PDB-4fft: Crystal structure of Bacillus Subtilis expansin (EXLX1) in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fft

タイトル

Crystal structure of Bacillus Subtilis expansin (EXLX1) in complex with mixed-linkage glucan

要素

Expansin-yoaJ

キーワード

CELLULOSE-BINDING PROTEIN / Cellulose

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Georgelis, N. / Yennawar, N.H. / Cosgrove, D.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for entropy-driven cellulose binding by a type-A cellulose-binding module (CBM) and bacterial expansin.
著者: Georgelis, N. / Yennawar, N.H. / Cosgrove, D.J.

履歴

登録	2012年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月24日	Group: Derived calculations
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fft.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fft.ent.gz	146.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4fft_validation.pdf.gz	679.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fft_full_validation.pdf.gz	681.3 KB	表示
XML形式データ	4fft_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	4fft_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4fft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4fft	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ferC 4fg2C 4fg4C 2bh0 3d30 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fg2-d 4fg4-d 4fer-d 5hl3-d 3v71-d 3oqs-d 1bk6-2 3fex-3 6d7n-d 5h43-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Expansin-yoaJ

B: Expansin-yoaJ

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.562, 56.562, 146.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質

Expansin-yoaJ / EXLX1

分子量: 23096.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yoaJ, BSU18630 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34918

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-3DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-3DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,8,7/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b3-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f3-g1_g4-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸

分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: EXLX1 was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.5 in the presence of 5 mM Mixed-linkage glucan. Precipitant was 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: EXLX1 was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.5 in the presence of 5 mM Mixed-linkage glucan. Precipitant was 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: EXLX1 was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.5 in the presence of 5 mM Mixed-linkage glucan. Precipitant was 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月27日

放射

モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→75 Å / Num. all: 30482 / Num. obs: 30482 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	1	97.5
2.31-2.37	1	99.9
2.26-2.31	1	100
2.22-2.26	1	99.9
2.18-2.22	1	99.9
2.14-2.18	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→28.281 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	1535	5.05 %
R_work	0.1821	-	-
obs	0.1846	30421	99.7 %
all	-	30482	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.029 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1706 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.1706 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.281 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3233	0	110	221	3564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.217	4659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.435	1310
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1001-2.1752	0.3223	144	0.2451	2933	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1752-2.2622	0.2824	175	0.2231	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.3651	0.2844	141	0.2325	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4898	0.3066	151	0.2324	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.6456	0.2723	169	0.2119	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6456-2.8497	0.2568	137	0.1949	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8497-3.1362	0.2728	157	0.193	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1362-3.5892	0.2367	140	0.178	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5892-4.5191	0.1675	161	0.144	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5191-28.2836	0.1935	160	0.1651	2897	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0085	-0.0036	-0.0038	0.0007	-0.0002	0.0242	0.0047	0.0616	0.0029	-0.0149	0.0059	0.0122	0.0035	-0.0217	-0.0062	-0.0469	0.3099	0.1364	0.3736	0.0344	0.2813	-28.7566	-50.3635	-25.8546
2	0.0227	-0.0002	0.0065	0.0495	0.0233	0.0243	0.0331	0.1685	0.046	0.0567	0.0179	0.0816	-0.0631	-0.0092	0.0324	0.2054	0.1096	0.0793	0.334	0.0346	0.2394	-13.6301	-56.0893	-27.4272
3	0.0051	0.0009	0.0006	0.0079	-0.006	0.031	-0.0328	0.0574	0.0291	-0.0084	-0.0769	0.0493	-0.0437	-0.0423	-0.0484	0.0193	0.1488	0.1375	0.4365	0.0094	0.1941	-19.0102	-56.7073	-32.1443
4	0.0009	0	-0.0016	0.0023	0.0005	0.0023	0.0559	-0.0065	0.0103	-0.0002	0.0208	0.0119	0.001	-0.0083	0	0.23	0.0969	0.028	0.342	-0.0317	0.3066	-18.3308	-65.6455	-34.2547
5	0.0231	-0.0102	0.0141	0.0071	-0.006	0.0078	0.036	0.0792	-0.0007	0.0794	0.0646	0.0878	-0.0606	-0.073	0.02	0.1618	0.1215	0.0772	0.5729	-0.0342	0.2876	-23.8471	-59.7199	-35.1519
6	0.0125	-0.0262	0.0354	0.0494	-0.0675	0.0754	0.1263	0.04	-0.0559	0.0086	0.029	0.0163	0.0736	0.0111	0.0156	0.2553	0.0576	0.1129	0.2437	0.0579	0.276	-5.8895	-52.71	-11.4701
7	0.0216	-0.0116	0.0057	0.0253	-0.0117	0.0048	-0.0091	0.0499	0.0475	0.0793	0.0183	-0.0564	-0.1303	-0.0492	0	0.3329	0.0795	0.0999	0.2597	0.0175	0.2873	-9.1535	-43.6675	-11.748
8	0.0152	0.0132	-0.0156	0.0088	-0.0119	0.0101	-0.0489	-0.0171	0.073	0.0421	0.0275	-0.012	-0.0537	-0.0404	-0.0025	0.327	0.2608	0.1472	0.2495	-0.0076	0.2116	-14.0975	-47.0596	-6.1375
9	0.0015	-0.0008	-0.001	0.0016	0.001	0.0039	0.0285	-0.0037	-0.0115	0.0044	0.0422	-0.0052	0.0362	-0.0026	0	0.3648	-0.0622	0.0844	0.5578	-0.018	0.4347	6.0021	-49.6934	-5.3459
10	0.0023	0.005	-0.0041	0.0141	-0.0027	0.0042	0.0618	-0.0178	-0.0223	0.054	0.0931	-0.0708	-0.0003	-0.0482	0	0.305	0.0854	0.0739	0.3064	0.0837	0.327	-11.4067	-56.1102	-8.078
11	9.1965	-0.4558	-1.9841	4.3117	-6.549	2.0001	-0.0132	0.4229	0.4011	-0.3036	-0.116	-0.2211	-0.2377	-0.176	0.0871	0.3726	0.1262	0.0412	0.087	0.0402	0.3527	28.0237	-12.9822	-10.7496
12	2.5891	0.6278	3.419	0.1531	0.8311	4.5362	0.5059	-0.0872	-0.5519	0.4725	-0.0798	-0.4532	0.8189	-0.1961	-0.3863	0.4453	0.0622	0.0054	0.22	0.0808	0.3658	27.6049	-34.0795	-1.6232
13	5.0773	-0.5594	4.8334	2.7338	0.2599	7.3226	-0.1605	0.3037	0.166	0.0566	-0.0102	0.1568	-0.0572	-0.0105	0.1653	0.2291	0.0725	0.0976	0.2492	0.0789	0.2836	23.1666	-24.8333	-9.7665
14	2.6063	0.9763	2.7798	7.0268	3.5093	3.8762	0.0174	-0.2247	0.0321	0.3671	-0.049	-0.1001	-0.1047	-0.1585	0.0137	0.3619	0.0876	0.0686	0.173	0.0721	0.2192	28.7031	-23.2494	-2.7279
15	5.5341	-2.451	3.2404	7.9733	-2.5573	5.2623	-0.1532	-0.4629	0.0807	1.0272	0.13	0.0355	-0.4876	-0.1238	0.0526	0.4464	0.1114	0.1028	0.1728	0.0802	0.2891	31.2766	-20.2693	2.8113
16	4.0042	-1.9527	-1.9116	7.1412	7.915	8.7909	0.0943	0.197	0.1093	-0.6098	0.462	-1.0202	-0.3	0.6024	-0.5047	0.2455	0.0645	0.1328	0.3388	0.1113	0.3317	33.9577	-28.9788	-17.0141
17	5.2908	1.9811	-0.3625	6.1409	0.2816	1.5942	-0.211	0.6043	-0.5114	0.2658	0.1715	0.049	0.1894	-0.1333	0.0331	0.2327	0.0453	0.1381	0.3274	-0.0063	0.3185	20.1326	-39.0127	-18.5434
18	2.9569	-1.1886	-3.9931	8.2825	4.3889	6.3862	-0.0909	0.4224	0.1395	-0.3137	0.0021	0.6598	-0.1906	-1.0413	0.0902	0.1781	0.0761	0.0402	0.4381	0.0469	0.3269	14.0375	-34.3854	-27.5388
19	2.6602	0.0309	-0.2165	5.7439	1.3627	1.9981	0.0038	0.4618	-0.2577	-0.1682	-0.1477	0.3217	-0.0382	-0.415	0.1346	0.1827	0.0988	0.0352	0.3951	0.0239	0.2524	19.3861	-36.464	-24.7871
20	5.3952	-2.4166	-1.3237	4.9425	1.4186	5.0413	-0.4502	0.3176	-0.7372	-0.0533	0.0237	-0.2711	0.5968	-0.2593	0.3339	0.1704	0.1223	0.1083	0.325	-0.0117	0.1629	24.0569	-43.2366	-20.7982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:8)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 9:57)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 58:81)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 82:90)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 91:107)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 108:133)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 134:166)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 167:187)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 188:195)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 196:208)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 2:10)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 11:32)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 33:57)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 58:77)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 78:103)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 104:114)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 115:139)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 140:155)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 156:189)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 190:208)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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