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万見
- PDB-4fna: Structure of unliganded FhuD2 from Staphylococcus Aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fna
タイトルStructure of unliganded FhuD2 from Staphylococcus Aureus
要素Ferric hydroxamate receptor 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Class III Solute Binding Protein / transport of hydroxamate siderophores / FhuCBG / membrane-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shilton, B.H. / Heinrichs, D.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal and solution structure analysis of FhuD2 from Staphylococcus aureus in multiple unliganded conformations and bound to ferrioxamine-B.
著者: Podkowa, K.J. / Briere, L.A. / Heinrichs, D.E. / Shilton, B.H.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric hydroxamate receptor 2
B: Ferric hydroxamate receptor 2
C: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,10016
ポリマ－94,8513
非ポリマー1,24913
水00
1
A: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8093
ポリマ－31,6171
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,57811
ポリマ－31,6171
非ポリマー96110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7132
ポリマ－31,6171
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.507, 207.507, 162.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質 Ferric hydroxamate receptor 2


分子量: 31617.119 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 25-302 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expressed as GST fusion; GST removed using TEV protease
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: fhud2 / プラスミド: pMTS57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7BGA5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.37 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M glycine, 3.5 to 3.8 M ammonium sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月28日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→24.714 Å / Num. all: 22693 / Num. obs: 22690 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 141 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.222 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4FKM

4fkm


解像度: 3.5→24.714 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 1077 4.87 %
Rwork0.2201 --
obs0.2232 22125 97.84 %
all-22624 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 124.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.419 Å2-23.419 Å246.839 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→24.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6618 0 65 0 6683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5689143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9252595
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-3.65890.35081410.29582538X-RAY DIFFRACTION96
3.6589-3.85110.3761370.2652530X-RAY DIFFRACTION96
3.8511-4.09140.29191350.23322569X-RAY DIFFRACTION96
4.0914-4.40570.25391310.20982588X-RAY DIFFRACTION98
4.4057-4.8460.30661380.20482619X-RAY DIFFRACTION98
4.846-5.54030.29481140.2212690X-RAY DIFFRACTION99
5.5403-6.95440.32541150.24462739X-RAY DIFFRACTION100
6.9544-24.71480.22691660.18932775X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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