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- PDB-4frt: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa OccK7 (OpdD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4frt
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa OccK7 (OpdD)
要素Probable porin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta-barrel / transporter (porin) / outer membrane
機能・相同性Outer membrane porin, bacterial / outer membrane porin, OprD family / Porin domain superfamily / porin activity / membrane / Probable porin
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.166 Å
データ登録者Eren, E. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of OccK Subfamily Proteins
著者: Eren, E. / van den Berg, B.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_sheet_hbond ...pdbx_database_status / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable porin
B: Probable porin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3382
ポリマ－90,3382
非ポリマー00
水724
1
A: Probable porin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1691
ポリマ－45,1691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable porin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1691
ポリマ－45,1691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.250, 111.154, 99.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Probable porin


分子量: 45169.043 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 23-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA1025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4U9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 400, 1M sodium formate, 0.05M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 23348 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / Rsym value: 0.889 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T24

3t24


解像度: 3.166→14.989 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.55 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 1180 5.11 %
Rwork0.2096 --
obs0.2127 23088 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.166→14.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5912 0 0 4 5916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3958151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2632175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1665-3.30910.30321580.21632498X-RAY DIFFRACTION90
3.3091-3.48150.28341260.22332749X-RAY DIFFRACTION98
3.4815-3.69660.30761150.22012753X-RAY DIFFRACTION98
3.6966-3.97710.30031620.22072751X-RAY DIFFRACTION99
3.9771-4.36830.28871720.21052753X-RAY DIFFRACTION99
4.3683-4.980.23631420.18622793X-RAY DIFFRACTION99
4.98-6.19950.25431440.22082785X-RAY DIFFRACTION100
6.1995-14.98880.25211610.20472826X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.5551 Å / Origin y: 3.8155 Å / Origin z: 24.2818 Å
111213212223313233
T0.2929 Å20.0086 Å2-0.027 Å2-0.3478 Å2-0.039 Å2--0.3311 Å2
L0.2684 °2-0.0187 °2-0.2549 °2-1.1672 °2-0.0329 °2--0.6569 °2
S0.0351 Å °0.0283 Å °-0.0267 Å °-0.1902 Å °-0.095 Å °0.1647 Å °-0.0602 Å °-0.0703 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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