[日本語] English
万見
- PDB-4fgn: Crystal structure of the SV40 large T-antigen origin bining domai... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fgn
タイトルCrystal structure of the SV40 large T-antigen origin bining domain bound to Site I DNA
要素
  • (Site I DNA) x 2
  • Large T antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / origin binding domain / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA replication origin binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA replication origin binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Origin of replication binding protein / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / T antigen, Ori-binding / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. ...Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Origin of replication binding protein / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / T antigen, Ori-binding / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Meinke, G. / Bohm, A. / Bullock, P.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Analysis of the Costructure of the Simian Virus 40 T-Antigen Origin Binding Domain with Site I Reveals a Correlation between GAGGC Spacing and Spiral Assembly.
著者: Meinke, G. / Phelan, P.J. / Harrison, C.J. / Bullock, P.A.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Large T antigen
B: Large T antigen
Z: Site I DNA
Y: Site I DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6034
ポリマ－44,6034
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.604, 139.672, 132.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Large T antigen / LT / LT-AG


分子量: 15240.476 Da / 分子数: 2 / 断片: origin binding domain, UNP residues 131-260 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 40 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3)
参照: UniProt: P03070, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: DNA鎖 Site I DNA


分子量: 6963.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This DNA sequence is termed Site 1 in SV40 / 由来: (合成) Simian virus 40 (ウイルス)
#3: DNA鎖 Site I DNA


分子量: 7158.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This DNA sequence is from sv40 site I / 由来: (合成) Simian virus 40 (ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, .2M ammonium sulfate, 30 % Peg 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 9304 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NTC

2ntc


解像度: 3.2→47.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 73.091 / SU ML: 0.517 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 444 4.8 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.191 8841 99.8 %-
all-9305 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 137.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 937 0 3 2967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0173132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7671.7374434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2245248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38423.06198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.7515345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.1341510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 29 -
Rwork0.302 563 -
obs--97.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3163-2.8324-1.074314.33322.366611.86250.0745-0.2827-0.97940.8123-0.71720.64960.5555-0.35030.64270.3479-0.03020.23840.603-0.06790.82321.559442.2545-0.2878
210.87222.96351.324111.11750.23693.73420.9076-0.6183-0.5681-0.2245-0.73371.44211.6383-1.9481-0.17381.2112-0.4074-0.43741.5418-0.19610.71153.13835.6793-17.5268
34.5856-5.0544-0.71618.9033.24123.24170.63740.31980.9739-1.2909-0.4605-1.7934-0.32160.3427-0.17691.05340.27110.16180.6879-0.04190.764917.687627.3756-20.0936
42.5926-2.63391.44694.07130.47064.19540.90310.58190.0307-1.4441-0.77360.2976-0.27650.1121-0.12950.98320.20060.23390.6251-0.05330.781416.444729.9636-20.6853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A133 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B134 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3Z1 - 23
4X-RAY DIFFRACTION4Y1 - 23

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る