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万見
- PDB-4fkd: Identification of the Activator Binding Residues in the Second Cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fkd
タイトルIdentification of the Activator Binding Residues in the Second Cysteine-Rich Regulatory Domain of Protein Kinase C Theta
要素Protein kinase C theta type
キーワードTRANSFERASE / PKC theta / second cysteine rich regulatory domain / activator binding site / zinc finger / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Netrin-1 signaling / positive regulation of T-helper 2 cell activation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Effects of PIP2 hydrolysis / RAS processing / protein kinase C / FCERI mediated NF-kB activation / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Downstream TCR signaling / regulation of platelet aggregation ...Netrin-1 signaling / positive regulation of T-helper 2 cell activation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Effects of PIP2 hydrolysis / RAS processing / protein kinase C / FCERI mediated NF-kB activation / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Downstream TCR signaling / regulation of platelet aggregation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / aggresome / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of interleukin-17 production / membrane protein ectodomain proteolysis / immunological synapse / positive regulation of interleukin-2 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / T cell activation / cell chemotaxis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of T cell activation / centriolar satellite / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein serine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) ...Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C theta type
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.633 Å
データ登録者Rahman, G.M. / Shanker, S. / Lewin, N.E. / Prasad, B.V.V. / Blumberg, P.M. / Das, J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Identification of the Activator Binding Residues in the Second Cysteine-Rich Regulatory Domain of Protein Kinase C Theta.
著者: Rahman, G.M. / Shanker, S. / Lewin, N.E. / Kedei, N. / Hill, C.S. / Prasad, B.V. / Blumberg, P.M. / Das, J.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C theta type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4463
ポリマ－7,3151
非ポリマー1312
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.850, 65.850, 27.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C theta type / nPKC-theta


分子量: 7315.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkcq, Pkcq / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02111, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M Lithium acetate and 20% PEG 3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→28.514 Å / Num. obs: 7559 / % possible obs: 88.39 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 1.63→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.115 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASERMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.633→28.514 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2042 332 4.4 %Random
Rwork0.1714 ---
all0.1729 ---
obs0.1729 7550 88.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.887 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1944 Å20 Å20 Å2
2---3.1944 Å20 Å2
3---6.3887 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.633→28.514 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数509 0 2 130 641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.493187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00490
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6333-2.05760.2491700.20673586X-RAY DIFFRACTION89
2.0576-28.51820.18491620.1583632X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83590.1154-0.07670.1626-0.04870.04340.1507-0.19690.10320.0498-0.00750.0352-0.0377-0.067-0.03670.1266-0.0228-0.0150.123-0.02140.112714.347-6.913.9808
20.17110.02280.02070.16170.06740.1016-0.0633-0.16280.01360.01180.0383-0.1359-0.0801-0.02150.0130.0893-0.0087-0.00570.08980.01930.120510.2937-26.7518-0.0817
30.2160.0840.04610.3198-0.03160.1339-0.0595-0.0032-0.076-0.00360.0319-0.0813-0.0092-0.0096-0.00520.0719-0.007-0.00530.0721-0.00740.08255.0879-27.7143-3.1975
40.16340.17140.07290.22510.19270.3131-0.10270.03170.0924-0.07950.01820.1323-0.08150.09250.0250.1185-0.0157-0.02210.1123-0.00580.104911.2409-17.5717-3.9603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:7)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 8:20)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 21:48)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 49:65)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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