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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fbo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Pseudomonas fluorescens agglutinin (PFA) | ||||||
![]() | Pseudomonas fluorescens agglutinin | ||||||
![]() | Carbohydrate binding protein / beta-barrel / HIV-inactivating | ||||||
機能・相同性 | Lipocalin - #450 / OAA-family lectin sugar binding domain / OAA-family lectin sugar binding domain / Lipocalin / carbohydrate binding / Beta Barrel / Mainly Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koharudin, L.M.I. / Gronenborn, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Anti-HIV Activity of the Oscillatoria agardhii Agglutinin Homolog Lectin Family. 著者: Koharudin, L.M. / Kollipara, S. / Aiken, C. / Gronenborn, A.M. #1: ![]() タイトル: Structural basis of the anti-HIV activity of the cyanobacterial Oscillatoria Agardhii agglutinin. 著者: Koharudin, L.M. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14024.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.0 M sodium citrate and 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月8日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→28.14 Å / Num. all: 26011 / Num. obs: 24397 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2334 / % possible all: 90.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3S5V 解像度: 1.7→28.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.452 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.1 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.737 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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