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- PDB-4fc9: Structure of the C-terminal domain of the type III effector Xcv32... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fc9
タイトルStructure of the C-terminal domain of the type III effector Xcv3220 (XopL)
要素uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / all-helical bilobal / secreted into plant host
機能・相同性: / Type III effector Xcv3220, C-terminal domain / : / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / cytoplasm / Type III effector Xcv3220-like C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Singer, A.U. / Xu, X. / Cui, H. / Tan, K. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the C-terminal domain of the type III effector Xcv3220 (XopL)
著者: Singer, A.U. / Schulze, S. / Xu, X. / Skarina, T. / Cui, H. / Egler, M. / Srikumar, T. / Raught, B. / Savchenko, A. / Bonas, U.
履歴
登録2012年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: uncharacterized protein
A: uncharacterized protein
C: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3859
ポリマ－70,0923
非ポリマー2936
水7,062392
1
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5244
ポリマ－23,3641
非ポリマー1603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4623
ポリマ－23,3641
非ポリマー982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3992
ポリマ－23,3641
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.198, 119.198, 38.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細according to PISA

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 23364.004 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 474-660 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (バクテリア)
株: 85-10 / 遺伝子: XCV3220 / プラスミド: p15Tvlic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q3BQL2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium Acetate, 30% PEG 4K, 4% ethylene glycol, 0.1 M Tris 8.5, cryoprotected with Paratone-N oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 110283 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.8→1.8309 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 2854 / Rsym value: 0.519 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHELXCD位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.63 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1957 3944 3.58 %random
Rwork0.1518 ---
obs0.154 110283 96.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.541 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7071 Å20 Å20 Å2
2---0.7071 Å2-0 Å2
3---1.4142 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4023 0 15 392 4430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7595769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8621580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7999-1.83090.31611880.31524875506384
1.8309-1.86420.27151960.28515006520288
1.8642-1.90.36411900.26965221541192
1.9-1.93880.25321750.24475288546393
1.9388-1.98090.24441840.23235402558695
1.9809-2.0270.25172090.22385428563795
2.027-2.07760.23882030.21925270547394
2.0776-2.13370.23431920.19655478567095
2.1337-2.19650.21652030.18885361556494
2.1965-2.26730.20891870.18035412559995
2.2673-2.34820.21681900.17695371556194
2.3482-2.44210.20081820.17125448563094
2.4421-2.55310.21571700.16635377554796
2.5531-2.68750.21031960.16815416561295
2.6875-2.85550.20642130.16125401561495
2.8555-3.07540.2481970.15295395559295
3.0754-3.38380.17522000.13625429562994
3.3838-3.87090.15051800.10535295547594
3.8709-4.86760.13871980.09195051524989
4.8676-21.46890.1731770.12255328550594
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.52347.6072-3.86939.0603-4.66842.41220.63-0.2290.33251.0803-0.38710.2109-0.4637-0.0705-0.23620.3988-0.0203-0.00180.2835-0.01150.1943-5.69072.72139.2752
29.4007-7.5637-4.59157.95964.61023.6120.18760.42570.2589-0.4728-0.23310.0625-0.449-0.1070.02480.18160.0084-0.0260.23650.1010.182715.987.9799-3.7044
34.6407-0.5291-2.27093.12120.93262.53980.0114-0.15920.0229-0.0317-0.0046-0.2011-0.11250.0754-0.00430.1171-0.0055-0.0070.17810.03680.117430.27490.2090.8087
41.95220.50910.43038.13662.03720.55870.0034-0.55220.21990.4717-0.01450.409-0.3944-0.4735-0.0070.30420.0460.10090.38620.04140.213611.00712.107715.5539
58.36646.10053.98064.663.82045.8302-0.48420.15220.4986-0.59380.22080.0022-0.22240.63680.31810.244-0.0110.03380.2726-0.02110.2584-7.5253-7.694610.2973
62.55162.7051.0293.08660.33962.9907-0.23620.0574-0.1722-0.19940.1996-0.0406-0.00290.03040.01170.1834-0.00760.03260.23450.0220.2228-1.4264-7.56634.6492
75.296-0.70640.85374.9626-2.93413.0223-0.1308-0.3994-0.9545-0.112-0.14010.14180.44970.16490.27410.18610.04090.0720.24710.09110.298117.3213-10.37310.1943
85.2091.1039-1.95262.10850.75791.955-0.2854-0.7085-0.48050.2686-0.1092-0.11740.1260.30770.40360.15350.04350.02130.25110.11450.203325.8376-9.0557.7817
94.9113-0.513-0.5844.5571.04541.48880.0414-0.22030.50510.24820.0222-0.086-0.1997-0.0348-0.09130.14450.02150.00340.16220.03010.130718.90817.2575.2314
106.59083.08527.25951.43923.39157.95630.0331-0.3389-0.03620.0241-0.14910.12890.04-0.23870.0670.2622-0.0953-0.00030.30040.03290.227961.5723-40.2943-9.7196
111.5949-0.58330.83499.4293-4.74553.8095-0.05640.3584-0.3486-0.56390.13370.26130.3489-0.229-0.06750.25720.0136-0.00360.2894-0.1090.235542.8306-28.8912-22.9678
122.1931-0.2050.36643.5813-1.49255.22170.08710.45490.05-0.3458-0.12090.2298-0.2154-0.49220.05230.20370.1056-0.05220.3297-0.01150.158536.721-11.65-22.5469
137.1494-4.0739-0.8012.56240.43850.0796-0.29-0.2931-0.45870.32660.24810.16290.06330.0720.12620.23270.0131-0.00580.19750.0120.150451.1249-25.5237-6.1333
143.3238-4.3556-0.04175.7267-0.19552.63130.13320.3653-0.0207-0.1767-0.0938-0.079-0.09270.0626-0.0010.19850.0053-0.03850.238-0.05050.172566.2319-30.8314-14.864
152.6875-1.0017-0.51654.4883-0.37581.3113-0.0583-0.05910.06280.22260.008-0.21190.0375-0.0120.04620.16440.0207-0.01180.156800.115747.6259-18.7091-12.1808
166.384-4.38311.57727.9876-5.98495.2204-0.0162-0.3618-0.57270.2330.3580.76370.2428-0.5694-0.36830.2495-0.06590.04620.2302-0.03070.308337.4074-28.6523-10.4837
172.0006-0.1659-4.8130.1416-0.48034.5301-0.39510.6718-0.3173-0.0826-0.4733-0.2614-0.19670.04980.62940.52070.0606-0.17920.40350.01250.667558.964641.1134-20.7957
181.8305-2.53143.03054.4738-5.73537.4614-0.2823-0.23910.22860.4390.0952-0.2242-0.2203-0.56190.20520.2846-0.06970.08070.3659-0.16530.436744.863824.6861-7.9995
192.06230.6847-0.99792.5362-1.04851.6541-0.01270.2211-0.0209-0.3195-0.0379-0.2461-0.0078-0.03910.04630.3291-0.09990.19750.3306-0.11310.391546.39712.2731-15.9065
208.18635.93740.08356.3439-0.02252.8208-0.093-0.51330.3059-0.1596-0.32010.26290.17050.04170.40210.25960.02160.10770.27280.03350.540967.618533.6236-18.4317
211.411-0.299-0.491.6683-0.00822.004-0.18850.3332-0.1264-0.5659-0.2043-0.54240.2762-0.2923-0.31410.2362-0.11690.44090.249-0.09610.457952.60115.3721-18.6072
224.0458-0.54292.90375.6566-1.218.4069-0.19830.51850.0982-0.54010.12560.34690.293-1.15170.12790.2376-0.04140.01750.3336-0.09280.325239.472521.9682-19.0162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 468:483)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 484:501)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 502:541)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 542:553)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 554:563)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 564:581)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 582:591)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 592:603)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 604:642)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 469:483)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 484:501)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resseq 502:530)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resseq 531:563)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resseq 564:581)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resseq 582:623)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resseq 624:639)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 469:483)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 484:501)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 502:553)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 554:581)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 582:623)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resseq 624:640)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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