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- PDB-4fe1: Improving the Accuracy of Macromolecular Structure Refinement at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fe1
タイトルImproving the Accuracy of Macromolecular Structure Refinement at 7 A Resolution
要素(Photosystem I ...) x 12
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem / membrane protein / chlorophyll / chromophore / electron transport / metal-binding / photosystem I / thylakoid / transmembrane / electron transfer / membrane / thylakoidmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I 4.8K protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.9228 Å
データ登録者Fromme, R. / Adams, P.D. / Fromme, P. / Levitt, M. / Schroeder, G.F. / Brunger, A.T.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Improving the accuracy of macromolecular structure refinement at 7 A resolution.
著者: Brunger, A.T. / Adams, P.D. / Fromme, P. / Fromme, R. / Levitt, M. / Schroder, G.F.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Femtosecond X-ray protein nanocrystallography.
著者: Chapman, H.N. / Fromme, P. / Barty, A. / White, T.A. / Kirian, R.A. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Schulz, J. / DePonte, D.P. / Weierstall, U. / Doak, R.B. / Maia, F.R. / Martin, A.V. / ...著者: Chapman, H.N. / Fromme, P. / Barty, A. / White, T.A. / Kirian, R.A. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Schulz, J. / DePonte, D.P. / Weierstall, U. / Doak, R.B. / Maia, F.R. / Martin, A.V. / Schlichting, I. / Lomb, L. / Coppola, N. / Shoeman, R.L. / Epp, S.W. / Hartmann, R. / Rolles, D. / Rudenko, A. / Foucar, L. / Kimmel, N. / Weidenspointner, G. / Holl, P. / Liang, M. / Barthelmess, M. / Caleman, C. / Boutet, S. / Bogan, M.J. / Krzywinski, J. / Bostedt, C. / Bajt, S. / Gumprecht, L. / Rudek, B. / Erk, B. / Schmidt, C. / Homke, A. / Reich, C. / Pietschner, D. / Struder, L. / Hauser, G. / Gorke, H. / Ullrich, J. / Herrmann, S. / Schaller, G. / Schopper, F. / Soltau, H. / Kuhnel, K.U. / Messerschmidt, M. / Bozek, J.D. / Hau-Riege, S.P. / Frank, M. / Hampton, C.Y. / Sierra, R.G. / Starodub, D. / Williams, G.J. / Hajdu, J. / Timneanu, N. / Seibert, M.M. / Andreasson, J. / Rocker, A. / Jonsson, O. / Svenda, M. / Stern, S. / Nass, K. / Andritschke, R. / Schroter, C.D. / Krasniqi, F. / Bott, M. / Schmidt, K.E. / Wang, X. / Grotjohann, I. / Holton, J.M. / Barends, T.R. / Neutze, R. / Marchesini, S. / Fromme, R. / Schorb, S. / Rupp, D. / Adolph, M. / Gorkhover, T. / Andersson, I. / Hirsemann, H. / Potdevin, G. / Graafsma, H. / Nilsson, B. / Spence, J.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of cyanobacterial photosystem I at 2.5 A resolution.
著者: Jordan, P. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Klukas, O. / Saenger, W. / Krauss, N.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Super-resolution biomolecular crystallography with low-resolution data.
著者: Schroder, G.F. / Levitt, M. / Brunger, A.T.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references / Derived calculations
改定 2.02023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8K protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,700140
ポリマ－257,16212
非ポリマー102,539128
水00
1
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8K protein
ヘテロ分子

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8K protein
ヘテロ分子

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8K protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,079,100420
ポリマ－771,48536
非ポリマー307,616384
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
2
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8K protein
ヘテロ分子

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8K protein
ヘテロ分子

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8K protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,053,648417
ポリマ－746,03333
非ポリマー307,616384
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area107660 Å2
ΔGint-677 kcal/mol
Surface area286310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)281.000, 281.000, 165.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

-
Photosystem I ... , 12種, 12分子 ABCDEFIJKLMX

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83267.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A405, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82992.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A407, photosystem I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8678.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A415, photosystem I
#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15258.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A420
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 8268.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A423
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 17716.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A401
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 4297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A427
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4770.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A429
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Light-harvesting 8.0 kDa polypeptide / Photosystem I subunit X


分子量: 8483.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A425
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16156.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DGB4
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3426.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A403
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem I 4.8K protein


分子量: 3845.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKP6

-
非ポリマー , 7種, 128分子

#13: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#15: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#16: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#18: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#19: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 6.4
詳細: beta-dodecylmaltoside, magnesium sulfate, pH 6.4, MICRODIALYSIS, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月16日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.9→247.463 Å / Num. all: 33699 / Num. obs: 33699 / % possible obs: 97.59 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1058)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JB0

1jb0


解像度: 4.9228→97.971 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3145 1528 4.69 %Random
Rwork0.2744 ---
all0.2762 32597 --
obs0.2762 32597 96.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.9228→97.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17394 0 6603 0 23997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.69536034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.84110304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0982860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.9228-5.08170.3462540.29982126X-RAY DIFFRACTION71
5.0817-5.26330.32961440.28612681X-RAY DIFFRACTION93
5.2633-5.4740.31731320.27742868X-RAY DIFFRACTION98
5.474-5.72310.32071420.27472906X-RAY DIFFRACTION99
5.7231-6.02480.33881540.27252868X-RAY DIFFRACTION100
6.0248-6.40220.33481470.27782934X-RAY DIFFRACTION100
6.4022-6.89640.31521390.27682913X-RAY DIFFRACTION100
6.8964-7.59020.30741460.26232931X-RAY DIFFRACTION100
7.5902-8.68790.29121750.25162893X-RAY DIFFRACTION100
8.6879-10.94350.30291610.24572936X-RAY DIFFRACTION100
10.9435-97.98990.29781340.29913013X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:755 OR RESID 801:854 OR RESID 856 ) ) OR ( CHAIN J AND RESID 1101:1101 )A13 - 755
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:755 OR RESID 801:854 OR RESID 856) ) OR ( CHAIN J AND RESID 1101:1101 )A801 - 856
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:755 OR RESID 801:854 OR RESID 856) ) OR ( CHAIN J AND RESID 1101:1101 )J1101
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN X AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:739 OR RESID 801:848 ) ) OR ( CHAIN M AND RESID 1201:1201 )I101
5X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN X AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:739 OR RESID 801:848 ) ) OR ( CHAIN M AND RESID 1201:1201 )X101
6X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN X AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:739 OR RESID 801:848 ) ) OR ( CHAIN M AND RESID 1201:1201 )B1 - 739
7X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN X AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:739 OR RESID 801:848 ) ) OR ( CHAIN M AND RESID 1201:1201 )B801 - 848
8X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN X AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:739 OR RESID 801:848 ) ) OR ( CHAIN M AND RESID 1201:1201 )M1201
9X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND ( RESID 1:80 OR RESID 101:102 ) )C1 - 80
10X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND ( RESID 1:80 OR RESID 101:102 ) )C101 - 102
11X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:138 )D1 - 138
12X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:69 )E1 - 69
13X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND ( RESID 1:141 OR RESID 1301:1302 ) )F1 - 141
14X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND ( RESID 1:141 OR RESID 1301:1302 ) )F1301 - 1302
15X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN I AND ( RESID 1:38 OR RESID 102:102 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 849:849 )I1 - 38
16X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN I AND ( RESID 1:38 OR RESID 102:102 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 849:849 )I102
17X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN I AND ( RESID 1:38 OR RESID 102:102 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 849:849 )B849
18X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 850:850 ) OR ( CHAIN J AND ( RESID 1:41 OR RESID 1102:1105 ) )B850
19X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 850:850 ) OR ( CHAIN J AND ( RESID 1:41 OR RESID 1102:1105 ) )J1 - 41
20X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 850:850 ) OR ( CHAIN J AND ( RESID 1:41 OR RESID 1102:1105 ) )J1102 - 1105
21X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN K AND RESID 20:77 ) OR ( CHAIN A AND RESID 855)K20 - 77
22X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN K AND RESID 20:77 ) OR ( CHAIN A AND RESID 855)A855
23X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND ( RESID 4:154 OR RESID 1001:1006 ) )L4 - 154
24X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND ( RESID 4:154 OR RESID 1001:1006 ) )L1001 - 1006
25X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN M AND ( RESID 1:31 OR RESID 1202:1203 ) )M1 - 31
26X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN M AND ( RESID 1:31 OR RESID 1202:1203 ) )M1202 - 1203
27X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN X AND ( RESID 7:35 OR RESID 102:102 ) )X7 - 35
28X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN X AND ( RESID 7:35 OR RESID 102:102 ) )X102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る