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- PDB-4fnd: Crystal structure of the Mtb enoyl CoA isomerase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fnd
タイトルCrystal structure of the Mtb enoyl CoA isomerase in complex with hydroxyhexanoyl CoA
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-3-Hydroxyhexanoyl-CoA / Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and mechanism of the prokaryotic enoyl CoA isomerase
著者: Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Moran, S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5374
ポリマ－24,4671
非ポリマー1,0703
水5,170287
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,61012
ポリマ－73,4013
非ポリマー3,2099
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.018, 77.018, 135.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21A-302-

SO4

31A-303-

SO4

41A-303-

SO4

51A-567-

HOH

61A-654-

HOH

71A-662-

HOH

81A-665-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein / Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL- ...Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE) (CROTONASE)


分子量: 24466.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: echA3, MT0660, Rv0632c / プラスミド: pvp16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96907, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-3H9 / (S)-3-Hydroxyhexanoyl-CoA


分子量: 877.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H42N7O18P3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES 7.0, and 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.4 % / 数: 199021 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.96 / D res high: 1.85 Å / D res low: 47.55 Å / Num. obs: 21023 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
3.9947.5599.70.0360.768.95582
3.163.9999.60.0520.799.36357
2.763.161000.0820.879.72139
2.512.7699.90.1220.969.74170
2.332.511000.1560.979.7362
2.192.331000.19419.6169
2.082.191000.2541.039.5538
1.992.081000.3231.089.4534
1.921.991000.3881.19.3825
1.851.921000.4551.078.517
反射解像度: 1.85→47.55 Å / Num. all: 21023 / Num. obs: 21023 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 29.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 12.4 / Scaling rejects: 1493
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.928.50.4553.61744420501.07100
1.92-1.999.380.3884.31920620441.1100
1.99-2.089.450.3234.91953720641.08100
2.08-2.199.550.25461967120551.03100
2.19-2.339.610.1947.32004220791100
2.33-2.519.730.1568.82016120660.97100
2.51-2.769.740.12210.82062621010.9699.9
2.76-3.169.720.08216.42057721020.87100
3.16-3.999.360.05224.42048121510.7999.6
3.99-47.558.950.03634.52127623110.7699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.9Lデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FN7 chain A

4fn7


解像度: 1.85→38.509 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.8488 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 1073 5.12 %random
Rwork0.1957 ---
all0.1979 20968 --
obs0.1979 20968 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.512 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 75.99 Å2 / Biso mean: 29.4781 Å2 / Biso min: 16.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2371 Å20 Å2-0 Å2
2--4.2371 Å2-0 Å2
3----8.4741 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 66 287 2057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9852499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.472709
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.93420.29591330.250224212554100
1.9342-2.03620.32161390.225724132552100
2.0362-2.16370.28741320.21224532585100
2.1637-2.33080.27781290.20724532582100
2.3308-2.56530.26981400.206224582598100
2.5653-2.93640.26661320.198824782610100
2.9364-3.6990.20261310.185625312662100
3.699-38.51730.21661370.18262688282599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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