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万見
- PDB-4fcm: Crystal structure of the NTF2-like domain of human G3BP1 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fcm
タイトルCrystal structure of the NTF2-like domain of human G3BP1 in complex with a peptide
要素
  • Nucleoporin repeat peptide
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NTF2-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / perikaryon ...DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / perikaryon / endonuclease activity / defense response to virus / ヘリカーゼ / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / 自然免疫系 / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA認識モチーフ ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Vognsen, T. / Kristensen, O.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of the Human G3BP1 NTF2-Like Domain Visualize FxFG Nup Repeat Specificity.
著者: Vognsen, T. / Moller, I.R. / Kristensen, O.
履歴
登録2012年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_source
Item: _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: Nucleoporin repeat peptide
D: Nucleoporin repeat peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3225
ポリマ－34,2274
非ポリマー951
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.780, 71.490, 89.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 16181.351 Da / 分子数: 2 / 断片: NTF2-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, ヘリカーゼ, ヘリカーゼ
#2: タンパク質・ペプチド Nucleoporin repeat peptide


分子量: 931.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月9日
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→28.38 Å / Num. all: 7987 / Num. obs: 7987 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 63.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.943 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 566 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4fcj

4fcj


解像度: 2.69→28.38 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 366 4.6 %random
Rwork0.2252 ---
obs0.2277 7954 99.16 %-
all-7987 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.93 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.2063 Å20 Å20 Å2
2--0.6092 Å20 Å2
3---9.5972 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→28.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 5 62 2303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5893090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.358830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-3.08310.42181310.30952470X-RAY DIFFRACTION100
3.0831-3.88280.27551220.2292493X-RAY DIFFRACTION99
3.8828-28.38330.23431130.19422625X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5711-1.50171.68312.9276-0.54067.8695-0.1155-0.2307-0.1246-0.19270.1533-0.51920.1366-0.59950.03810.1736-0.02230.04920.26830.02820.2691-5.431214.7132-8.7681
23.90840.24791.34021.9767-1.23433.94440.02620.0351-0.3727-0.09090.0252-0.11890.38780.1655-0.05830.21970.02950.0430.1563-0.02270.24851.95339.828-10.5288
32.0407-4.2761-0.2222.69840.54950.8515-0.20280.34630.12170.08050.16420.0144-0.0168-0.04210.03220.1894-0.0580.02530.34140.08190.3621-2.638111.0248-14.6801
44.0296-0.708-0.69935.0433-1.57742.18570.20470.29140.0172-0.0901-0.0927-0.0140.14920.3168-0.09590.42790.0238-0.04430.3324-0.02290.16065.75112.7152-34.8087
56.04661.3151-0.0364.5332-0.38032.9159-0.09890.454-0.049-0.22490.0657-0.11590.23770.19150.03610.30580.0569-0.01540.30970.01160.11478.445211.3299-27.9016
62.1487-1.05490.89511.6751.53363.73960.1831-0.18670.13360.2129-0.07810.5340.1621-0.3546-0.037-0.11560.2480.08620.85370.08610.73-13.080715.9645-11.0542
71.67163.1053-2.49381.9996-4.80283.7247-0.01260.25090.1105-0.2225-0.03810.1647-0.0679-0.20550.0841.1735-0.1879-0.36171.1822-0.47140.55140.06647.4341-39.6791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 7:42)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 43:116)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 117:138)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 1:66)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 67:138)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESSEQ 2:4)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND (RESSEQ 2:4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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