ－37,4831
非ポリマー8833
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.247, 64.247, 320.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component


分子量: 37482.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: DppD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RDH4
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 11
詳細: 4%(v/v) 2-propanol, 0.05M capso, 12.25%(w/v) PEG MME5000, 12.5% glycerol, pH 11.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月6日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.892→50 Å / Num. obs: 15715 / % possible obs: 97.5 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.89-2.99190.3
2.99-3.11197.5
3.11-3.25197.8
3.25-3.43198.1
3.43-3.64198
3.64-3.92198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.892→41.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7867 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 739 4.99 %
Rwork0.2119 --
obs0.2146 14810 92.36 %
all-15549 -
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.953 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.74 Å2 / Biso mean: 68.6704 Å2 / Biso min: 19.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8956 Å20 Å2-0 Å2
2--6.8956 Å20 Å2
3----13.7912 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.892→41.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 40 0 2465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4773417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.334956
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8919-3.11510.42821360.34392351248780
3.1151-3.42840.29981270.25322620274788
3.4284-3.92420.26841650.19232848301395
3.9242-4.94280.20821520.16813018317098
4.9428-41.81310.2731590.21933234339399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.5107 Å / Origin y: 1.1939 Å / Origin z: 22.6711 Å
111213212223313233
T0.1094 Å2-0.0362 Å2-0.0348 Å2-0.47 Å20.0231 Å2--0.1638 Å2
L0.2344 °20.1293 °20.0799 °2-0.1379 °20.0727 °2--0.1323 °2
S-0.0227 Å °0.1391 Å °0.0858 Å °-0.0133 Å °0.0089 Å °-0.0069 Å °0.0026 Å °-0.0067 Å °0.0284 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 402:402 OR RESID 403:403 OR RESID 2:321 OR RESID 401:401 ) )B402
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 402:402 OR RESID 403:403 OR RESID 2:321 OR RESID 401:401 ) )B403
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 402:402 OR RESID 403:403 OR RESID 2:321 OR RESID 401:401 ) )B2 - 321
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 402:402 OR RESID 403:403 OR RESID 2:321 OR RESID 401:401 ) )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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