+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3znu | ||||||
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Title | Crystal structure of ClcF in crystal form 2 | ||||||
Components | 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE | ||||||
Keywords | LYASE / FERREDOXIN FOLD / ISOMERASE / 3-CHLOROCATECHOL PATHWAY | ||||||
Function / homology | Function and homology information muconolactone Delta-isomerase / muconolactone delta-isomerase activity / beta-ketoadipate pathway Similarity search - Function | ||||||
Biological species | RHODOCOCCUS OPACUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Roth, C. / Groening, J.A.D. / Kaschabek, S.R. / Schloemann, M. / Straeter, N. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2013 Title: Crystal Structure and Catalytic Mechanism of Chloromuconolactone Dehalogenase Clcf from Rhodococcus Opacus 1Cp. Authors: Roth, C. / Janosch, A.D. / Kaschabek, S.R. / Schloemann, M. / Straeter, N. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2012 Title: Crystallization and Preliminary Characterization of Chloromuconolactone Dehalogenase from Rhodococcus Opacus 1Cp. Authors: Roth, C. / Kaschabek, S.R. / Groning, J.A.D. / Handrek, T. / Schlomann, M. / Strater, N. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDBx/mmJSON format | 3znu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
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Data in XML | 3znu_validation.xml.gz | 49.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3znu_validation.cif.gz | 72.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/3znu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/3znu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3znjC 3zo7C 1mliS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 11210.717 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) RHODOCOCCUS OPACUS (bacteria) / Strain: 1CP / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q8G9L0 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.25 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→19.8 Å / Num. obs: 138381 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 18.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.75 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1MLI Resolution: 1.65→19.828 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.062 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→19.828 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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