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万見
- PDB-4fvg: SPFH domain of mouse stomatin (Crystal form 3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fvg
タイトルSPFH domain of mouse stomatin (Crystal form 3)
要素Stomatin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mixed alpha-beta fold / membrane scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of viral process / RHOH GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / positive regulation by host of viral genome replication / Stimuli-sensing channels / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding ...positive regulation of viral process / RHOH GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / positive regulation by host of viral genome replication / Stimuli-sensing channels / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding / ion channel inhibitor activity / positive regulation of protein targeting to membrane / Neutrophil degranulation / melanosome / cytoskeleton / membrane raft / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Band 7 domain / Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7/SPFH domain superfamily ...Band 7 domain / Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7/SPFH domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brand, J. / Schwefel, D. / Daumke, O.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: A stomatin dimer modulates the activity of acid-sensing ion channels.
著者: Brand, J. / Smith, E.S. / Schwefel, D. / Lapatsina, L. / Poole, K. / Omerbasic, D. / Kozlenkov, A. / Behlke, J. / Lewin, G.R. / Daumke, O.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300AUTHORS STATE THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS AN OLIGOMER

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stomatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6453
ポリマ－14,4201
非ポリマー2252
水1,72996
1
A: Stomatin
ヘテロ分子

A: Stomatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2906
ポリマ－28,8402
非ポリマー4504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area980 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.489, 84.489, 68.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-439-

HOH

詳細A continuous tube like oligomer is created by crystallographic symmetry.

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要素

#1: タンパク質 Stomatin / Protein 7.2b / Erythrocyte band 7 integral membrane protein


分子量: 14420.151 Da / 分子数: 1 / 変異: C87S, L91A, I92A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Epb7.2, Epb72, Stom / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 phage resistant Rosetta / 参照: UniProt: P54116
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% ethanol, 0.02 cadmium sulfate, 0.1 HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→73.17 Å / Num. all: 16540 / Num. obs: 16492 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 37.736 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 33.25
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.871 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique all: 2576 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FVF

4fvf


解像度: 1.8→73.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.013 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24512 704 5 %RANDOM
Rwork0.19356 ---
all0.19592 13291 --
obs0.19592 13259 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→73.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数834 0 2 96 932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.022885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9521211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.835116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95124.61539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37715155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.344157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3191.5568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9672930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.123317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7274.5281
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 52 -
Rwork0.239 942 -
obs--98.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.7587-0.9348-5.816727.248-1.809117.58290.4215-1.4310.56820.9470.15070.9238-1.3186-0.3247-0.57210.56410.1557-0.05420.47380.16280.3276-29.1036-11.2819-7.4685
211.0726-5.25574.19679.2225-2.79579.22-0.16790.25950.8006-0.06340.0725-0.4301-0.54030.10440.09540.2267-0.0142-0.05670.11860.11030.1917-17.2363-16.4881-0.985
36.666-2.40812.51734.6064-1.74318.07560.1041-0.1244-0.01940.20220.06540.0582-0.4298-0.2467-0.16950.09280.0201-0.0480.19770.03770.1925-7.6656-27.02668.6505
411.14313.19724.34430.52651.56835.66210.17210.2279-0.53520.08460.012-0.14450.00770.3792-0.18410.19850.037-0.06220.2671-0.03210.2964-5.8489-31.06315.0815
510.5918-0.54251.22966.738-0.6638.32610.04420.41350.02-0.36710.05280.4319-0.4862-0.4866-0.0970.22270.0585-0.08930.22160.13990.175-25.008-18.4959-5.5917
66.6795-0.4328.57870.2925-4.340331.76720.1316-0.54811.00020.12360.0820.24490.2304-2.7639-0.21360.42580.16960.02890.82090.03370.687-35.5221-16.07144.7018
77.5202-0.8575-0.33853.2141.02045.781-0.0535-0.15280.53430.2660.12510.2928-1.0094-0.3372-0.07160.3120.0685-0.02050.12610.0670.1786-23.9626-18.14175.5315
89.1408-2.75760.238212.9006-1.30695.25210.0129-0.1796-0.15980.43740.0403-0.3302-0.01160.1147-0.05310.11820.0086-0.05380.14720.06080.1139-16.1131-29.07045.7689
91.6409-1.3605-3.77216.50013.67287.3847-0.26890.131-0.13030.13560.2175-0.32720.4788-0.06160.05140.26190.0316-0.13710.3908-0.10420.5032-8.7157-37.84671.5701
1014.3606-6.38674.63622.1729-2.236314.63530.96360.5423-0.7246-0.4113-0.18230.2474-0.24410.6897-0.78120.3314-0.00990.05750.3887-0.00350.5658-10.8123-34.232-6.2295
112.9527-0.9196-7.55468.50272.706818.5266-0.08970.2825-0.1115-0.6044-0.1325-0.07710.2492-0.40580.22220.18880.0292-0.07860.35170.00320.144-20.5141-31.1844-4.9841
1211.6238-2.8705-1.51276.46260.69724.95950.0523-0.01290.3268-0.01030.03010.7286-0.1354-0.5658-0.08240.10020.0169-0.03210.17330.06850.1794-29.4516-25.26781.4204
1325.855-4.43291.18351.0110.01355.91810.350.7896-0.0179-0.4742-0.08170.114-0.3342-0.0287-0.26820.4818-0.0309-0.14140.24670.14640.1648-22.1085-23.4178-7.6476
1416.1075-2.6557.28332.4783-2.715714.0166-0.17380.08170.82560.13310.064-0.2648-0.38260.53510.10980.1513-0.034-0.00540.23-0.03010.265-2.6977-25.52041.3133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A94 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2A99 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4A111 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5A121 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6A128 - 136
7X-RAY DIFFRACTION7A137 - 147
8X-RAY DIFFRACTION8A148 - 155
9X-RAY DIFFRACTION9A156 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10A164 - 170
11X-RAY DIFFRACTION11A171 - 176
12X-RAY DIFFRACTION12A177 - 187
13X-RAY DIFFRACTION13A188 - 193
14X-RAY DIFFRACTION14A194 - 202

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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