PDB-4fla: Crystal structure of human RPRD1B, carboxy-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fla

タイトル

Crystal structure of human RPRD1B, carboxy-terminal domain

要素

Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell cycle process / RNA polymerase II promoter clearance / mRNA 3'-end processing / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. ...

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: RPRD1A and RPRD1B are human RNA polymerase II C-terminal domain scaffolds for Ser5 dephosphorylation.
著者: Ni, Z. / Xu, C. / Guo, X. / Hunter, G.O. / Kuznetsova, O.V. / Tempel, W. / Marcon, E. / Zhong, G. / Guo, H. / Kuo, W.H. / Li, J. / Young, P. / Olsen, J.B. / Wan, C. / Loppnau, P. / El ...

履歴

登録	2012年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月16日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fla.cif.gz	209.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fla.ent.gz	170.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fla_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fla_full_validation.pdf.gz	461 KB	表示
XML形式データ	4fla_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	4fla_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/4fla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/4fla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4flbC 4jxtC 4q94C 4q96C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tql-2 5jxc-1 2ba2-d 4njl-d 5jxc-2 5lxo-4 4tql-1 5lxn-4 3okq-1 3u1a-2 3bat-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

C: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

D: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

69.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

D: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B

ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.221, 100.221, 142.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B / Cell cycle-related and expression-elevated protein in tumor 分子量: 17365.674 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 172-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPRD1B, C20orf77, CREPT / プラスミド: pET28 MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NQG5
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG-3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.97931
シンクロトロン	APS	23-ID-B	2	0.97944

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2012年2月24日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97931	1
2	0.97944	1

反射

解像度: 2.2→47.63 Å / Num. obs: 37701 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 9.62 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 15.5351

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.32	9.81	0.93	52846	5387	1,2	100
2.32-2.46	9.8	0.65	50382	5140	1,2	99.98
2.46-2.63	9.8	0.43	47249	4819	1,2	100
2.63-2.84	9.77	0.3	44007	4503	1,2	99.98
2.84-3.11	9.74	0.18	40553	4163	1,2	99.97
3.11-3.48	9.67	0.11	36711	3798	1,2	100
3.48-4.02	9.53	0.06	32127	3372	1,2	100
4.02-4.92	9.26	0.04	26688	2881	1,2	100
4.92-6.96	9.15	0.05	20927	2287	1,2	99.95
6.96-47.63	8.41	0.02	11361	1351	1,2	99.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.3.20	データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.7.0027	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.235 / WR_factor R_work: 0.207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.46 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. unmerged intensities (SCALEPACK) for a selenomethionine derivative are included with the deposited structure ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2575	1587	4.212 %	thin shells (sftools)
R_work	0.2316	-	-	-
obs	0.233	37678	99.867 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.95 Å² / B_iso mean: 44.226 Å² / B_iso min: 13.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.791 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.791 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.583 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3871	0	7	148	4026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	2.002	5360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.326	3	9118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.173	5	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.544	25.48	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.351	15	802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.181	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	775

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.364	120	0.291	2601	2721	100
2.257-2.319	0.323	112	0.28	2541	2653	100
2.319-2.386	0.292	104	0.249	2500	2605	99.962
2.386-2.459	0.262	100	0.242	2423	2523	100
2.459-2.539	0.245	100	0.251	2324	2424	100
2.539-2.628		0	0.261	2372	2372	100
2.628-2.727	0.265	154	0.248	2139	2293	100
2.727-2.837	0.289	148	0.242	2063	2212	99.955
2.837-2.963		0	0.248	2121	2122	99.953
2.963-3.107	0.288	130	0.255	1896	2026	100
3.107-3.274	0.3	108	0.243	1818	1926	100
3.274-3.471	0.254	102	0.244	1760	1862	100
3.471-3.708		0	0.217	1741	1741	100
3.708-4.003	0.217	93	0.198	1533	1626	100
4.003-4.38	0.215	72	0.179	1438	1510	100
4.38-4.89	0.202	60	0.167	1316	1376	100
4.89-5.632	0.249	80	0.246	1152	1233	99.919
5.632-6.864	0.225	36	0.276	1017	1053	100
6.864-9.568	0.311	33	0.192	824	857	100
9.568-40	0.23	35	0.278	507	549	98.725

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0023	-0.0353	-0.0988	1.1864	3.4522	10.0747	-0.0069	-0.0049	0.0046	-0.1073	-0.1329	0.0569	-0.3614	-0.4444	0.1397	0.4259	0.0123	0.0051	0.1418	-0.0083	0.18	27.0761	47.88	61.546
2	0.3306	-0.5695	-1.8527	1.0098	3.2005	10.3981	-0.1425	0.0565	-0.0504	0.1408	-0.1	0.0987	0.7552	-0.2948	0.2425	0.4266	0.0041	-0.0028	0.1531	-0.0422	0.1745	26.0367	51.556	73.6678
3	0.0311	-0.1087	-0.3725	0.9524	2.8803	8.906	-0.056	0.0348	0.0009	0.0752	-0.0749	0.0897	0.2728	-0.2941	0.1309	0.1787	-0.0199	0.0203	0.086	-0.0008	0.1681	28.0901	54.2938	9.4048
4	0.1945	0.4648	1.4315	1.1434	3.4397	10.5701	-0.0663	-0.0365	0.027	-0.073	-0.0959	0.0931	-0.414	-0.2796	0.1622	0.2301	0.0239	0.0268	0.0848	-0.0267	0.1514	27.6889	51.0781	-2.5833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	176 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	176 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	175 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	175 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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