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- PDB-4fer: Crystal structure of Bacillus Subtilis expansin (EXLX1) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fer
タイトルCrystal structure of Bacillus Subtilis expansin (EXLX1) in complex with cellohexaose
要素Expansin-yoaJ
キーワードCELLULOSE-BINDING PROTEIN / Expansin / bacteria autolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Lytic transglycolase / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel ...: / : / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Lytic transglycolase / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellohexaose / ACETIC ACID / Expansin-YoaJ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Georgelis, N. / Yennawar, N.H. / Cosgrove, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for entropy-driven cellulose binding by a type-A cellulose-binding module (CBM) and bacterial expansin.
著者: Georgelis, N. / Yennawar, N.H. / Cosgrove, D.J.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22015年6月24日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Expansin-yoaJ
B: Expansin-yoaJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,87211
ポリマ－46,1932
非ポリマー1,6799
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.205, 58.205, 147.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Expansin-yoaJ / EXLX1


分子量: 23096.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yoaJ, BSU18630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34918
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellohexaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellohexaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 240分子

#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: EXLX1 was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.5 in the presence of 5 mM cellohexaose. Precipitant used was 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: EXLX1 was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.5 in the presence of 5 mM cellohexaose. Precipitant used was 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月28日 / 詳細: Varimax
放射モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→75 Å / Num. all: 32370 / Num. obs: 32507 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.31-2.371100
2.26-2.311100
2.22-2.26199.9
2.18-2.22199.4
2.14-2.18198.7
2.1-2.14199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.099→23.846 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 1611 4.96 %
Rwork0.1671 --
obs0.169 32460 99.65 %
all-32507 -
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.43 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4877 Å20 Å20 Å2
2--2.4877 Å2-0 Å2
3---1.5143 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→23.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3233 0 107 232 3572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1954635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.8791385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0994-2.17440.29291700.20323068X-RAY DIFFRACTION99
2.1744-2.26140.27881430.19353113X-RAY DIFFRACTION100
2.2614-2.36420.25521660.18233077X-RAY DIFFRACTION100
2.3642-2.48870.23711580.18563087X-RAY DIFFRACTION100
2.4887-2.64450.21861530.17293140X-RAY DIFFRACTION100
2.6445-2.84840.23721570.16993070X-RAY DIFFRACTION100
2.8484-3.13440.21771730.16443106X-RAY DIFFRACTION100
3.1344-3.58670.16231620.15223068X-RAY DIFFRACTION100
3.5867-4.51380.17761640.1493064X-RAY DIFFRACTION99
4.5138-23.8470.19231650.17353056X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0031-0.0276-0.0064-0.01850.00590.00260.3676-0.36950.13640.62330.0712-0.1054-0.05740.10150.00030.13760.0436-0.00790.1159-0.00420.19272.036469.031616.6606
20.02460.0143-0.00530.0180.01120.01690.0172-0.16620.09530.2693-0.01060.3065-0.1399-0.1079-00.3210.08570.04070.31680.00830.30483.944466.629331.3125
30.0238-0.03240.19160.40630.23520.3776-0.05920.0478-0.03220.07220.03730.0561-0.02850.053100.1805-0.0056-0.00840.16860.04560.193315.301357.120723.7952
40.1283-0.01860.08590.1094-0.14040.1552-0.07990.04010.14080.0707-0.061-0.2167-0.18330.0153-0.28680.22450.0063-0.04950.10050.03670.168513.869468.720425.0543
50.0337-0.0052-0.05070.03390.04630.09740.0640.22880.02830.21980.44390.2530.15790.32660.15330.3043-0.00660.04610.17370.16450.138713.031453.721431.2286
60.019-0.03090.0540.05080.0008-0.01490.0689-0.0382-0.15320.3792-0.049-0.011-0.09190.17070.00020.21310.0040.00180.20380.01440.168913.614762.154730.8236
70.00310.06790.01620.0007-0.07970.05930.0154-0.22230.23590.3023-0.010.0206-0.6559-0.2134-0.00010.3735-0.0223-0.01980.21470.03160.207617.173569.758636.2803
8-0.00210.0182-0.039-0.0055-0.0195-0.0082-0.0430.1349-0.2195-0.05010.03920.1355-0.5352-0.0985-0.00020.2665-0.0004-0.01560.18730.02550.19637.465368.380322.0491
90.10170.0660.26170.2577-0.07050.26260.0830.07160.0087-0.2903-0.04340.07670.00540.07910.00010.19280.0084-0.01490.14560.02430.174813.328151.35738.7892
100.05080.0558-0.01940.0721-0.01820.03490.26850.1527-0.0126-0.12450.38540.0510.0713-0.13580.11560.6060.0135-0.80810.5463-0.4955-0.44211.499143.7226-1.9694
110.5543-0.1127-0.22080.1375-0.13480.1162-0.0755-0.1888-0.2859-0.0890.07890.2103-0.0433-0.09290.02670.1955-0.0246-0.03030.1240.02060.27268.544.314911.6345
120.3650.2807-0.02970.3051-0.1530.1794-0.00490.13190.308-0.59760.22570.26230.3988-0.55260.10140.280.0011-0.12210.1784-0.01690.12475.627454.27453.9986
130.02210.0044-0.07560.01470.02070.051-0.24740.0610.0557-0.0103-0.06780.13730.8150.3334-0.12310.62520.1245-0.00380.30540.01890.205213.472448.6147-1.1557
140.05650.0412-0.02020.0107-0.02570.02680.59370.1176-0.3208-0.1688-0.41380.115-0.30320.2718-0.00340.45210.1371-0.09420.26220.01190.282622.001137.28445.292
150.22330.16330.08020.119-0.02460.0970.14820.31390.112-0.2399-0.1352-0.0828-0.01770.03070.00630.24190.05770.02390.20150.03770.173115.367957.36244.4446
167.4866.2612-2.23117.57351.85556.4978-0.466-1.3127-1.34921.4549-0.3843-1.4261.55021.66960.25040.33260.1005-0.07810.33470.01440.2573-1.1965-2.566315.3232
176.656-1.87693.014.4146-4.00433.961-0.2515-0.24690.4785-0.5263-0.05610.1157-0.1072-0.6890.19390.20060.0728-0.02810.23690.00390.3314-1.89910.79061.5546
182.36411.06810.43961.94540.65982.2818-0.05540.12960.1295-0.0456-0.04110.002-0.03010.11120.10570.19540.0412-0.00720.15790.05070.175510.99410.02331.9409
194.97971.22950.89244.39631.59583.7913-0.14170.0446-0.2072-0.08530.1238-0.10990.3339-0.0623-0.00620.16240.03870.05620.09330.03640.0788.2492.32690.6731
207.08670.4925-1.89814.1819-1.01693.9383-0.08490.3920.3345-0.32320.12290.16080.208-0.2785-0.02640.2047-0.0057-0.01930.16670.04440.12486.06623.9996-3.7796
218.5589-1.5937-4.37955.7021.06669.0134-0.23131.0091-0.7458-1.0477-0.1240.21710.2985-0.95580.19570.3537-0.0750.04520.2366-0.00060.17635.7664-3.3764-9.215
223.72192.82435.77435.15283.31819.30740.5524-0.0307-0.08070.1116-0.4223-0.09010.98880.0623-0.33960.24010.01520.02130.15850.03240.14895.2519-0.94648.1426
233.88512.69050.1638.4180.33141.8579-0.0607-0.0067-0.0683-0.2389-0.0038-0.58520.05960.210.06810.16640.0252-0.00480.16630.01870.177121.102113.746513.4934
249.3152-5.7641-5.57734.20652.0936.0942-0.2056-1.01810.32951.12740.4973-1.1243-0.55970.2704-0.17830.4820.0491-0.11870.12380.00130.339118.429332.536617.8821
252.52540.2505-1.11854.21522.39872.6619-0.1975-0.0703-0.08110.4570.028-0.13220.14180.07910.15520.19490.0239-0.02890.13880.04930.159713.894113.77316.3812
267.8273.543.02353.66225.04237.7436-0.3617-1.01330.83280.84080.20690.3641-1.58670.16550.09930.7838-0.07390.02280.4695-0.13250.161512.636224.353930.7922
274.40140.33310.19574.81620.76013.08580.0129-0.26850.48980.5056-0.0553-0.10280.07740.0203-0.01210.27210.0418-0.02330.1432-0.00460.298513.31723.48517.6974
285.59911.72940.75463.7009-0.24033.84140.0884-0.46730.30150.7185-0.0920.08040.152-0.1790.00570.27940.03390.01380.2097-0.01840.1615.051813.629123.2037
291.4341-2.8825-1.84918.70790.25196.67240.73270.04460.34280.0542-0.1361-0.927-0.69090.7246-0.4460.4113-0.06-0.2983-0.12170.27660.798226.405630.308413.3603
307.51293.7634-3.30776.4296-4.04976.6540.0173-0.4071-0.35480.17490.0141-0.0770.20150.2116-0.09780.19580.0528-0.06950.13020.01170.19321.562410.997218.552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:5)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 6:10)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 11:54)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 55:70)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 71:75)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 76:87)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 88:101)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 102:107)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 108:143)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 144:149)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 150:166)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 167:182)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 183:189)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 190:196)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 197:208)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 2:5)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 6:10)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 11:54)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 55:75)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 76:88)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 89:101)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 102:107)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 108:122)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 123:126)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 127:143)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 144:149)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 150:171)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 172:189)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 190:196)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 197:208)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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