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万見
- PDB-4lii: Crystal structure of an apoptosis-inducing factor, mitochondrion-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lii
タイトルCrystal structure of an apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, 1 (AIFM1) from Homo sapiens at 1.88 A resolution
要素Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / APOPTOSIS / Flavoprotein / FAD/NAD-linked reductases / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / Partnership for T-Cell Biology / TCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; その他が電子受容体 / mitochondrial disulfide relay system / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / mitochondrial disulfide relay system / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / FAD binding / cellular response to nitric oxide / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / mitochondrial intermembrane space / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 ...Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, 1 (AIFM1) from Homo sapiens at 1.88 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
履歴
登録2013年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1274
ポリマ－56,2181
非ポリマー9103
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.680, 89.807, 60.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8


分子量: 56217.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 100-611 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIF, AIFM1, BC111065, PDCD8 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 100-611 OF THE TARGET SEQUENCE. NUMBERING IS BASED ON ISOFORM 1 OF UNIPROTKB ID O95831.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月29日
詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→44.903 Å / Num. obs: 42757 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.101 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 7.73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.88-1.953.50.8721.615433441597.4
1.95-2.030.612.415305434097.7
2.03-2.120.4443.314542414398
2.12-2.230.3334.214709423498.5
2.23-2.370.2535.114112424697.2
2.37-2.550.26.314776424798.2
2.55-2.810.1498.215659438298.7
2.81-3.210.09711.414644424397.5
3.21-4.040.05915.913850418095.1
4.04-44.9030.05119.214520431095.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 29, 2011データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→44.903 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 5.887 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED. 6. FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD) IS MODELED BASED ON ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2112 2150 5 %RANDOM
Rwork0.1667 ---
obs0.169 42729 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.47 Å2 / Biso mean: 28.0089 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å2-0.43 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→44.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3659 0 61 307 4027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193855
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9915228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76438639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7835490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.88423.576165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09415647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0981531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4523.0691912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4463.0651911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.485.722391
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 170 -
Rwork0.291 2948 -
all-3118 -
obs--97.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21650.087-0.09370.293-0.00930.7048-0.01530.00340.01440.02050.01870.00250.0315-0.028-0.00340.0080.0053-0.00070.0917-0.00340.119918.45936.4171.933
21.37250.56110.37642.3055-0.92662.2935-0.09390.1215-0.0412-0.19060.08010.08910.3098-0.10540.01380.1068-0.0613-0.00680.0763-0.00420.1187.44816.94-11.188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A125 - 545
2X-RAY DIFFRACTION2A559 - 611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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