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- PDB-4fqm: Structure of B/Brisbane/60/2008 Influenza Hemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fqm
タイトルStructure of B/Brisbane/60/2008 Influenza Hemagglutinin
要素
  • Hemagglutinin HA1
  • Hemagglutinin HA2
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza B Virus / Hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Dreyfus, C. / Laursen, N.S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Highly conserved protective epitopes on influenza B viruses.
著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / ...著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / Mohammed Lamrani / Hans J W M Korse / Eric Geelen / Özcan Sahin / Martijn Sieuwerts / Just P J Brakenhoff / Ronald Vogels / Olive T W Li / Leo L M Poon / Malik Peiris / Wouter Koudstaal / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Jaap Goudsmit / Robert H E Friesen /
要旨: Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. ...Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. However, a substantial part of the annual flu burden is caused by two cocirculating, antigenically distinct lineages of influenza B viruses. Here, we report human monoclonal antibodies, CR8033, CR8071, and CR9114, that protect mice against lethal challenge from both lineages. Antibodies CR8033 and CR8071 recognize distinct conserved epitopes in the head region of the influenza B hemagglutinin (HA), whereas CR9114 binds a conserved epitope in the HA stem and protects against lethal challenge with influenza A and B viruses. These antibodies may inform on development of monoclonal antibody-based treatments and a universal flu vaccine for all influenza A and B viruses.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2
G: Hemagglutinin HA1
H: Hemagglutinin HA2
I: Hemagglutinin HA1
J: Hemagglutinin HA2
K: Hemagglutinin HA1
L: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,44558
ポリマ－341,78212
非ポリマー18,66246
水00
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,50430
ポリマ－170,8916
非ポリマー9,61324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42030 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area64020 Å2
手法PISA
2
G: Hemagglutinin HA1
H: Hemagglutinin HA2
I: Hemagglutinin HA1
J: Hemagglutinin HA2
K: Hemagglutinin HA1
L: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,94128
ポリマ－170,8916
非ポリマー9,04922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41400 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area63750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.690, 242.540, 135.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22
32
42
52
62

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 1:341 )
211chain 'C' and (resseq 1:341 )
311chain 'E' and (resseq 1:341 )
411chain 'G' and (resseq 1:341 )
511chain 'I' and (resseq 1:341 )
611chain 'K' and (resseq 1:341 )
112chain 'B' and (resseq 348:511 )
212chain 'D' and (resseq 348:511 )
312chain 'F' and (resseq 348:511 )
412chain 'H' and (resseq 348:511 )
512chain 'J' and (resseq 348:511 )
612chain 'L' and (resseq 348:511 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1 / hemagglutinin receptor binding subunit HA1


分子量: 37699.113 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 16-362 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Brisbane/60/2008 / 遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C0LT38
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2 / hemagglutinin membrane fusion subunit HA2


分子量: 19264.588 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 363-538 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Brisbane/60/2008 / 遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C0LT38
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 20% PEG3350, 160 mM sodium fluoride, 20 mM Tris, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97975 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→135.066 Å / Num. all: 60926 / Num. obs: 60737 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 3.45→3.55 Å / 冗長度: 7.1 % / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RFT

2rft


解像度: 3.45→49.066 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 1921 3.17 %
Rwork0.2573 --
obs0.2577 60657 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.363 Å2 / ksol: 0.265 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.1023 Å2-0 Å20 Å2
2---29.264 Å20 Å2
3---80.4014 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→49.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23220 0 1226 0 24446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01124963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6133771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7499444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0893988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094244
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.393
13E2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.38
14G2580X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.439
15I2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.395
16K2588X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.39
21B1243X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1243X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.173
23F1243X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.151
24H1243X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.231
25J1243X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.225
26L1243X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.53630.40991350.38094085X-RAY DIFFRACTION99
3.5363-3.63190.38661440.35464113X-RAY DIFFRACTION99
3.6319-3.73870.33221270.33214188X-RAY DIFFRACTION100
3.7387-3.85930.32141400.30714140X-RAY DIFFRACTION100
3.8593-3.99720.36211360.30024114X-RAY DIFFRACTION100
3.9972-4.15720.2851330.27064156X-RAY DIFFRACTION100
4.1572-4.34620.20911430.22984173X-RAY DIFFRACTION100
4.3462-4.57520.23881310.22584145X-RAY DIFFRACTION99
4.5752-4.86160.20421370.20314197X-RAY DIFFRACTION100
4.8616-5.23660.23731320.21314212X-RAY DIFFRACTION100
5.2366-5.76290.21041400.23294210X-RAY DIFFRACTION100
5.7629-6.59510.2541380.25214255X-RAY DIFFRACTION100
6.5951-8.30250.26471390.23754278X-RAY DIFFRACTION100
8.3025-49.07080.24891460.24724470X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11810.2428-0.60452.0171-0.67732.65160.0867-0.01950.37640.07590.16920.2519-0.21-0.1211-0.19130.3560.0889-0.00980.3003-0.01640.407635.7027278.7376134.9944
21.5074-0.1357-0.09591.69040.85911.0964-0.0112-0.76070.06361.62390.05310.3142-0.4113-0.33470.09591.83450.15160.1210.7919-0.11460.620634.2529267.9489187.5543
31.0434-0.04020.61791.6119-0.0142.6773-0.0642-0.0498-0.20390.00850.13210.30790.2247-0.149-0.02750.15710.0165-0.03940.28750.03230.503532.5626245.9465133.5819
41.2060.1971-0.3182.04450.11441.0687-0.0583-0.626-0.29721.4664-0.0661-0.19720.87240.04420.03311.44220.0606-0.090.59790.08880.552740.479247.7026186.9301
50.8079-0.1021-0.08552.37380.55843.28130.03070.04880.1350.16040.15-0.8202-0.07860.3297-0.09170.05080.0188-0.17960.396-0.15490.551562.5446259.5006134.368
61.2971-0.14980.54411.64050.14840.2007-0.2641-0.70110.22781.39010.032-0.3364-0.32780.17860.16341.38750.1211-0.30580.7711-0.10070.679754.9896263.3174187.4862
71.19770.1398-0.63551.6128-0.84652.8577-0.0175-0.1046-0.0428-0.08120.06850.50060.1549-0.416-0.01860.2260.0017-0.04260.42540.02490.713430.9365326.8775134.9738
81.69280.1559-0.18570.52130.43260.8193-0.2076-0.7255-0.42550.64510.00810.36430.6674-0.76120.30070.97460.08160.15191.16890.25740.824522.4678315.6507186.6755
91.67930.0705-0.91071.4907-0.03312.4794-0.0981-0.20150.19920.12970.2077-0.5623-0.1840.1647-0.0630.22820.0572-0.1220.456-0.08090.594459.7756339.0286145.1331
100.0074-1.0050.7788-0.27870.11420.79130.408-0.88970.59043.2331-0.30922.1143-0.2387-0.11180.01340.43880.3866-0.83351.09230.30930.030836.1445330.8521192.5028
110.9113-0.05890.00491.53120.30942.75690.0506-0.234-0.47190.00990.0761-0.13490.49560.2763-0.14560.37360.1262-0.03820.42380.10630.768156.3026306.6991140.5783
121.3422-0.0546-0.21121.4595-1.58180.1233-0.6045-0.9173-0.5241.19540.0807-0.27711.206-0.12980.12741.40270.44830.02671.04490.41450.800242.1793310.6809191.9714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain J
11X-RAY DIFFRACTION11chain K
12X-RAY DIFFRACTION12chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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