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万見
- PDB-2qlz: Crystal Structure of Transcription Factor PF0095 from Pyrococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qlz
タイトルCrystal Structure of Transcription Factor PF0095 from Pyrococcus furiosus
要素Transcription Factor PF0095
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2960 / : / PF0095-like, C-terminal domain / : / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2960 / : / PF0095-like, C-terminal domain / : / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH arsR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, H. / Lipscomb, G.L. / Scott, R.A. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Transcription Factor PF0095 from Pyrococcus furiosus
著者: Yang, H. / Lipscomb, G.L. / Scott, R.A. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
履歴
登録2007年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription Factor PF0095
B: Transcription Factor PF0095
C: Transcription Factor PF0095
D: Transcription Factor PF0095


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1934
ポリマ－109,1934
非ポリマー00
水1,802100
1
A: Transcription Factor PF0095
B: Transcription Factor PF0095


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5962
ポリマ－54,5962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8142 Å2
手法PISA
2
C: Transcription Factor PF0095
D: Transcription Factor PF0095


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5962
ポリマ－54,5962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8146 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.132, 174.699, 52.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 223 / Label seq-ID: 2 - 223

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The biological assembly is a dimer.

-
要素

#1: タンパク質
Transcription Factor PF0095


分子量: 27298.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 解説: SeMet labeled / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8U4J2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 291 K / pH: 4.4
詳細: 20mM Calcium Chloride, 25% MPD, pH 4.4, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月27日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.43 Å / Num. obs: 28832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 43.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 10.471 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.982 / ESU R Free: 0.341
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27132 1484 4.9 %RANDOM
Rwork0.22571 ---
obs0.22791 28832 100 %-
all-2038 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6959 0 0 100 7059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.9939503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5635857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.01424.503302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.858151391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.6531539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.23126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.24832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6531.54458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03926987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14132935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7654.52516
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A828medium positional0.390.5
2B828medium positional0.460.5
3C828medium positional0.490.5
4D828medium positional0.330.5
1A812loose positional0.785
2B812loose positional0.855
3C812loose positional0.945
4D812loose positional0.795
1A828medium thermal0.792
2B828medium thermal0.542
3C828medium thermal0.62
4D828medium thermal0.482
1A812loose thermal1.4610
2B812loose thermal1.0310
3C812loose thermal1.3210
4D812loose thermal1.0410
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 111 -
Rwork0.237 2038 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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