PDB-4f7r: Crystal structure of 14-3-3 protein from Giardia intestinalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f7r

タイトル

Crystal structure of 14-3-3 protein from Giardia intestinalis

要素

14-3-3 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / 9-alpha-helix / homodimer / signal transduction

機能・相同性

機能・相同性情報

signal transduction / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Fiorillo, A. / Ilari, A. / Lalle, M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure of Giardia duodenalis 14-3-3 in the Apo Form: When Protein Post-Translational Modifications Make the Difference.
著者: Fiorillo, A. / di Marino, D. / Bertuccini, L. / Via, A. / Pozio, E. / Camerini, S. / Ilari, A. / Lalle, M.

履歴

登録	2012年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月1日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f7r.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f7r.ent.gz	159.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5by9-1 5by9-2 5kcm-d 1ed3-d 6dfv-d 3smt-2 2zok-5 5gu6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 14-3-3 protein

B: 14-3-3 protein

C: 14-3-3 protein

D: 14-3-3 protein

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 14-3-3 protein

B: 14-3-3 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 14-3-3 protein

D: 14-3-3 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.879, 100.879, 140.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	GLY	GLY	3	A	A	10 - 35	15 - 40
2	1	1	TYR	TYR	GLY	GLY	3	B	B	10 - 35	15 - 40
3	1	1	TYR	TYR	GLY	GLY	3	C	C	10 - 35	15 - 40
1	2	1	LEU	LEU	GLU	GLU	3	A	A	40 - 70	45 - 75
2	2	1	LEU	LEU	GLU	GLU	3	B	B	40 - 70	45 - 75
3	2	1	LEU	LEU	GLU	GLU	3	C	C	40 - 70	45 - 75
1	3	1	GLN	GLN	TYR	TYR	3	A	A	86 - 140	91 - 145
2	3	1	GLN	GLN	TYR	TYR	3	B	B	86 - 140	91 - 145
3	3	1	GLN	GLN	TYR	TYR	3	C	C	86 - 140	91 - 145
1	4	1	GLU	GLU	THR	THR	3	A	A	147 - 208	152 - 213
2	4	1	GLU	GLU	THR	THR	3	B	B	147 - 208	152 - 213
3	4	1	GLU	GLU	THR	THR	3	C	C	147 - 208	152 - 213
1	5	1	SER	SER	ASN	ASN	5	A	A	221 - 233	226 - 238
2	5	1	SER	SER	ASN	ASN	5	B	B	221 - 233	226 - 238
3	5	1	SER	SER	ASN	ASN	5	C	C	221 - 233	226 - 238
1	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	5	A	A	10 - 35	15 - 40
2	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	5	D	D	10 - 35	15 - 40
1	2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	4	A	A	40 - 70	45 - 75
2	2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	4	D	D	40 - 70	45 - 75
1	3	2	GLN	GLN	TYR	TYR	4	A	A	86 - 140	91 - 145
2	3	2	GLN	GLN	TYR	TYR	4	D	D	86 - 140	91 - 145
1	4	2	LYS	LYS	ALA	ALA	4	A	A	148 - 206	153 - 211
2	4	2	LYS	LYS	ALA	ALA	4	D	D	148 - 206	153 - 211
1	5	2	SER	SER	ASN	ASN	5	A	A	221 - 233	226 - 238
2	5	2	SER	SER	ASN	ASN	5	D	D	221 - 233	226 - 238

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.482498, -0.858673, 0.172847), (-0.857851, -0.503115, -0.10472), (0.176883, -0.09775, -0.979366)	14.1366, 24.42003, -3.25733
3	given	(-0.536446, 0.842018, -0.056853), (0.836399, 0.53943, 0.097216), (0.112526, 0.004599, -0.993638)	6.41969, -60.24574, -3.67889

#1: タンパク質	14-3-3 protein 分子量: 29023.725 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2QBT8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日

放射

モノクロメーター: Diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 26426 / Num. obs: 26426 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 87.1 Å² / R_sym value: 0.125 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.31	6.9	2.8	0.762	1	100
3.31-3.45	7	4.3	0.507	1	100
3.45-3.6	7	6.2	0.357	1	100
3.6-3.79	7	8.5	0.255	1	100
3.79-4.03	7	12.9	0.161	1	100
4.03-4.34	7	17.9	0.107	1	100
4.34-4.78	7	20.5	0.091	1	100
4.78-5.47	7	21	0.09	1	100
5.47-6.89	7	21.9	0.085	1	100
6.89-50	7	53.7	0.033	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 18.364 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1338	5.1 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.18741	25056	99.96 %	-
all	-	25056	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.463 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.36 Å²	1.18 Å²	0 Å²
2-	-	2.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7716	0	80	0	7796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	7918
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.799	1.98	10676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.752	3	13375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.445	5	946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.535	24.201	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.563	15	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.997	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	78	MEDIUM POSITIONAL	0.72	0.5
1	2	B	78	MEDIUM POSITIONAL	0.68	0.5
1	3	C	78	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
1	1	A	1494	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
1	2	B	1494	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
1	3	C	1494	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
1	1	A	1033	TIGHT THERMAL	3.39	0.5
1	2	B	1033	TIGHT THERMAL	4.59	0.5
1	3	C	1033	TIGHT THERMAL	2.92	0.5
1	1	A	78	MEDIUM THERMAL	3.18	2
1	2	B	78	MEDIUM THERMAL	1.4	2
1	3	C	78	MEDIUM THERMAL	3.22	2
1	1	A	1494	LOOSE THERMAL	3.82	10
1	2	B	1494	LOOSE THERMAL	4.92	10
1	3	C	1494	LOOSE THERMAL	3.3	10
2	1	A	2259	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
2	1	A	308	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
2	1	A	2259	MEDIUM THERMAL	8.63	2
2	1	A	308	LOOSE THERMAL	5.79	10

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	91	-
R_work	0.292	1880	-
obs	-	-	99.8 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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