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万見
- PDB-4fl4: Scaffoldin conformation and dynamics revealed by a ternary comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fl4
タイトルScaffoldin conformation and dynamics revealed by a ternary complex from the Clostridium thermocellum cellulosome
要素
  • Cellulosome anchoring protein cohesin region
  • Glycoside hydrolase family 9
  • Scaffolding dockerin binding protein A
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / cohesin / dockerin / X module / cell surface / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4130 / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 1. / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Cellulase N-terminal ig-like domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulase, Ig-like domain / : / Glycoside hydrolase family 9, His active site ...Immunoglobulin-like - #4130 / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 1. / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Cellulase N-terminal ig-like domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulase, Ig-like domain / : / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoglucanase D / : / : / Scaffolding dockerin binding protein A / CipA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Currie, M.A. / Adams, J.J. / Faucher, F. / Bayer, E.A. / Jia, Z. / Smith, S.P. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Scaffoldin Conformation and Dynamics Revealed by a Ternary Complex from the Clostridium thermocellum Cellulosome.
著者: Currie, M.A. / Adams, J.J. / Faucher, F. / Bayer, E.A. / Jia, Z. / Smith, S.P.
履歴
登録2012年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年6月27日ID: 3P0D
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Database references
改定 1.22012年8月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 9
B: Scaffolding dockerin binding protein A
C: Cellulosome anchoring protein cohesin region
D: Glycoside hydrolase family 9
E: Scaffolding dockerin binding protein A
F: Cellulosome anchoring protein cohesin region
G: Glycoside hydrolase family 9
H: Scaffolding dockerin binding protein A
I: Cellulosome anchoring protein cohesin region
J: Glycoside hydrolase family 9
K: Scaffolding dockerin binding protein A
L: Cellulosome anchoring protein cohesin region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,84686
ポリマ－260,63312
非ポリマー6,21374
水77543
1
A: Glycoside hydrolase family 9
B: Scaffolding dockerin binding protein A
C: Cellulosome anchoring protein cohesin region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,56720
ポリマ－65,1583
非ポリマー1,40917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
2
D: Glycoside hydrolase family 9
E: Scaffolding dockerin binding protein A
F: Cellulosome anchoring protein cohesin region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,04825
ポリマ－65,1583
非ポリマー1,88922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
3
G: Glycoside hydrolase family 9
H: Scaffolding dockerin binding protein A
I: Cellulosome anchoring protein cohesin region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,56720
ポリマ－65,1583
非ポリマー1,40917
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
4
J: Glycoside hydrolase family 9
K: Scaffolding dockerin binding protein A
L: Cellulosome anchoring protein cohesin region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,66421
ポリマ－65,1583
非ポリマー1,50518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area24260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.374, 186.305, 191.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 9


分子量: 9948.213 Da / 分子数: 4 / 断片: type I dockerin (UNP residues 584-649) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
遺伝子: Cther_2220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D1NID1, UniProt: A3DDN1*PLUS
#2: タンパク質
Scaffolding dockerin binding protein A


分子量: 20550.199 Da / 分子数: 4 / 断片: type II cohesin (UNP residues 27-200) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
遺伝子: sdbA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71143
#3: タンパク質
Cellulosome anchoring protein cohesin region


分子量: 34659.938 Da / 分子数: 4
断片: type I cohesin, X module, type II dockerin (UNP residues 9-320)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
遺伝子: ClothDRAFT_2952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7HJU1, UniProt: Q46453*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 117分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 1.3-1.5 M lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 105418 / Num. obs: 104697 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 73.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 22.27
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.92 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10408 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.947 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 5241 5.01 %RANDOM
Rwork0.1909 ---
obs0.1932 104690 99.64 %-
all-104697 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.818 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.1839 Å2-0 Å2-0 Å2
2---9.2404 Å20 Å2
3----6.9435 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15953 0 306 43 16302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18922525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.115674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.83170.35541710.31373316X-RAY DIFFRACTION100
2.8317-2.8650.41611730.31023279X-RAY DIFFRACTION100
2.865-2.89980.3411740.29663276X-RAY DIFFRACTION100
2.8998-2.93640.3681740.29293273X-RAY DIFFRACTION100
2.9364-2.97490.35981560.29153295X-RAY DIFFRACTION100
2.9749-3.01550.36681740.27853300X-RAY DIFFRACTION100
3.0155-3.05840.34312120.27663265X-RAY DIFFRACTION99
3.0584-3.10390.32891770.26743250X-RAY DIFFRACTION100
3.1039-3.15220.33691690.24733323X-RAY DIFFRACTION100
3.1522-3.20370.28551530.23713284X-RAY DIFFRACTION100
3.2037-3.25870.29531590.21743343X-RAY DIFFRACTION100
3.2587-3.31770.28311770.22353298X-RAY DIFFRACTION100
3.3177-3.38120.27111610.22013279X-RAY DIFFRACTION100
3.3812-3.44990.27551880.21253252X-RAY DIFFRACTION99
3.4499-3.52450.24751740.20313324X-RAY DIFFRACTION100
3.5245-3.60610.24341810.1923299X-RAY DIFFRACTION100
3.6061-3.69570.23411710.18723274X-RAY DIFFRACTION99
3.6957-3.79490.24081610.17923290X-RAY DIFFRACTION100
3.7949-3.90580.23781740.18553254X-RAY DIFFRACTION98
3.9058-4.03090.23651780.17453308X-RAY DIFFRACTION99
4.0309-4.17370.23481540.16673343X-RAY DIFFRACTION99
4.1737-4.33920.20341640.15523339X-RAY DIFFRACTION100
4.3392-4.53440.20721820.15543302X-RAY DIFFRACTION100
4.5344-4.77040.19651840.16013354X-RAY DIFFRACTION100
4.7704-5.06470.20891840.1613314X-RAY DIFFRACTION100
5.0647-5.44840.21451870.17793353X-RAY DIFFRACTION100
5.4484-5.98320.2231760.18183364X-RAY DIFFRACTION100
5.9832-6.81850.24541840.18333358X-RAY DIFFRACTION100
6.8185-8.47940.19051820.17453423X-RAY DIFFRACTION100
8.4794-19.94760.17251870.17683517X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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