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- PDB-3zo7: Crystal structure of ClcFE27A with substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zo7
タイトルCrystal structure of ClcFE27A with substrate
要素5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
キーワードLYASE / FERREDOXIN FOLD / CHLOROCATECHOL PATHWAY / DEHALOGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


muconolactone Delta-isomerase / muconolactone delta-isomerase activity / beta-ketoadipate pathway
類似検索 - 分子機能
Muconolactone delta-isomerase / Muconolactone isomerase domain / Muconolactone delta-isomerase / Dimeric alpha+beta barrel / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K6H / Muconolactone Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS OPACUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.224 Å
データ登録者Roth, C. / Groening, J.A.D. / Kaschabek, S.R. / Schloemann, M. / Straeter, N.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure and Catalytic Mechanism of Chloromuconolactone Dehalogenase Clcf from Rhodococcus Opacus 1Cp.
著者: Roth, C. / Janosch, A.D. / Kaschabek, S.R. / Schloemann, M. / Straeter, N.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22013年3月20日Group: Atomic model / Other
改定 1.32013年4月24日Group: Database references
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
B: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
C: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
D: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
E: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
F: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
G: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
H: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
I: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
J: 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,78934
ポリマ－111,52710
非ポリマー2,26224
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32500 Å2
ΔGint-275.5 kcal/mol
Surface area39500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.836, 103.112, 137.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.3134, -0.7734, 0.5511), (-0.7429, -0.1617, -0.6495), (0.5914, -0.613, -0.5239)105.2033, 112.6528, 22.9989
2given(0.3393, -0.8339, 0.4353), (0.7314, 0.5249, 0.4355), (-0.5916, 0.1706, 0.788)73.8097, -22.3116, 28.1426
3given(0.7938, -0.3875, 0.4688), (-0.398, -0.9138, -0.0814), (0.4599, -0.1219, -0.8796)24.7598, 124.5439, 9.9755
4given(-0.7863, -0.5877, 0.1904), (0.4095, -0.265, 0.873), (-0.4626, 0.7644, 0.4491)127.6388, 30.1797, -6.3423
5given(-0.7885, 0.3951, -0.4713), (-0.5854, -0.2474, 0.7721), (0.1885, 0.8847, 0.4264)85.8485, 87.0338, -48.5943
6given(-0.9999, -0.0043, 0.0153), (-0.0157, 0.4032, -0.915), (-0.0022, -0.9151, -0.4032)111.3426, 46.7781, 70.6
7given(0.7889, 0.5809, -0.2003), (0.585, -0.8098, -0.0445), (-0.1881, -0.0821, -0.9787)-16.1448, 64.0121, 45.1372
8given(-0.3178, 0.826, -0.4655), (0.8227, -0.0037, -0.5684), (-0.4713, -0.5636, -0.6784)36.5218, 15.9724, 82.3571
9given(0.2934, 0.7429, -0.6017), (-0.8255, 0.5143, 0.2324), (0.4821, 0.4285, 0.7641)8.8738, 67.6211, -45.3634

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要素

#1: タンパク質
5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE / CHLORMUCONOLACTONE DEHALOGENASE


分子量: 11152.681 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RHODOCOCCUS OPACUS (バクテリア) / 株: 1CP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8G9L0
#2: 化合物
ChemComp-K6H / (2S)-2-chloranyl-2-[(2R)-5-oxidanylidene-2H-furan-2-yl]ethanoic acid / 5-CHLOROMUCONOLACTONE / (4R,5S)-5-クロロムコノラクトン


分子量: 176.554 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5ClO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→20 Å / Num. obs: 102684 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 34.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.22→2.36 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.224→19.935 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1100 2 %
Rwork0.1862 --
obs0.1872 54447 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.56 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0351 Å20 Å20 Å2
2--0.6636 Å20 Å2
3----1.6987 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.224→19.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7724 0 124 494 8342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94711042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1723095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2243-2.32540.29691100.24856111X-RAY DIFFRACTION92
2.3254-2.44780.29741650.23686637X-RAY DIFFRACTION100
2.4478-2.60090.29041100.21736716X-RAY DIFFRACTION100
2.6009-2.80120.2381650.21916646X-RAY DIFFRACTION100
2.8012-3.08220.27831100.20826732X-RAY DIFFRACTION100
3.0822-3.5260.24761650.1956715X-RAY DIFFRACTION100
3.526-4.43440.19081100.15546809X-RAY DIFFRACTION100
4.4344-19.93540.19741650.15926981X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2926-0.46070.01240.7161-0.02690.12170.21670.08810.00860.14050.156-0.0146-0.24690.15970.01610.2706-0.02080.01810.2533-0.00240.225139.556565.443122.2967
20.1223-0.1494-0.21150.21340.31140.5036-0.0081-0.03260.2968-0.0203-0.10040.1535-0.1584-0.6895-0.00330.31420.01510.10220.3090.00460.313628.837771.408525.9451
30.2681-0.0704-0.09480.27550.28860.30360.25990.0633-0.2350.2299-0.22160.0585-0.04170.17760.00120.2174-0.01970.02380.28130.03910.230732.066663.648814.6795
40.16640.08730.06860.33080.05270.2712-0.0123-0.14860.20380.2507-0.13790.2145-0.48760.3994-0.00780.23510.01560.03030.27520.03890.259238.260474.69314.9783
50.51580.2937-0.2620.3312-0.0420.1989-0.00750.09970.01410.09410.09910.3234-0.06830.20520.05420.1996-0.0028-0.03050.28130.03490.303937.411262.64328.6442
60.6647-0.5905-0.1740.57290.08850.67150.08130.413-0.0841-0.1757-0.08470.06670.1877-0.09310.00470.20110.0314-0.00860.2661-0.03650.175855.952561.6849-11.6992
70.35930.13820.20070.1237-0.00690.3613-0.2631-0.2039-0.18880.33170.24840.01340.07140.08-0.00010.20480.02490.01170.26120.00860.269457.76569.0349-4.5872
80.65730.2745-0.14590.34390.24950.44950.0610.15480.0222-0.15190.0516-0.05040.0442-0.056500.2020.0174-0.00290.2548-0.01060.222447.563864.064-4.5099
90.00460.03560.04120.37250.26170.51920.00250.22550.3891-0.10010.02450.5175-0.2886-0.4716-0.10070.18820.0027-0.02460.2060.10110.371149.633783.437.0263
100.37430.2494-0.17710.1626-0.11310.1964-0.19390.0306-0.4988-0.11730.0868-0.12830.4508-0.0243-0.00650.2175-0.0072-0.00480.21490.00420.186460.302873.08669.6432
110.68760.18230.02990.04890.00770.0016-0.5225-0.2821-0.25720.3780.2069-0.21120.21050.16770.05790.8930.09730.07270.27590.0360.302950.591773.890230.7477
120.0322-0.1091-0.09870.36540.32760.29090.1723-0.18310.22220.419-0.05770.358-0.71050.0517-0.00010.4128-0.03560.05870.3177-0.02850.460454.459986.042119.4545
130.4059-0.18470.2310.39090.01620.1708-0.1402-0.04550.0014-0.01540.09750.02130.15160.059100.2127-0.03620.02160.23130.00770.236956.652777.77048.6435
140.3924-0.2557-0.24790.4426-0.00730.24960.0326-0.13040.04140.2636-0.039-0.0711-0.16480.087400.2291-0.05190.00990.2650.01010.191464.144575.191215.7764
150.0335-0.01810.02430.019-0.02390.0298-0.02350.2738-0.1601-0.28930.0366-0.0499-0.20950.2891-0.00160.2525-0.0042-0.06260.25410.080.296361.438773.7151-8.6055
160.40870.46920.3170.52380.36870.26370.01530.05870.1497-0.11670.1625-0.18770.22360.211300.28830.01520.01830.3078-0.02330.292940.83746.87370.7827
170.1437-0.4845-0.21771.64040.74170.3359-0.01721.1031-0.1451-0.4245-0.23750.52440.3579-0.7395-0.17820.4362-0.1226-0.09470.66990.05180.324331.733544.7463-7.858
180.2719-0.13740.3760.5485-0.11510.52270.1647-0.1420.04480.0416-0.02920.2819-0.0155-0.023900.1876-0.035-0.0150.26350.00130.293632.271352.47074.341
190.1301-0.1706-0.00550.2219-0.00120.03450.11060.3361-0.3114-0.2347-0.18170.06190.4191-0.3870.00160.3447-0.07780.00440.35120.00760.340932.76339.72985.9908
200.0523-0.02230.02990.24820.19450.1837-0.04320.1902-0.04540.0456-0.0035-0.0280.1753-0.214100.2817-0.01560.06070.30960.03460.311134.340451.464612.1182
211.2879-0.464-0.64950.36650.59540.9747-0.11530.0986-0.37760.1382-0.0160.1856-0.2865-0.0688-0.10710.37630.026-0.0160.36660.03620.257270.493965.128127.5147
220.04-0.06630.21590.91680.35451.832-0.1214-0.11950.37850.06550.0362-0.2427-0.32450.4209-1.52410.5291-0.0966-0.3160.4113-0.06240.616181.309270.494230.4975
230.10450.1132-0.15840.3032-0.08970.2729-0.02960.1059-0.12240.24520.0065-0.1774-0.0260.30680.00450.2305-0.0677-0.07850.35720.05240.374679.037563.390320.4031
240.1098-0.0121-0.25380.2277-0.12320.6830.1276-0.5533-0.09230.47620.236-0.59330.00070.28060.07910.3974-0.0084-0.14450.46450.01710.406178.772756.997731.4089
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440.8838-0.11660.52380.0181-0.07250.3184-0.18690.59960.2020.20060.12970.27530.4202-0.01730.00950.3271-0.04130.02380.24580.01090.422336.232338.301732.7137
450.2383-0.108-0.22630.08720.00080.4557-0.33140.0273-0.02440.30840.21350.0545-0.03840.1081-00.3197-0.03790.03470.28970.01990.356240.23542.703930.1083
460.1803-0.1371-0.04740.10640.05770.1104-0.2395-0.0013-0.08670.20660.34950.0573-0.67940.0263-0.00010.409-0.00590.09980.21310.03870.321431.768451.246630.0984
470.0692-0.14370.10980.3384-0.29230.2657-0.12840.13350.05710.09040.1640.01540.10240.3868-0.00010.4091-0.02440.00690.22620.0230.266840.49150.064327.0152
480.1222-0.3409-0.14510.94880.42920.43040.04610.0402-0.3653-0.286-0.33180.6719-0.3271-0.426-0.06050.3842-0.03050.06050.2353-0.0020.475135.315728.491716.3515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:16)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 17:37)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 38:60)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 61:73)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 74:92)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 1:37)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 38:50)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 51:84)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 85:94)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESSEQ 1:9)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 10:16)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 17:37)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 38:60)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 61:84)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 85:94)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESSEQ 1:16)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESSEQ 17:37)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESSEQ 38:60)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESSEQ 61:73)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 74:91)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND (RESSEQ 1:19)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESSEQ 20:37)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESSEQ 38:60)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E AND (RESSEQ 61:73)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN E AND (RESSEQ 74:91)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN F AND (RESSEQ 1:37)
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN F AND (RESSEQ 38:91)
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN G AND (RESSEQ 1:16)
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN G AND (RESSEQ 17:37)
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN G AND (RESSEQ 38:50)
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN G AND (RESSEQ 51:84)
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN G AND (RESSEQ 85:94)
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN H AND (RESSEQ 1:16)
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN H AND (RESSEQ 17:50)
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN H AND (RESSEQ 51:73)
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN H AND (RESSEQ 74:92)
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN I AND (RESSEQ 1:16)
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN I AND (RESSEQ 17:37)
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN I AND (RESSEQ 38:60)
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN I AND (RESSEQ 61:83)
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN I AND (RESSEQ 84:92)
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN J AND (RESSEQ 1:16)
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN J AND (RESSEQ 17:36)
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN J AND (RESSEQ 37:45)
45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN J AND (RESSEQ 46:60)
46X-RAY DIFFRACTION46CHAIN J AND (RESSEQ 61:73)
47X-RAY DIFFRACTION47CHAIN J AND (RESSEQ 74:84)
48X-RAY DIFFRACTION48CHAIN J AND (RESSEQ 85:92)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る