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万見
- PDB-4fg0: Structure of the St. Louis Encephalitis Virus envelope protein in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fg0
タイトルStructure of the St. Louis Encephalitis Virus envelope protein in the fusogenic trimer conformation.
要素Polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral envelope proteins / structural genomics / fusion peptide / antibody epitopes / Flavivirus / St. Louis Encephalitis Virus / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種St. Louis encephalitis virus (セントルイス脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.899 Å
データ登録者Luca, V.C. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of the st. Louis encephalitis virus postfusion envelope trimer.
著者: Luca, V.C. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H.
履歴
登録2012年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6141
ポリマ－44,6141
非ポリマー00
水00
1
A: Polyprotein

A: Polyprotein

A: Polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8423
ポリマ－133,8423
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
Buried area12620 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area49420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.485, 177.485, 177.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein


分子量: 44613.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded
由来: (組換発現) St. Louis encephalitis virus (セントルイス脳炎ウイルス)
株: St. Louis Encephalitis Virus, strain MS1-7 / 遺伝子: Envelope protein E / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9ENF3, UniProt: P09732*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 3% PEG 8000, 2% ethylene glycol, 0.1M Acetate pH 5.5, hanging drop, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 22.1 % / Av σ(I) over netI: 30.36 / 数: 191328 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.02 / D res high: 3.9 Å / D res low: 35 Å / Num. obs: 8657 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.373510010.0581.09820.9
6.668.3710010.0821.05521.3
5.826.6610010.1191.0121.9
5.295.8210010.1171.03422.2
4.915.2910010.1221.08722.3
4.624.9110010.1291.00522.5
4.394.6210010.2021.00222.5
4.24.3910010.2660.98322.5
4.044.210010.4330.9522.5
3.94.0410010.7330.96522.6
反射解像度: 3.899→35 Å / Num. obs: 8657 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 30.36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2
3.9-4.0422.60.7336.218800.965
4.04-4.222.50.4338330.95
4.2-4.3922.50.2668570.983
4.39-4.6222.50.2028471.002
4.62-4.9122.50.1298651.005
4.91-5.2922.30.1228601.087
5.29-5.8222.20.1178561.034
5.82-6.6621.90.1198721.01
6.66-8.3721.30.0828701.055
8.37-3520.90.0589171.098

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.03 Å37.81 Å
Translation4.03 Å37.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.899→34.808 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8137 / SU ML: 1.01 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 847 9.9 %
Rwork0.2218 --
obs0.2262 8555 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.227 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 367.26 Å2 / Biso mean: 152.6137 Å2 / Biso min: 63.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.899→34.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 0 0 2944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.524088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0331073
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.899-4.1430.33261320.28471228136095
4.143-4.46230.25431380.20581273141199
4.4623-4.91030.20861410.17712711412100
4.9103-5.61820.23111420.183512941436100
5.6182-7.06870.25021390.218812961435100
7.0687-34.8090.30241550.249113461501100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3584-0.9469-1.53151.42931.16972.81930.0254-0.61150.5720.58360.3001-0.0303-0.46570.4299-0.37460.58670.13850.24230.332-0.17810.307-24.911136.61845.4372
22.442-2.8912-2.86543.51393.22594.8842-0.09920.0967-0.08220.618-0.18290.3002-0.0024-0.4520.10790.53460.11350.22520.69430.00760.1843-27.624334.419447.1536
31.2605-0.0279-0.85134.4567-0.3153.2991-0.1994-0.7513-0.76781.30750.11120.31510.19660.37380.16220.81160.23370.15530.7570.33931.0054-20.59844.542141.6806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:179)A2 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 180:293)A180 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 294:404)A294 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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