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- PDB-4fmd: EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fmd
タイトルEspG-Rab1 complex structure at 3.05 A
要素
  • (Ras-related protein Rab- ...) x 2
  • EspG protein
キーワードPROTEIN BINDING / alpha-beta fold / Rab1-GAP / Rab1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / COPII-coated vesicle cargo loading / melanosome transport / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / COPII-coated vesicle cargo loading / melanosome transport / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / transport vesicle membrane / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / endomembrane system / substrate adhesion-dependent cell spreading / small monomeric GTPase / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / autophagy / endocytosis / melanosome / cell migration / G protein activity / early endosome / defense response to bacterium / cadherin binding / Golgi membrane / cysteine-type endopeptidase activity / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
EspG protein, N-terminal domain / Cysteine protease, VirA/EspG / Cysteine protease, VirA/EspG, N-terminal / EspG protein / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...EspG protein, N-terminal domain / Cysteine protease, VirA/EspG / Cysteine protease, VirA/EspG, N-terminal / EspG protein / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Ras-related protein Rab-1A / EspG protein / T3SS secreted effector EspG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Shao, F. / Zhu, Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Structurally Distinct Bacterial TBC-like GAPs Link Arf GTPase to Rab1 Inactivation to Counteract Host Defenses.
著者: Dong, N. / Zhu, Y. / Lu, Q. / Hu, L. / Zheng, Y. / Shao, F.
履歴
登録2012年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EspG protein
B: Ras-related protein Rab-1A
C: EspG protein
D: Ras-related protein Rab-1A
E: EspG protein
F: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,12517
ポリマ－174,2146
非ポリマー1,91111
水1448
1
A: EspG protein
B: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9325
ポリマ－58,3812
非ポリマー5513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
2
C: EspG protein
D: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0826
ポリマ－58,3812
非ポリマー7024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
3
E: EspG protein
F: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1106
ポリマ－57,4532
非ポリマー6584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.568, 153.221, 230.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A48 - 395
2114C48 - 395
3114E48 - 395
1124B8 - 502
2124D8 - 502

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ACE

#1: タンパク質 EspG protein


分子量: 38903.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157 / 遺伝子: espG / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5WMC0, UniProt: Q7DB50*PLUS

-
Ras-related protein Rab- ... , 2種, 3分子 BDF

#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-1A / YPT1-related protein


分子量: 19477.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1, RAB1A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62820
#3: タンパク質 Ras-related protein Rab-1A / YPT1-related protein


分子量: 18549.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1, RAB1A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62820

-
非ポリマー , 6種, 19分子

#4: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細RESIDUES WERE CONFIRMED BY GENE SEQUENCING

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97923
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 36189 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 51.765 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1807 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 36032 99 %-
all-36414 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.62 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---6.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12024 0 114 8 12146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02212349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.97716764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.11851535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.77624.575553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.441152152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.811581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4531.57701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.856212493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.91934648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6434.54271
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2696medium positional0.420.5
12C2696medium positional0.360.5
13E2696medium positional0.370.5
21B1387medium positional0.220.5
11A2696medium thermal0.42
12C2696medium thermal0.32
13E2696medium thermal0.322
21B1387medium thermal0.432
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 137 -
Rwork0.289 2513 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18411.0568-0.97551.8312-0.79221.3144-0.00350.0712-0.2741-0.00090.0589-0.1089-0.08990.0975-0.05540.0940.0174-0.05510.1205-0.08120.3494-32.6679-59.110155.2994
25.14161.019-0.37012.9780.48622.12380.05750.0167-0.0516-0.0530.21940.2597-0.35710.2022-0.27690.1623-0.16630.1020.2362-0.0980.1287-13.8221-32.773748.7227
32.32210.2126-0.17282.9034-0.1681.4399-0.23120.58520.0697-0.5730.50750.4120.1484-0.2372-0.27630.3733-0.191-0.16710.520.20980.3258-51.6717-49.556322.9004
44.03121.187-0.5215.1692-0.94043.00480.00160.52651.07830.07040.51370.407-0.6312-0.1-0.51530.44110.00490.1090.19680.27760.699-42.2915-18.518130.1933
55.7102-2.03871.7843.47450.3583.73340.3894-0.18350.2487-0.0667-0.2731-0.17690.369-0.3512-0.11640.3011-0.0586-0.01310.52520.02290.2905-16.8327-25.1628-10.0808
63.12231.05151.29857.51032.71193.75960.8320.4992-1.32320.5209-0.3386-0.3751.58950.0227-0.49341.25770.1065-0.57940.5794-0.31911.0335-8.4048-55.963-17.5539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 397
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 176
3X-RAY DIFFRACTION2B202 - 203
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 302
5X-RAY DIFFRACTION3C47 - 397
6X-RAY DIFFRACTION4D6 - 176
7X-RAY DIFFRACTION4D202 - 203
8X-RAY DIFFRACTION4D301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION5E47 - 396
10X-RAY DIFFRACTION6F13 - 176
11X-RAY DIFFRACTION6F202 - 203
12X-RAY DIFFRACTION6F301

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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