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万見
- PDB-4fmb: VirA-Rab1 complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fmb
タイトルVirA-Rab1 complex structure
要素
  • Cysteine protease-like virA
  • Ras-related protein Rab-1A
キーワードPROTEIN BINDING / alpha-beta fold / Rab1-GAP complex / Rab1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / COPII-coated vesicle cargo loading / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / melanosome transport / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / vesicle transport along microtubule / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / COPII-coated vesicle cargo loading / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / melanosome transport / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / vesicle transport along microtubule / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / transport vesicle membrane / Golgi organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / autophagosome assembly / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / endomembrane system / substrate adhesion-dependent cell spreading / small monomeric GTPase / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / autophagy / endocytosis / melanosome / cell migration / G protein activity / early endosome / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / defense response to bacterium / cadherin binding / Golgi membrane / cysteine-type endopeptidase activity / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
EspG protein, N-terminal domain / Cysteine protease, VirA/EspG / Cysteine protease, VirA/EspG, N-terminal / EspG protein / : / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, ...EspG protein, N-terminal domain / Cysteine protease, VirA/EspG / Cysteine protease, VirA/EspG, N-terminal / EspG protein / : / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-1A / Cysteine protease-like VirA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Shao, F. / Zhu, Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Structurally Distinct Bacterial TBC-like GAPs Link Arf GTPase to Rab1 Inactivation to Counteract Host Defenses.
著者: Dong, N. / Zhu, Y. / Lu, Q. / Hu, L. / Zheng, Y. / Shao, F.
履歴
登録2012年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine protease-like virA
B: Ras-related protein Rab-1A
C: Cysteine protease-like virA
D: Ras-related protein Rab-1A
E: Cysteine protease-like virA
F: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,23015
ポリマ－178,5766
非ポリマー1,6549
水1629
1
A: Cysteine protease-like virA
B: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0775
ポリマ－59,5252
非ポリマー5513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
2
C: Cysteine protease-like virA
D: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0775
ポリマ－59,5252
非ポリマー5513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
3
E: Cysteine protease-like virA
F: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0775
ポリマ－59,5252
非ポリマー5513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
4
A: Cysteine protease-like virA
B: Ras-related protein Rab-1A
C: Cysteine protease-like virA
D: Ras-related protein Rab-1A
E: Cysteine protease-like virA
F: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子

A: Cysteine protease-like virA
B: Ras-related protein Rab-1A
C: Cysteine protease-like virA
D: Ras-related protein Rab-1A
E: Cysteine protease-like virA
F: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,46030
ポリマ－357,15112
非ポリマー3,30918
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area38290 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area126990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.118, 127.311, 107.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Cysteine protease-like virA / Effector protein virA


分子量: 40140.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 301 / 遺伝子: CP0181, pWR501_0191, virA / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7BU69, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-1A / YPT1-related protein


分子量: 19384.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1, RAB1A / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62820

-
非ポリマー , 4種, 18分子

#3: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE


分子量: 83.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES WERE CONFIRMED BY GENE SEQUENCING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.35 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.6
詳細: 0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 40511 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1886 4.6 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 37746 93.2 %-
all-40511 --
溶媒の処理Bsol: 55.06 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 105.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.368 Å2-0 Å232.263 Å2
2--24.747 Å20 Å2
3----8.379 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12327 0 99 9 12435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.6031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.2842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.4262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.8252.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3884 142 -
Rwork0.4134 2594 -
obs--66.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION6GDP.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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