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万見
- PDB-4fdc: Crystal structure of the E493V mutant of human apoptosis inducing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdc
タイトルCrystal structure of the E493V mutant of human apoptosis inducing factor (AIF)
要素Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
キーワードAPOPTOSIS / OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / mitochondrion / APPOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; その他が電子受容体 / mitochondrial disulfide relay system / cellular response to aldosterone / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of necroptotic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / response to L-glutamate ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / mitochondrial disulfide relay system / cellular response to aldosterone / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of necroptotic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to nitric oxide / FAD binding / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / mitochondrial intermembrane space / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / protein dimerization activity / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 ...Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sevrioukova, I.F.
引用ジャーナル: Am.J.Hum.Genet. / 年: 2012
タイトル: Cowchock syndrome is associated with a mutation in apoptosis-inducing factor.
著者: Rinaldi, C. / Grunseich, C. / Sevrioukova, I.F. / Schindler, A. / Horkayne-Szakaly, I. / Lamperti, C. / Landoure, G. / Kennerson, M.L. / Burnett, B.G. / Bonnemann, C. / Biesecker, L.G. / ...著者: Rinaldi, C. / Grunseich, C. / Sevrioukova, I.F. / Schindler, A. / Horkayne-Szakaly, I. / Lamperti, C. / Landoure, G. / Kennerson, M.L. / Burnett, B.G. / Bonnemann, C. / Biesecker, L.G. / Ghezzi, D. / Zeviani, M. / Fischbeck, K.H.
履歴
登録2012年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8372
ポリマ－56,0521
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.400, 62.700, 101.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8


分子量: 56051.707 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 103-613 / 変異: E493V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIF, AIFM1, PDCD8 / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 1500, 0.1 M TrisHCl pH 8.5, 4% acetone, microbatch under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.5 Å / Num. all: 21475 / Num. obs: 20005 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 84.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.45 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3224 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M6I

1m6i


解像度: 2.4→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 29.854 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29678 1082 5.1 %RANDOM
Rwork0.2532 ---
obs0.25548 20005 94.18 %-
all-21475 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 130.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3555 0 53 0 3608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.9824976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8585459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72323.442154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.12615628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9411529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212747
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 68 -
Rwork0.324 1308 -
obs--88.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.8306 Å / Origin y: 2.697 Å / Origin z: -25.6071 Å
111213212223313233
T0.369 Å2-0.2934 Å2-0.0224 Å2-0.3401 Å20.0879 Å2--0.2269 Å2
L2.9765 °21.186 °20.4006 °2-0.8914 °2-0.0266 °2--0.908 °2
S-0.5413 Å °0.617 Å °0.1801 Å °-0.2498 Å °0.4488 Å °0.0845 Å °-0.0338 Å °0.0268 Å °0.0925 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B128 - 610
2X-RAY DIFFRACTION1B1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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