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- PDB-4fr7: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-31 in its red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fr7
タイトルCrystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-31 in its reduced form at 1.61 A
要素Metallo-beta-lactamase VIM-31
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase superfamily / beta-lactam hydrolyzing enzyme / Zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / VIM-31 / Carbapenemase VIM-2
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Herzog, K. / Hoffmann, K.M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The three-dimensional structure of VIM-31 - a metallo-beta-lactamase from Enterobacter cloacae in its native and oxidized form.
著者: Kupper, M.B. / Herzog, K. / Bennink, S. / Schlomer, P. / Bogaerts, P. / Glupczynski, Y. / Fischer, R. / Bebrone, C. / Hoffmann, K.M.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32015年7月1日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5437
ポリマ－25,1931
非ポリマー3506
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.600, 74.390, 78.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-584-

HOH

21A-596-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-31


分子量: 25192.963 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-266 / 変異: Y201H, H229R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
株: 11236 / 遺伝子: blaVIM-31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7BI22, UniProt: I3RJZ3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.4 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VIM-31 (17 mg/ml) 1:1 dilution with the condition 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20 % PEG4000 1.0 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月7日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→54.068 Å / Num. all: 24650 / Num. obs: 24650 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.694.50.4041.91435431770.40487.5
1.69-1.794.70.2722.81625234520.272100
1.79-1.924.80.1834.11550532330.183100
1.92-2.074.90.116.61473630120.11100
2.07-2.274.90.0819.11379927890.081100
2.27-2.5450.06211.31268925280.062100
2.54-2.9350.05113.41132822440.05199.9
2.93-3.595.10.04514.2971019030.04599.4
3.59-5.075.10.0319.7757914790.0398.7
5.07-30.6314.90.0321941168330.03296.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ko3

1ko3


解像度: 1.61→54.068 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1733 / WRfactor Rwork: 0.1414 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9104 / SU B: 2.823 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0188 / SU Rfree: 0.019 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1856 1257 5.1 %RANDOM
Rwork0.1474 ---
obs0.1493 24650 99.06 %-
all-24650 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.66 Å2 / Biso mean: 23.0752 Å2 / Biso min: 8.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.83 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3----6.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→54.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 12 215 1961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9532522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85632860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.455243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83223.79779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.30215262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.541512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02372
LS精密化 シェル解像度: 1.611→1.653 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 75 -
Rwork0.23 1599 -
all-1674 -
obs-3177 92.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.27690.3717-0.45322.1071-1.53625.1330.00920.6570.5792-0.27140.06950.073-0.11860.1564-0.07880.1446-0.01160.00640.11960.03190.136419.36433.0953.573
29.6222-0.5289-3.78511.54410.24033.8470.06290.1845-0.1703-0.0842-0.0727-0.11790.06490.09740.00990.02840.00250.0060.02650.01050.058522.30526.3557.362
39.7948-0.1883-1.18912.27850.14781.87470.07560.06190.44870.10790.00340.1039-0.1926-0.0459-0.0790.0302-0.00380.00680.02280.01720.035119.28928.40916.235
40.9324-0.213-0.17071.56710.491.3950.01290.0086-0.03460.0565-0.00640.04930.0178-0.031-0.00650.0029-0.00320.00170.02920.01210.05216.54319.28716.741
52.287-2.34612.28042.4393-2.60885.0686-0.12550.09760.24690.1021-0.1239-0.2848-0.10270.3070.24940.0963-0.02410.01640.0631-0.03970.170720.3667.0613.84
64.71062.8581-0.97555.3213-0.16682.330.05520.246-0.0603-0.1622-0.07040.250.053-0.48380.01520.0502-0.0078-0.02640.1563-0.02290.07269.77417.4872.307
73.8596-2.4612-0.55389.17221.50123.5451-0.0199-0.0395-0.256-0.08140.0539-0.05060.0761-0.0627-0.0340.0377-0.0170.00220.058-0.00230.02418.8749.52-4.07
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3A76 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4A92 - 203
5X-RAY DIFFRACTION5A204 - 224
6X-RAY DIFFRACTION6A225 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7A243 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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