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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3zo7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of ClcFE27A with substrate | ||||||
Components | 5-CHLOROMUCONOLACTONE DEHALOGENASE | ||||||
Keywords | LYASE / FERREDOXIN FOLD / CHLOROCATECHOL PATHWAY / DEHALOGENASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmuconolactone Delta-isomerase / muconolactone delta-isomerase activity / beta-ketoadipate pathway Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | RHODOCOCCUS OPACUS (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.224 Å | ||||||
Authors | Roth, C. / Groening, J.A.D. / Kaschabek, S.R. / Schloemann, M. / Straeter, N. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2013Title: Crystal Structure and Catalytic Mechanism of Chloromuconolactone Dehalogenase Clcf from Rhodococcus Opacus 1Cp. Authors: Roth, C. / Janosch, A.D. / Kaschabek, S.R. / Schloemann, M. / Straeter, N. | ||||||
| History |
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| Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3zo7.cif.gz | 568.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3zo7.ent.gz | 488.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3zo7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3zo7_validation.pdf.gz | 515 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3zo7_full_validation.pdf.gz | 529 KB | Display | |
| Data in XML | 3zo7_validation.xml.gz | 41.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 3zo7_validation.cif.gz | 56.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/3zo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/3zo7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 11152.681 Da / Num. of mol.: 10 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) RHODOCOCCUS OPACUS (bacteria) / Strain: 1CP / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-K6H / ( #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % / Description: NONE |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 |
| Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Details: MIRRORS |
| Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.22→20 Å / Num. obs: 102684 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 34.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.22→2.36 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 91.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.224→19.935 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.22 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.56 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 39.8 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.224→19.935 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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