PDB-4xwt: Crystal structure of RNase J complexed with UMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xwt

タイトル

Crystal structure of RNase J complexed with UMP

要素

DR2417

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) /

ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / two-metal-ion /

dimerization /

manganese (マンガン) /

Deinococcus radiodurans (デイノコッカス・ラディオデュランス)

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

RNA binding / zinc ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.003 Å

データ登録者

Lu, M. / Zhang, H. / Xu, Q. / Hua, Y. / Zhao, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into catalysis and dimerization enhanced exonuclease activity of RNase J
著者: Zhao, Y. / Lu, M. / Zhang, H. / Hu, J. / Zhou, C. / Xu, Q. / Shah, A.M.U.H. / Xu, H. / Wang, L. / Hua, Y.

履歴

登録	2015年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xwt.cif.gz	434.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xwt.ent.gz	358.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xwwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xww-d 1pn0-1 4f7z-d 3t3o-1 4c75-d 7812 2cm3-1 2po4-d 5b47-d 1qf6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DR2417

B: DR2417

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.590, 87.760, 253.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DR2417 分子量: 61701.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rossetta / 参照: UniProt: H9CZL7

-
非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP / ウリジル酸分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, MnCl2, MES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 98253 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 33.99 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.042 / Net I/σ(I): 16.09 / Num. measured all: 588280

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.06		0.831	0.657	3.25	42663	7315	7177	0.716	98.1
2.06-2.11		0.896	0.493	4.24	44143	7225	7209	0.537	99.8
2.11-2.17		0.929	0.411	5.11	42482	6958	6946	0.447	99.8
2.17-2.24		0.959	0.323	6.21	41590	6805	6786	0.352	99.7
2.24-2.31		0.966	0.265	7.44	40236	6601	6582	0.289	99.7
2.31-2.39		0.978	0.217	8.74	39149	6376	6360	0.237	99.7
2.39-2.48		0.985	0.172	10.68	37527	6147	6123	0.188	99.6
2.48-2.59		0.989	0.141	12.68	36003	5945	5910	0.154	99.4
2.59-2.7		0.991	0.116	14.78	34363	5703	5666	0.126	99.4
2.7-2.83		0.994	0.094	17.56	32601	5468	5404	0.103	98.8
2.83-2.99		0.996	0.075	21.02	30553	5192	5113	0.083	98.5
2.99-3.17		0.996	0.062	24.74	28396	4939	4821	0.068	97.6
3.17-3.39		0.997	0.052	28.32	26334	4644	4504	0.057	97
3.39-3.66		0.997	0.047	30.78	24042	4331	4193	0.052	96.8
3.66-4.01		0.998	0.041	33.25	21752	4016	3857	0.045	96
4.01-4.48		0.998	0.038	35.84	20639	3647	3479	0.041	95.4
4.48-5.17		0.998	0.034	36.31	17806	3249	3059	0.038	94.2
5.17-6.33		0.998	0.033	36.29	15211	2757	2597	0.037	94.2
6.33-8.96		0.998	0.034	35.4	10204	2186	1865	0.037	85.3
	8.96	0.997	0.037	31.16	2586	1291	602	0.041	46.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XSCALE		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		data processing

精密化

解像度: 2.003→29.473 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	4898	4.99 %
R_work	0.2002	-	-
obs	0.2019	98248	97.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.003→29.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8288	0	60	322	8670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8587
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.121	11698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.23	3168
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1546

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0034-2.0261	0.3176	148	0.2832	3038	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0261-2.05	0.327	163	0.2776	3128	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.0749	0.3154	164	0.2662	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0749-2.1012	0.2804	169	0.2546	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1012-2.1288	0.3015	151	0.2568	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1288-2.158	0.3221	154	0.2577	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.158-2.1888	0.2674	152	0.2528	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1888-2.2215	0.2945	168	0.2471	3155	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2215-2.2562	0.2867	144	0.2377	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2562-2.2932	0.2732	165	0.2452	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2932-2.3327	0.3162	163	0.2365	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3327-2.3751	0.2848	187	0.2359	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4207	0.2552	163	0.2301	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4207-2.4701	0.2998	163	0.23	3174	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4701-2.5238	0.2837	152	0.2244	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5238-2.5825	0.2819	158	0.2231	3182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5825-2.647	0.2564	165	0.2294	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.647-2.7186	0.2708	170	0.2188	3136	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7186-2.7985	0.2727	179	0.2224	3121	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7985-2.8887	0.2834	169	0.2298	3154	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8887-2.9919	0.2391	170	0.2071	3124	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9919-3.1116	0.2594	166	0.2146	3117	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1116-3.253	0.2711	164	0.1981	3140	X-RAY DIFFRACTION	98
3.253-3.4243	0.2299	162	0.19	3086	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4243-3.6385	0.2293	156	0.1875	3127	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6385-3.9188	0.1836	166	0.1642	3087	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9188-4.3121	0.166	185	0.1552	3080	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3121-4.9335	0.1796	180	0.1474	3069	X-RAY DIFFRACTION	94
4.9335-6.2061	0.1958	155	0.1709	3113	X-RAY DIFFRACTION	94
6.2061-29.4761	0.2342	147	0.2136	2516	X-RAY DIFFRACTION	73

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.4293 Å / Origin y: 181.8578 Å / Origin z: 27.3601 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3566 Å²	-0.1454 Å²	-0.0012 Å²	-	0.3402 Å²	-0.0391 Å²	-	-	0.2203 Å²
L	0.756 °²	-0.2834 °²	0.1361 °²	-	1.9878 °²	-0.0174 °²	-	-	0.4992 °²
S	0.0401 Å °	-0.0863 Å °	-0.0855 Å °	0.4065 Å °	-0.0088 Å °	0.0553 Å °	0.0327 Å °	-0.0137 Å °	-0.026 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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