+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xwt | ||||||
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Title | Crystal structure of RNase J complexed with UMP | ||||||
Components | DR2417 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / ribonuclease / two-metal-ion / dimerization / manganese / Deinococcus radiodurans | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / Hydrolases; Acting on ester bonds / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.003 Å | ||||||
Authors | Lu, M. / Zhang, H. / Xu, Q. / Hua, Y. / Zhao, Y. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: Structural insights into catalysis and dimerization enhanced exonuclease activity of RNase J Authors: Zhao, Y. / Lu, M. / Zhang, H. / Hu, J. / Zhou, C. / Xu, Q. / Shah, A.M.U.H. / Xu, H. / Wang, L. / Hua, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xwt.cif.gz | 434.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xwt.ent.gz | 358.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xwt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 61701.379 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant) Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) Rossetta / References: UniProt: H9CZL7 |
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-Non-polymers , 5 types, 332 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: PEG 4000, MnCl2, MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. obs: 98253 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 33.99 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 16.09 / Num. measured all: 588280 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.003→29.473 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.003→29.473 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 1.4293 Å / Origin y: 181.8578 Å / Origin z: 27.3601 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |