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- PDB-4flp: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRDT in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4flp
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRDT in complex with the inhibitor JQ1
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/INHIBITOR / BRDT / bromodomain containing protein testis specific / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / TRANSCRIPTION REGULATOR-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JQ1 / : / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Qi, J. / Felletar, I. / Canning, P. / Muniz, J. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Qi, J. / Felletar, I. / Canning, P. / Muniz, J. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bradner, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Small-Molecule Inhibition of BRDT for Male Contraception.
著者: Matzuk, M.M. / McKeown, M.R. / Filippakopoulos, P. / Li, Q. / Ma, L. / Agno, J.E. / Lemieux, M.E. / Picaud, S. / Yu, R.N. / Qi, J. / Knapp, S. / Bradner, J.E.
履歴
登録2012年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2885
ポリマ－28,3332
非ポリマー9553
水1,06359
1
A: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6242
ポリマ－14,1661
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6643
ポリマ－14,1661
非ポリマー4972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.400, 57.420, 128.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

K

21B-307-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 14166.427 Da / 分子数: 2 / 断片: first bromodomain (UNP residues 21-137) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物 ChemComp-JQ1 / (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium


分子量: 457.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26ClN4O2S / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M BisTris propane pH 8.0, 0.15M KSCN, 25% PEG3350, 10% EtGly , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 4.1 / 数: 50419 / Rsym value: 0.11 / D res high: 2.2 Å / D res low: 37.4 Å / Num. obs: 14655 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.9637.496.410.0670.0673
4.926.9699.110.0810.0813.2
4.024.929910.0840.0843.1
3.484.029910.0840.0843.5
3.113.4899.410.0880.0883.5
2.843.1199.810.1210.1213.4
2.632.8499.910.1910.1913.5
2.462.6399.910.2870.2873.5
2.322.4699.910.4360.4363.5
2.22.3299.910.6550.6553.6
反射解像度: 2.2→37.4 Å / Num. all: 14729 / Num. obs: 14655 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.2-2.323.60.6551.10.655199.9
2.32-2.463.50.4361.70.436199.9
2.46-2.633.50.2872.60.287199.9
2.63-2.843.50.1913.80.191199.9
2.84-3.113.40.1215.70.121199.8
3.11-3.483.50.0886.60.088199.4
3.48-4.023.50.08470.084199
4.02-4.923.10.0846.50.084199
4.92-6.963.20.0816.20.081199.1
6.96-37.430.0676.90.067196.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 47.72 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å35.93 Å
Translation2.5 Å35.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of 2RFJ, 2OSS, 2OUO, 2GRC, 2OO1, 3DAI, 3D7C, 3DWY

2rfj

2oss

2ouo

2grc

2oo1

3dai

3d7c

3dwy


解像度: 2.23→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 12.026 / SU ML: 0.167 / SU R Cruickshank DPI: 0.2648 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25487 708 5 %RANDOM
Rwork0.21113 ---
obs0.21343 13419 99.71 %-
all-14168 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.929 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1730 0 63 59 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.662.0062572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9233.0013014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8935220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59625.24482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.00615317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.536154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1731093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2593421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.33551774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.8478788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.79911795
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.499 46 -
Rwork0.356 978 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31240.2977-0.41590.9486-0.35160.9864-0.13290.0226-0.16620.01850.0593-0.08790.086-0.03810.07360.04320.00470.02250.1797-0.01040.080710.0889-14.6915-26.5138
20.1063-0.3148-0.24151.5854-0.58313.34290.0510.0435-0.0077-0.1856-0.02810.01180.1909-0.2902-0.02290.1253-0.042-0.04680.248-0.02090.027612.8874-5.7402-53.9038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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