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- PDB-4feu: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4feu
タイトルCrystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor anthrapyrazolone SP600125
要素Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / anthrapyrazolone / SP600125 / protein kinase inhibitor / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3-phosphotransferase / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIHYDROANTHRA/1,9-CD/PYRAZOL-6-ONE / ACETATE ION / KANAMYCIN A / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance.
著者: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Other
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32013年8月7日Group: Database references
改定 1.42013年9月4日Group: Database references
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,02421
ポリマ－188,1026
非ポリマー3,92215
水12,160675
1
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1144
ポリマ－31,3501
非ポリマー7643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8943
ポリマ－31,3501
非ポリマー5442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1735
ポリマ－31,3501
非ポリマー8234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8943
ポリマ－31,3501
非ポリマー5442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0553
ポリマ－31,3501
非ポリマー7052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8943
ポリマ－31,3501
非ポリマー5442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.752, 94.161, 96.766
Angle α, β, γ (deg.)61.21, 73.11, 87.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB


分子量: 31350.404 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: ABAYE3578, APHA1-IAB / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase
#2: 化合物
ChemComp-KAN / KANAMYCIN A


分子量: 484.499 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-537 / 2,6-DIHYDROANTHRA/1,9-CD/PYRAZOL-6-ONE


分子量: 220.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8N2O
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 8% PEG3350, 3% DMSO, 0.2 M NDSB221, 2 mM kanamycin, 3 mM SP600125, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月21日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→20 Å / Num. obs: 67481 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 50.58 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 16.35
反射 シェル解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4EJ7

4ej7


解像度: 2.37→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 3406 5.05 %RANDOM
Rwork0.1601 ---
obs0.1628 67481 --
原子変位パラメータBiso mean: 55.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3895 Å21.5914 Å22.905 Å2
2--5.3945 Å2-2.6674 Å2
3---2.995 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.279 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12320 0 273 675 13268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112987HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0717662HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes359HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1835HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12717HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.48
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1567SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14859SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.43 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 218 4.59 %
Rwork0.1882 4534 -
all0.1896 4752 -
obs-4752 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.49730.33011.76912.5839-0.43232.92130.2367-0.1514-0.0047-0.3331-0.04950.50940.1588-0.4214-0.1872-0.09970.0263-0.0005-0.0154-0.0035-0.0343-25.042822.4375-12.3724
21.9194-0.24060.28172.788-1.05821.71290.17820.4103-0.011-0.4707-0.15640.10840.25420.2177-0.0219-0.03960.07860.0190.0436-0.0293-0.2372-2.834128.3799-17.4759
31.5722-1.18270.81082.68780.01081.22420.0404-0.569-0.31010.1180.25010.30810.4568-0.3656-0.2905-0.103-0.1147-0.02280.01060.1171-0.0991-25.25968.3381-1.5237
40.90020.43460.06362.3091-0.78511.67760.07320.0277-0.1729-0.1231-0.0575-0.22520.1220.1779-0.0157-0.05650.037-0.0052-0.0744-0.0064-0.0504-2.08633.956111.6729
53.28951.2876-0.35851.5903-1.14363.07140.1342-0.338-0.4371-0.25720.15990.38990.2204-0.568-0.2942-0.1993-0.0203-0.0348-0.03710.20970.1041-62.318552.8516-39.01
62.0906-0.47950.35121.27480.65362.04350.121-0.0525-0.3037-0.0065-0.00210.17820.20610.0841-0.1189-0.0617-0.014-0.007-0.10190.0873-0.0398-39.72646.8971-42.0484
72.24280.0514-0.71520.11080.05390.11050.0127-0.39120.40270.08370.09350.3917-0.3993-0.0267-0.1061-0.03960.09120.2057-0.01340.08370.0574-60.914674.6295-30.5912
81.9075-0.22340.31793.8566-0.62672.5374-0.1603-0.42790.44990.38470.1175-0.0172-0.4349-0.16060.0428-0.00890.02040.0605-0.2195-0.0817-0.1132-39.651284.0471-33.2551
91.95520.09830.05711.9543-0.53251.55540.0548-0.06740.2246-0.1556-0.0070.6493-0.0102-0.2213-0.0478-0.0735-0.0141-0.1266-0.1548-0.03930.1149-43.148917.3756-54.1205
101.62240.0996-0.4071.0684-0.23941.657-0.0717-0.19920.16660.1056-0.0250.0378-0.02470.12090.0967-0.00950.0385-0.1249-0.108-0.0637-0.0161-21.123817.2973-44.4936
113.0774-1.59730.1167-0.60890.15542.96530.07540.39370.1103-0.42-0.20860.18720.3666-0.30330.13320.1064-0.0057-0.2373-0.11-0.0289-0.056-40.167511.7213-75.7186
121.5849-0.03170.73971.49020.19292.8721-0.19740.30690.26160.13030.0152-0.2395-0.1970.3570.1821-0.0815-0.0267-0.0027-0.0410.0643-0.1102-17.66563.5084-79.8461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|19 - A|102 }A19 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|103 - A|271 }A103 - 271
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|102 }B2 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|103 - B|271 }B103 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|5 - C|102 }C5 - 102
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|103 - C|271 }C103 - 271
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|25 - D|102 }D25 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8{ D|103 - D|271 }D103 - 271
9X-RAY DIFFRACTION9{ E|6 - E|102 }E6 - 102
10X-RAY DIFFRACTION10{ E|103 - E|271 }E103 - 271
11X-RAY DIFFRACTION11{ F|21 - F|102 }F21 - 102
12X-RAY DIFFRACTION12{ F|103 - F|271 }F103 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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