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- PDB-4fhb: Enhancing DHFR catalysis by binding of an allosteric regulator na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fhb
タイトルEnhancing DHFR catalysis by binding of an allosteric regulator nanobody (Nb179)
要素
  • Dihydrofolate reductase
  • Nb179
キーワードOxidoreductase/protein binding / Nanobody / Dihydrofolate reductase / Allosteric activator / Reductase / Oxidoreductase-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / Immunoglobulins ...Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Oyen, D.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Mechanistic analysis of allosteric and non-allosteric effects arising from nanobody binding to two epitopes of the dihyrofolate reductase of Escherichia coli.
著者: Oyen, D. / Wechselberger, R. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Barlow, J.N.
履歴
登録2012年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
D: Nb179
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0844
ポリマ－32,9002
非ポリマー1,1852
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.889, 72.889, 254.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18019.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 抗体 Nb179


分子量: 14880.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID


分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M Na HEPES, 25% w/v PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月28日
放射モノクロメーター: Bartels monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44 Å / Num. all: 262820 / Num. obs: 10672 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→42.379 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 506 4.77 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
all0.2212 10599 --
obs0.2212 10599 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.591 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8152 Å20 Å20 Å2
2---1.8152 Å2-0 Å2
3---3.6304 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2190 0 80 0 2270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1743183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.458818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-3.08180.33571210.24652422X-RAY DIFFRACTION100
3.0818-3.52760.35421260.21942461X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-4.44360.27511230.19822505X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0479-0.61020.8865.3433-1.22531.725-0.06940.55780.0568-0.62770.02520.5229-0.12710.1831-0.10310.3666-0.11180.06360.3426-0.05680.272425.8863-13.197319.5116
26.8251-2.53961.49062.97171.14181.74540.3517-0.18820.0920.3427-0.22530.96680.0433-0.3722-0.18820.2975-0.04680.08160.35750.24040.776316.6695-19.6226.2122
33.78460.7925-0.44854.75351.01731.581-0.07310.3898-0.9792-0.86440.24690.99460.0104-0.13250.09190.3958-0.0457-0.2310.2686-0.00080.852512.5431-18.00869.9691
41.88580.0183-1.82821.66060.61836.28250.00770.3052-0.2662-0.38190.12321.5068-0.6893-1.138-0.34440.35120.0762-0.1220.21330.12380.83767.2947-9.779112.6454
54.8148-0.95720.07362.9638-0.55022.5068-0.24210.39681.0023-0.00820.47930.3678-0.70720.2392-0.08160.7594-0.13970.05310.26440.02910.503722.4023-5.948120.2888
61.4911-0.9792-0.20542.33781.05832.60470.0099-0.30730.3007-0.01860.24340.4867-0.87290.1553-0.13990.3903-0.0350.23310.31920.00460.397824.0688-12.107532.314
78.7749-4.18390.02114.6258-0.87837.0780.08940.07610.60750.1948-0.1449-0.0942-0.6601-0.2689-1.48430.7597-0.04010.40740.2690.02750.490718.583-6.339530.5291
84.3640.12820.62672.21510.96981.08520.0789-1.0515-0.16190.04130.0398-0.02690.4619-0.13830.03690.30540.0452-0.03020.4349-0.25280.337841.93130.347443.3629
92.37690.10120.18172.20220.52511.5266-0.3976-0.18720.5258-0.35840.5671-0.5184-0.33980.5984-0.0120.4922-0.06730.14890.2453-0.32150.318346.5317-2.586833.0343
101.10940.52431.74133.92331.32472.80150.0738-0.44320.1218-0.21910.355-0.8111-0.00440.2852-0.34270.50630.0157-0.04790.4642-0.27530.33447.6057-4.472741.6411
116.21634.47443.95014.38572.65193.7444-0.0054-0.28720.7022-0.00040.1304-0.1875-0.02040.07940.17550.5424-0.0530.02670.2534-0.13290.397239.08990.239430.6528
124.98820.72615.61013.409-0.65687.9222-0.26640.12170.3357-0.83090.53380.1512-0.1490.0231-0.15530.5687-0.0766-0.0410.4343-0.2010.473946.31015.840537.3542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:24)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 25:35)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 36:72)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 73:96)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 97:129)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 130:150)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 151:159)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resseq 3:33)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resseq 34:67)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 68:91)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resseq 92:112)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resseq 113:129)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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