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万見
- PDB-4fas: Complex crystal structure of hydroxylamine oxidoreductase and NE1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fas
タイトルComplex crystal structure of hydroxylamine oxidoreductase and NE1300 from Nitrosomonas europaea
要素
  • Hydroxylamine oxidoreductase
  • NE1300
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydroxylamine oxidation / Heme c binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine dehydrogenase / hydroxylamine oxidase activity / hydroxylamine oxidase / anaerobic respiration, using ammonium as electron donor / hydroxylamine oxidoreductase activity / anammoxosome / protein homotrimerization / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Actin; Chain A, domain 4 - #100 / : / : / Hypothetical protein NE1300 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine oxidase / Seven times multi-haem cytochrome CxxCH ...Actin; Chain A, domain 4 - #100 / : / : / Hypothetical protein NE1300 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine oxidase / Seven times multi-haem cytochrome CxxCH / : / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Actin; Chain A, domain 4 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Chem-ISW / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Hydroxylamine oxidoreductase / Secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cedervall, P.E. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural studies of hydroxylamine oxidoreductase reveal a unique heme cofactor and a previously unidentified interaction partner.
著者: Cedervall, P.E. / Hooper, A.B. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2012年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxylamine oxidoreductase
B: Hydroxylamine oxidoreductase
C: Hydroxylamine oxidoreductase
D: NE1300
E: NE1300
F: NE1300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,14770
ポリマ－207,5436
非ポリマー18,60464
水14,142785
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21920 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area65470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.731, 142.618, 107.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Binds in three locations symmetrically around the hydroxylamine oxidoreductase trimer

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Hydroxylamine oxidoreductase / HAO


分子量: 61720.473 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 25-570 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 株: ATCC 19718 / 参照: UniProt: Q50925, hydroxylamine oxidase
#2: タンパク質 NE1300


分子量: 7460.459 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 23-91 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 株: ATCC 19718 / 参照: UniProt: Q82V11

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非ポリマー , 9種, 849分子

#3: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-ISW / {3,3'-[(9S)-8,13-diethenyl-3,7,12,17-tetramethyl-9,10-dihydroporphyrin-2,18-diyl-kappa~4~N~21~,N~22~,N~23~,N~24~]dipropanoato(2-)}iron / Isoporphyrin containing Fe


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.652.62
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2921蒸気拡散法7.50.1 M potassium nitrate, 0.1 M MES pH 7.5 and 46%(v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
2922蒸気拡散法7.50.1 M potassium nitrate, 0.1 M MES pH 7.5 and 46%(v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月11日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 125826 / Num. obs: 109103 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 32.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 9.554
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.036 / Num. unique all: 4298 / % possible all: 69.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectcollectデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Monomer of PDB ID: 1FGJ

1fgj


解像度: 2.1→42.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.823 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20583 5071 5 %RANDOM
Rwork0.16493 ---
all0.16701 119593 --
obs0.16701 95555 79.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.348 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å2-0 Å2
3---1.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2287 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13125 0 1279 785 15189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02114958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1022.05320366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.46651649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19424.613646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.487152344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8751578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0371.58265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.781213304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20236693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.394.57062
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 248 -
Rwork0.217 4625 -
obs--52.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1523-0.01160.03490.01290.02510.08580.0097-0.0204-0.0037-0.0123-0.01080.0034-0.0090.0010.00110.1375-0.00150.00260.1213-0.00090.125928.480339.675322.6908
20.2135-0.03770.00690.0320.09550.4758-0.0114-0.1654-0.02220.010.01290.0088-0.0076-0.0452-0.00150.019-0.0011-0.00110.13490.01120.143924.331441.534842.0003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 502
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 502
4X-RAY DIFFRACTION2E7 - 55
5X-RAY DIFFRACTION2D7 - 55
6X-RAY DIFFRACTION2F7 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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