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- PDB-4fmi: Merkel cell polyomavirus VP1 in complex with 3'-sialyllactosamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fmi
タイトルMerkel cell polyomavirus VP1 in complex with 3'-sialyllactosamine
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / viral capsid protein / jelly roll / encapsidation / receptor binding / sialylated oligosaccharides
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-N-acetyllactosamine / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Neu, U. / Hengel, H. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structures of Merkel Cell Polyomavirus VP1 Complexes Define a Sialic Acid Binding Site Required for Infection.
著者: Neu, U. / Hengel, H. / Blaum, B.S. / Schowalter, R.M. / Macejak, D. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Imamura, A. / Ando, H. / Kiso, M. / Arnberg, N. / Garcea, R.L. / Peters, T. / Buck, C.B. / Stehle, T.
履歴
登録2012年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
K: VP1
L: VP1
M: VP1
N: VP1
O: VP1
P: VP1
Q: VP1
R: VP1
S: VP1
T: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)643,35470
ポリマ－638,54320
非ポリマー4,81150
水66,2413677
1
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,25717
ポリマ－159,6365
非ポリマー1,62212
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26250 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area49880 Å2
手法PISA
2
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,27415
ポリマ－159,6365
非ポリマー63810
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25030 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area49340 Å2
手法PISA
3
K: VP1
L: VP1
M: VP1
N: VP1
O: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,95120
ポリマ－159,6365
非ポリマー1,31515
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26430 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area49510 Å2
手法PISA
4
P: VP1
Q: VP1
R: VP1
S: VP1
T: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,87218
ポリマ－159,6365
非ポリマー1,23713
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25590 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area49430 Å2
手法PISA
5
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
K: VP1
L: VP1
M: VP1
N: VP1
O: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,20937
ポリマ－319,27210
非ポリマー2,93727
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area56580 Å2
ΔGint-499 kcal/mol
Surface area95500 Å2
手法PISA
6
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
P: VP1
Q: VP1
R: VP1
S: VP1
T: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,14633
ポリマ－319,27210
非ポリマー1,87423
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54250 Å2
ΔGint-495 kcal/mol
Surface area95140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.040, 85.700, 248.730
Angle α, β, γ (deg.)93.02, 100.41, 108.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A59 - 64
2115B59 - 64
3115C59 - 64
4115D59 - 64
5115E59 - 64
6115F59 - 64
7115G59 - 64
8115H59 - 64
9115I59 - 64
10115J59 - 64
11115K59 - 64
12115L59 - 64
13115M59 - 64
14115N59 - 64
15115O59 - 64
16115P59 - 64
17115Q59 - 64
18115R59 - 64
19115S59 - 64
20115T59 - 64
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3215C96 - 100
4215D96 - 100
5215E96 - 100
6215F96 - 100
7215G96 - 100
8215H96 - 100
9215I96 - 100
10215J96 - 100
11215K96 - 100
12215L96 - 100
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14215N96 - 100
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16215P96 - 100
17215Q96 - 100
18215R96 - 100
19215S96 - 100
20215T96 - 100
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2315B123 - 142
3315C123 - 142
4315D123 - 142
5315E123 - 142
6315F123 - 142
7315G123 - 142
8315H123 - 142
9315I123 - 142
10315J123 - 142
11315K123 - 142
12315L123 - 142
13315M123 - 142
14315N123 - 142
15315O123 - 142
16315P123 - 142
17315Q123 - 142
18315R123 - 142
19315S123 - 142
20315T123 - 142
1415A167 - 182
2415B167 - 182
3415C167 - 182
4415D167 - 182
5415E167 - 182
6415F167 - 182
7415G167 - 182
8415H167 - 182
9415I167 - 182
10415J167 - 182
11415K167 - 182
12415L167 - 182
13415M167 - 182
14415N167 - 182
15415O167 - 182
16415P167 - 182
17415Q167 - 182
18415R167 - 182
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7515G311 - 316
8515H311 - 316
9515I311 - 316
10515J311 - 316
11515K311 - 316
12515L311 - 316
13515M311 - 316
14515N311 - 316
15515O311 - 316
16515P311 - 316
17515Q311 - 316
18515R311 - 316
19515S311 - 316
20515T311 - 316
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6615F303 - 307
7615G303 - 307
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19615S303 - 307
20615T303 - 307
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8715H259 - 261
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11715K259 - 261
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13715M259 - 261
14715N259 - 261
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16715P259 - 261
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18715R259 - 261
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8815H272 - 275
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13815M272 - 275
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19815S272 - 275
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3915C224 - 238
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6915F224 - 238
7915G224 - 238
8915H224 - 238
9915I224 - 238
10915J224 - 238
11915K224 - 238
12915L224 - 238
13915M224 - 238
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101115J284 - 294
111115K284 - 294
121115L284 - 294
131115M284 - 294
141115N284 - 294
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71215G153 - 156
81215H153 - 156
91215I153 - 156
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131215M153 - 156
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51315E190 - 196
61315F190 - 196
71315G190 - 196
81315H190 - 196
91315I190 - 196
101315J190 - 196
111315K190 - 196
121315L190 - 196
131315M190 - 196
141315N190 - 196
151315O190 - 196
161315P190 - 196
171315Q190 - 196
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191315S190 - 196
201315T190 - 196
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31415C254 - 257
41415D254 - 257
51415E254 - 257
61415F254 - 257
71415G254 - 257
81415H254 - 257
91415I254 - 257
101415J254 - 257
111415K254 - 257
121415L254 - 257
131415M254 - 257
141415N254 - 257
151415O254 - 257
161415P254 - 257
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181415R254 - 257
191415S254 - 257
201415T254 - 257
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21515B264 - 269
31515C264 - 269
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51515E264 - 269
61515F264 - 269
71515G264 - 269
81515H264 - 269
91515I264 - 269
101515J264 - 269
111515K264 - 269
121515L264 - 269
131515M264 - 269
141515N264 - 269
151515O264 - 269
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181515R264 - 269
191515S264 - 269
201515T264 - 269

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST

#1: タンパク質
VP1


分子量: 31927.154 Da / 分子数: 20 / 断片: UNP residues 37-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
株: W162 / 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JPK1

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 3723分子

#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
解説: THE CRYSTAL SUFFERED FROM RADIATION DAMAGE DURING DATA COLLECTION.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 6% w/v PEG3350, 0.3 M magnesium chloride, soaked in 20 mM 3'-sialyllactosamine, cryoprotection: 25% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 440784 / Num. obs: 395073 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.24
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.948 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE BINDING SITES IN CHAINS B, C, H, J, K, O, Q, R AND S CONTAIN ONLY VERY WEAK ELECTRON DENSITY FEATURES FOR THE LIGAND. RESIDUES 71 AND 72 ADOPT MULTIPLE CONFORMATIONS IN THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23589 3934 1 %RANDOM
Rwork0.19559 ---
obs0.196 391137 89.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.911 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0.11 Å2-0.63 Å2
2--1.37 Å2-0.21 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42708 0 291 3677 46676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02244469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1111.97860666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03155544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56425.0731839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.442157353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.53615163
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.26827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02133576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.015327593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.785545061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.648716876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.866915594
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A452medium positional0.080.5
2B452medium positional0.090.5
3C452medium positional0.10.5
4D452medium positional0.070.5
5E452medium positional0.090.5
6F452medium positional0.090.5
7G452medium positional0.080.5
8H452medium positional0.090.5
9I452medium positional0.10.5
10J452medium positional0.080.5
11K452medium positional0.090.5
12L452medium positional0.090.5
13M452medium positional0.090.5
14N452medium positional0.090.5
15O452medium positional0.090.5
16P452medium positional0.080.5
17Q452medium positional0.080.5
18R452medium positional0.080.5
19S452medium positional0.070.5
20T452medium positional0.080.5
1A403loose positional0.125
2B403loose positional0.145
3C403loose positional0.145
4D403loose positional0.135
5E403loose positional0.145
6F403loose positional0.135
7G403loose positional0.135
8H403loose positional0.145
9I403loose positional0.145
10J403loose positional0.135
11K403loose positional0.125
12L403loose positional0.145
13M403loose positional0.145
14N403loose positional0.145
15O403loose positional0.135
16P403loose positional0.185
17Q403loose positional0.145
18R403loose positional0.175
19S403loose positional0.145
20T403loose positional0.135
1A452medium thermal0.572
2B452medium thermal0.592
3C452medium thermal0.622
4D452medium thermal0.592
5E452medium thermal0.612
6F452medium thermal0.722
7G452medium thermal0.552
8H452medium thermal0.582
9I452medium thermal0.692
10J452medium thermal0.642
11K452medium thermal0.572
12L452medium thermal0.62
13M452medium thermal0.642
14N452medium thermal0.622
15O452medium thermal0.572
16P452medium thermal0.682
17Q452medium thermal0.682
18R452medium thermal0.712
19S452medium thermal0.632
20T452medium thermal0.552
1A403loose thermal0.6810
2B403loose thermal0.6810
3C403loose thermal0.6810
4D403loose thermal0.7110
5E403loose thermal0.7310
6F403loose thermal0.7910
7G403loose thermal0.6710
8H403loose thermal0.6810
9I403loose thermal0.7310
10J403loose thermal0.6810
11K403loose thermal0.6910
12L403loose thermal0.7510
13M403loose thermal0.7510
14N403loose thermal0.6710
15O403loose thermal0.7310
16P403loose thermal0.7510
17Q403loose thermal0.7410
18R403loose thermal0.7710
19S403loose thermal0.7110
20T403loose thermal0.6610
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 212 -
Rwork0.299 24866 -
obs--77.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0006-0.84611.82291.1207-1.18114.2252-0.08750.21070.1864-0.0256-0.1645-0.1045-0.18130.42590.25210.0674-0.05190.00950.08420.00890.112820.82422.772-7.52
20.3683-0.04880.07350.38580.0660.4861-0.01250.01490.0828-0.0216-0.02030.012-0.12240.0570.03290.0337-0.0218-0.00980.03520.00020.0512.1220.4911.732
31.0573-0.12681.28651.616-1.88074.85910.0630.1054-0.0829-0.25040.0115-0.10580.48170.0262-0.07460.11520.05340.03930.1192-0.03320.128924.085-12.295-16.976
40.53390.14110.07810.4436-0.0470.6637-0.02830.08470.0167-0.05890.014-0.04490.01350.17060.01440.01890.01630.01320.08470.00640.041923.157-3.909-8.05
51.64480.2207-0.0151.0796-1.25627.33350.00630.0213-0.1178-0.13570.07430.05930.4209-0.4413-0.08050.1874-0.00050.00570.0531-0.05690.1888-8.061-27.596-15.384
60.408-0.01510.0080.3040.00610.45060.01350.0312-0.0762-0.0557-0.005-0.03630.12730.0374-0.00850.05640.01370.01090.00790.00270.05011.931-23.942-6.616
70.5323-0.1831.13010.81560.57885.6007-0.07620.0180.0265-0.0836-0.03680.0937-0.1673-0.47780.11290.0411-0.0321-0.00280.1464-0.01040.1261-30.696-3.5040.366
80.3330.0594-0.04730.4364-0.020.53310.00940.0153-0.0369-0.0334-0.04120.04340.0737-0.12380.03180.0162-0.01150.00590.0351-0.00850.031-21.04-10.7543.425
98.90332.26846.71331.55621.23511.1983-0.49450.63260.3285-0.26210.15040.002-0.73980.42140.34420.13830.0137-0.04170.07630.00470.1141-20.30529.677-14.994
100.57080.04570.09330.3974-0.0050.468-0.0313-0.0260.07630.0001-0.0220.0509-0.0819-0.06540.05320.0170.0071-0.00610.0203-0.02170.03-14.47517.189.17
118.21.76076.57392.52342.796.2218-0.40190.23240.3115-0.33050.05010.1754-0.5750.14310.35170.21290.0114-0.06530.12060.01790.094614.955.185-137.934
120.65190.03540.19980.4553-0.01570.533-0.0669-0.02930.05490.06170.010.0832-0.1457-0.10610.05680.05780.0324-0.00440.0226-0.00950.023321.092-5.128-113.05
132.0458-1.0282.45260.9324-0.98995.50610.00350.37720.1449-0.1417-0.153-0.06420.14490.36580.14950.0985-0.0615-0.02280.13040.04310.069653.3550.245-135.849
140.3599-0.03530.14260.4473-0.00260.6395-0.04330.04040.07960.0285-0.01-0.02-0.15860.08960.05330.0728-0.0256-0.02740.04240.00680.038848.379-2.349-120.31
150.8532-1.12930.78398.7366-6.34868.8934-0.10670.0658-0.2173-0.51290.1817-0.11450.54520.0438-0.0750.0844-0.010.05560.1899-0.00290.097354.11-29.666-155.674
160.52830.13150.05510.5008-0.05620.6459-0.01590.0745-0.0154-0.01650.0102-0.07040.0570.19780.00560.03260.0342-0.0010.08240.00170.047859.304-28.483-128.074
175.33640.6317-4.72382.6376-1.959815.7593-0.11380.53990.1055-0.26610.21760.18420.6394-0.7672-0.10380.0886-0.0402-0.02160.083-0.00430.05625.371-47.775-149.325
180.4451-0.00530.02410.48590.01230.54540.00880.0385-0.0617-0.00840.0143-0.02920.20880.0069-0.0230.09740.01110.00560.00990.00570.039337.393-47.373-124.178
190.41230.08730.5651.10880.36185.0174-0.06940.06290.0282-0.1226-0.0090.1531-0.3089-0.46820.07830.04860.0243-0.00170.2030.01050.17013.572-26.353-126.22
200.45260.03870.01950.5159-0.05120.67110.0066-0.022-0.04020.0115-0.0170.08570.092-0.16040.01040.0303-0.00860.02050.05290.0080.035214.297-33.25-115.883
215.95072.31575.25964.1113.478813.48180.2176-0.4871-0.13340.6112-0.0359-0.14160.7146-0.6848-0.18180.1131-0.00150.00160.10280.00620.0626-36.85719.573-31.054
220.3775-0.01120.14560.45790.05170.54610.003-0.07850.06030.0092-0.03730.0392-0.0972-0.17230.03420.03360.0255-0.00590.0588-0.01760.0397-38.53728.213-58.19
231.6715-0.3583-0.5121.55981.633611.9991-0.0115-0.2176-0.08960.19740.0849-0.09850.63320.2561-0.07340.1329-0.0313-0.01290.0540.01670.1144-31.08-11.945-43.534
240.4299-0.06140.03140.30170.07310.56710.0033-0.0344-0.0391-0.004-0.01650.05910.0918-0.12030.01320.0357-0.0213-0.01180.0369-0.01080.034-37.4910.459-65.629
255.45622.6384-0.98615.2165-5.435110.97310.2844-0.643-0.08740.3295-0.7112-0.3012-0.16031.03530.42670.15990.014-0.06110.1852-0.00110.12182.165-13.341-51.275
260.32710.00330.04170.4711-0.00010.49460.01210.0078-0.07-0.031-0.018-0.04780.11570.02470.0060.0610.01080.00340.0117-0.01020.0342-10.447-6.147-73.976
270.661-0.98021.42261.9069-1.82424.3146-0.0771-0.03040.0370.1939-0.0116-0.1411-0.29810.2170.08880.0631-0.0560.00120.13380.01640.149213.02522.482-60.143
280.378400.07030.3613-0.03430.6891-0.00150.0102-0.0072-0.0369-0.011-0.0785-0.03110.13840.01240.0428-0.01590.02190.04870.00310.05155.2317.819-72.276
292.5441-0.64422.08591.1677-0.74253.6131-0.117-0.14220.0880.10860.0432-0.0074-0.4440.03390.07390.1488-0.01270.00240.0292-0.02850.0786-16.55944.643-52.752
300.3963-0.01230.030.469-0.00980.5887-0.003-0.04940.0593-0.0141-0.0165-0.0565-0.16820.07130.01940.0699-0.01440.00550.0182-0.00060.027-11.43438.712-62.761
310.5573-0.32050.56370.78360.45466.70460.0633-0.0785-0.06330.0711-0.07870.05860.5884-0.02730.01550.092-0.07110.00550.13470.02120.1390.954-38.78-181.327
320.5884-0.1075-0.05780.39050.07460.52680.0124-0.0603-0.05180.0432-0.01090.05160.067-0.0994-0.00150.0339-0.0346-0.01450.0710.00330.0627-1.941-27.311-185.165
331.23920.1788-0.0990.6172-0.38092.75680.03830.0929-0.04780.0286-0.0833-0.07550.21680.45030.0450.07650.0154-0.00620.0997-0.01160.073733.01-36.287-194.912
340.42080.05570.0420.4702-0.02460.5830.0292-0.0378-0.09580.0209-0.0168-0.00780.1170.0232-0.01240.0374-0.0015-0.01390.0382-0.00460.055124.106-34.875-193.13
353.3309-2.47871.83425.6875-3.67555.422-0.2496-0.26950.2260.5180.1307-0.2609-0.4310.03570.11880.0885-0.0456-0.02660.1963-0.02320.108351.728-9.935-168.934
360.39620.00610.05070.3407-0.08540.59650.00210.01750.0046-0.0137-0.01-0.06340.01710.11310.0080.0137-0.01860.00880.06740.00470.040541.055-10.699-194.601
376.5622-1.2613.78572.3676-1.75915.8375-0.1953-0.77960.29650.33590.09670.0036-0.4191-0.30630.09870.1423-0.04050.00090.1287-0.04640.075827.3512.05-158.645
380.37490.0388-0.08890.3205-0.06660.5293-0.011-0.03110.07330.01860.0022-0.014-0.12560.0480.00870.0341-0.0066-0.00270.01130.0080.047823.21111.215-187.107
394.84942.21925.86154.91053.595813.03560.1291-0.2023-0.16190.57310.0954-0.20030.5259-0.5539-0.22460.09080.00780.00370.122-0.02330.094-1.747-5.979-154.568
400.4093-0.00580.05580.4345-0.02630.39190.0051-0.02450.09050.0368-0.01860.04-0.0735-0.10970.01350.01810.0140.00270.050.00620.0536-2.90.408-181.427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A78 - 319
3X-RAY DIFFRACTION3B41 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4B78 - 319
5X-RAY DIFFRACTION5C40 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6C74 - 319
7X-RAY DIFFRACTION7D40 - 79
8X-RAY DIFFRACTION8D80 - 319
9X-RAY DIFFRACTION9E40 - 57
10X-RAY DIFFRACTION10E58 - 319
11X-RAY DIFFRACTION11F40 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12F58 - 319
13X-RAY DIFFRACTION13G41 - 69
14X-RAY DIFFRACTION14G70 - 319
15X-RAY DIFFRACTION15H40 - 56
16X-RAY DIFFRACTION16H57 - 319
17X-RAY DIFFRACTION17I40 - 57
18X-RAY DIFFRACTION18I58 - 319
19X-RAY DIFFRACTION19J41 - 69
20X-RAY DIFFRACTION20J70 - 319
21X-RAY DIFFRACTION21K40 - 56
22X-RAY DIFFRACTION22K57 - 319
23X-RAY DIFFRACTION23L39 - 58
24X-RAY DIFFRACTION24L59 - 319
25X-RAY DIFFRACTION25M40 - 57
26X-RAY DIFFRACTION26M58 - 320
27X-RAY DIFFRACTION27N40 - 70
28X-RAY DIFFRACTION28N71 - 320
29X-RAY DIFFRACTION29O41 - 77
30X-RAY DIFFRACTION30O78 - 319
31X-RAY DIFFRACTION31P41 - 78
32X-RAY DIFFRACTION32P79 - 319
33X-RAY DIFFRACTION33Q41 - 86
34X-RAY DIFFRACTION34Q87 - 319
35X-RAY DIFFRACTION35R40 - 56
36X-RAY DIFFRACTION36R57 - 320
37X-RAY DIFFRACTION37S40 - 56
38X-RAY DIFFRACTION38S57 - 319
39X-RAY DIFFRACTION39T40 - 57
40X-RAY DIFFRACTION40T58 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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