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- PDB-4fpi: Crystal Structure of 5-chloromuconolactone isomerase from Rhodoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fpi
タイトルCrystal Structure of 5-chloromuconolactone isomerase from Rhodococcus opacus 1CP
要素5-chloromuconolactone dehalogenase
キーワードISOMERASE / intramolecular oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


muconolactone Delta-isomerase / muconolactone delta-isomerase activity / beta-ketoadipate pathway
類似検索 - 分子機能
Muconolactone delta-isomerase / Muconolactone isomerase domain / Muconolactone delta-isomerase / Dimeric alpha+beta barrel / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muconolactone Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus opacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Kolomytseva, M. / Briganti, F. / Golovleva, L.A. / Scozzafava, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: X-ray crystallographic and molecular docking studies on a unique chloromuconolactone dehalogenase from Rhodococcus opacus 1CP.
著者: Ferraroni, M. / Kolomytseva, M. / Golovleva, L.A. / Scozzafava, A.
履歴
登録2012年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-chloromuconolactone dehalogenase
B: 5-chloromuconolactone dehalogenase
C: 5-chloromuconolactone dehalogenase
D: 5-chloromuconolactone dehalogenase
E: 5-chloromuconolactone dehalogenase
F: 5-chloromuconolactone dehalogenase
G: 5-chloromuconolactone dehalogenase
H: 5-chloromuconolactone dehalogenase
I: 5-chloromuconolactone dehalogenase
J: 5-chloromuconolactone dehalogenase
K: 5-chloromuconolactone dehalogenase
L: 5-chloromuconolactone dehalogenase
M: 5-chloromuconolactone dehalogenase
N: 5-chloromuconolactone dehalogenase
O: 5-chloromuconolactone dehalogenase
P: 5-chloromuconolactone dehalogenase
R: 5-chloromuconolactone dehalogenase
S: 5-chloromuconolactone dehalogenase
T: 5-chloromuconolactone dehalogenase
U: 5-chloromuconolactone dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,01420
ポリマ－224,01420
非ポリマー00
水11,061614
1
A: 5-chloromuconolactone dehalogenase
B: 5-chloromuconolactone dehalogenase
C: 5-chloromuconolactone dehalogenase
D: 5-chloromuconolactone dehalogenase
E: 5-chloromuconolactone dehalogenase
F: 5-chloromuconolactone dehalogenase
G: 5-chloromuconolactone dehalogenase
H: 5-chloromuconolactone dehalogenase
I: 5-chloromuconolactone dehalogenase
J: 5-chloromuconolactone dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,00710
ポリマ－112,00710
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24050 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area41250 Å2
手法PISA
2
K: 5-chloromuconolactone dehalogenase
L: 5-chloromuconolactone dehalogenase
M: 5-chloromuconolactone dehalogenase
N: 5-chloromuconolactone dehalogenase
O: 5-chloromuconolactone dehalogenase
P: 5-chloromuconolactone dehalogenase
R: 5-chloromuconolactone dehalogenase
S: 5-chloromuconolactone dehalogenase
T: 5-chloromuconolactone dehalogenase
U: 5-chloromuconolactone dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,00710
ポリマ－112,00710
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23770 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area41670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.187, 79.657, 125.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a decamer. There are 2 biological units in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
5-chloromuconolactone dehalogenase


分子量: 11200.680 Da / 分子数: 20 / 変異: P17S / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 株: 1CP / 参照: UniProt: Q8G9L0, muconolactone Delta-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN IS NOT A MUTANT. P17S IS NOT A MUTATION BUT IT IS A CORRECTION THAT ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN IS NOT A MUTANT. P17S IS NOT A MUTATION BUT IT IS A CORRECTION THAT WE MADE TO THE SEQUENCE BASED ON THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE FOR THE PROTEIN NATURALLY ISOLATED FROM BACTERIUM RHODOCOCCUS OPACUS 1CP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG8000, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→121.302 Å / Num. all: 133960 / Num. obs: 133960 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.213.30.5611.461208186620.56194.2
2.21-2.353.30.4291.659392180730.42996.6
2.35-2.513.30.3022.357640174010.30298.9
2.51-2.713.30.2013.854805163820.20199.9
2.71-2.973.40.1395.550747151030.139100
2.97-3.323.40.0818.946266137450.081100
3.32-3.833.40.0649.540714120840.064100
3.83-4.73.40.05610.634460102360.05699.8
4.7-6.643.40.0414.72666979200.0499.5
6.64-66.5193.30.03215.21442943540.03297.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å29.81 Å
Translation3.5 Å29.81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.21データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / WRfactor Rfree: 0.2952 / WRfactor Rwork: 0.2254 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.771 / SU B: 8.518 / SU ML: 0.219 / SU R Cruickshank DPI: 0.2961 / SU Rfree: 0.2554 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3008 5903 5 %RANDOM
Rwork0.2281 ---
obs0.2317 117344 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.44 Å2 / Biso mean: 49.3208 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å2-2.33 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15290 0 0 614 15904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02115750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.94421420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35751865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72322.725778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.94152588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5315143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.81.59398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.469215152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09336352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2644.56264
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 428 -
Rwork0.29 7881 -
all-8309 -
obs--95.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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