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万見
- PDB-4f7z: Conformational dynamics of exchange protein directly activated by cAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f7z
タイトルConformational dynamics of exchange protein directly activated by cAMP
要素Rap guanine nucleotide exchange factor 4
キーワードEXOCYTOSIS / cyclic nucleotide / GEF / exchange factor / regulation / auto-inhibition / CDC25 homology domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Integrin signaling / Rap1 signalling / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / regulation of synaptic vesicle cycle / insulin secretion / small GTPase-mediated signal transduction ...Integrin signaling / Rap1 signalling / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / regulation of synaptic vesicle cycle / insulin secretion / small GTPase-mediated signal transduction / cAMP binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / small GTPase binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rap guanine nucleotide exchange factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者White, M.A. / Tsalkova, T.N. / Mei, F.C. / Liu, T. / Woods, V.L. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural analyses of a constitutively active mutant of exchange protein directly activated by cAMP.
著者: White, M.A. / Li, S. / Tsalkova, T. / Mei, F.C. / Liu, T. / Woods, V.L. / Cheng, X.
履歴
登録2012年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rap guanine nucleotide exchange factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7058
ポリマ－114,0601
非ポリマー6457
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.720, 95.350, 181.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rap guanine nucleotide exchange factor 4 / Epac2 / Exchange factor directly activated by cAMP 2 / Exchange protein directly activated by cAMP ...Epac2 / Exchange factor directly activated by cAMP 2 / Exchange protein directly activated by cAMP 2 / EPAC 2 / cAMP-dependent Rap1 guanine-nucleotide exchange factor / cAMP-regulated guanine nucleotide exchange factor II / cAMP-GEFII


分子量: 114060.438 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: F435G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rapgef4, Cgef2, Epac2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EQZ6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS ISOFORM 3 OF RAP GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 4 (Q9EQZ6-3), IN WHICH UNP RESIDUES ...PROTEIN IS ISOFORM 3 OF RAP GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 4 (Q9EQZ6-3), IN WHICH UNP RESIDUES 180-197 ARE MISSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.5, 200 mM sodium chloride, 1.3 M ammonium sulfate, 6% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.976269
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976269 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.46 Å / Num. obs: 37453 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2488 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BYV

2byv


解像度: 2.6→45.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2279149.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: VARIABLE / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1889 5 %THICK SHELLS
Rwork0.222 ---
obs0.222 35539 98.2 %-
all-37428 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1178 Å2 / ksol: 0.348488 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 78.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7607 0 42 17 7666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 131 7.4 %
Rwork0.345 1630 -
obs-1761 93.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_pmb.paramprotein_pmb.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand.paramligand.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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