PDB-4f73: Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f73

タイトル

Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of CA-p2 cleavage site

要素

N terminal product of substrate CA-p2
Protease

キーワード

hydrolase/hydrolase product / HIV-1 protease / substrate complex / AIDS / product complex / Aspartyl protease / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase product complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Mittal, S. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of CA-p2 cleavage site
著者: Mittal, S. / Nalam, M.N.L. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2012年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f73.cif.gz	97.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f73.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f74 4f75 4f76
類似構造データ	1zbg-d 1ebk-2 3gi6-d 6b3h-d 3o9a-d 6dh7-d 4njt-1 1hpo-d 6pjl-d 5uov-d 3o9d-d 1xl2-d 1bv7-d 3bgc-d 6pu8-d 2qhy-d 3b80-d 2qd6-d 4f76-d 1d4s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

C: N terminal product of substrate CA-p2

D: N terminal product of substrate CA-p2

ヘテロ分子

22.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.788, 58.327, 61.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10801.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド	N terminal product of substrate CA-p2 分子量: 587.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: synthetic peptide corresponding to CA-p2 cleavage site 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS CRYSTALLIZED ACTIVE PROTEASE WITH 10-MER LENGTH PEPTIDE CORRESPONDING TO CA-P2 CLEAVAGE ...AUTHORS CRYSTALLIZED ACTIVE PROTEASE WITH 10-MER LENGTH PEPTIDE CORRESPONDING TO CA-P2 CLEAVAGE SITE. DURING CRYSTALLIZATION, PROTEASE CLEAVED THE 10-MER PEPTIDE TO TWO 5-MER PRODUCTS (N-TERMINAL KARVLAEAMS C-TERMINAL, WHERE INDICATES SITE OF HYDROLYSIS). INITIALLY N-TERMINAL PRODUCT IS MODELED IN THE STRUCTURE AS K1-A2-R3-V4-L5. THE C-TERMINAL PRODUCT THAT SHOULD HAVE BEEN THEORETICALLY PRESENT NEXT TO N-TERMINAL PRODUCT IN THE PROTEASE ACTIVE SITE MAY HAVE PROBABLY DIFFUSED AWAY POST CLEAVAGE AND (THE DENSITY FOR IT) IS ABSENT IN THE CRYSTAL STRUCTURE. WHAT AUTHORS OBSERVED IS A PARTIAL DENSITY FOR ANOTHER N-TERMINAL PRODUCT FRAGMENT IN ITS PLACE. THIS IS BECAUSE THE CRYSTALLIZED DIMER IS NOT UNIQUELY ORIENTED IN THE CRYSTAL LATTICE. POSSIBLY DUE TO THE AVERAGING OF ELECTRON DENSITY OF ANOTHER PROTEASE DIMER WITH N-TERMINAL PRODUCT THAT IS IN THE OPPOSITE ORIENTATION AS THE FIRST LEADS TO THE OVERALL IMPRESSION OF TWO, SEPARATE N-TERMINAL PRODUCTS BEING PRESENT IN THE ACTIVE SITE OF THE CRYSTALLIZED PROTEASE DIMER. THEREFORE, ARVLLVR IS MODELELD IN ACTIVE SITE WHICH IS NOTHING BUT TWO n-TERMINAL PEPTIDES IN OPPOSITE DIRECTIONS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 14927 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.038 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	7.9	0.426	1457	1.048	1	100
1.97-2.05	7.9	0.31	1470	1.065	1	100
2.05-2.14	7.9	0.256	1461	1.05	1	100
2.14-2.25	7.9	0.205	1461	1.021	1	100
2.25-2.39	7.9	0.18	1472	1.03	1	100
2.39-2.58	7.8	0.142	1491	1.072	1	100
2.58-2.84	7.8	0.11	1481	1.005	1	100
2.84-3.25	7.6	0.084	1506	1.046	1	100
3.25-4.09	7.4	0.057	1515	1.023	1	100
4.09-50	6.9	0.036	1613	1.022	1	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→42.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.1652 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8725 / SU B: 6.715 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1571 / SU R_free: 0.1501 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2225	754	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1674	-	-	-
obs	0.17	14809	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.4 Å² / B_iso mean: 25.3862 Å² / B_iso min: 11.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1538	0	10	83	1631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	1.988	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.795	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.788	24.516	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.012	15	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.738	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.646	1.5	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.201	1.5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.119	2	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.83	3	591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.839	4.5	533

LS精密化シェル

解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	58	-
R_work	0.17	1009	-
all	-	1067	-
obs	-	-	98.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.8845	3.0818	-7.3156	6.5263	-7.1201	9.8758	-0.085	0.2156	-0.0156	-0.4851	0.0791	-0.0058	0.411	-0.1783	0.0059	0.3482	-0.0989	-0.0376	0.176	-0.0376	0.0543	20.6752	1.7574	-1.9366
2	13.691	1.2729	3.4986	2.7918	0.6928	0.9658	0.1067	0.2458	-0.4614	-0.1305	0.0115	-0.2552	0.0604	0.0542	-0.1182	0.1546	-0.007	0.0563	0.0756	-0.0055	0.0817	31.1985	-2.4079	6.0633
3	7.9165	1.5444	-0.1449	5.1598	2.211	2.5425	-0.2602	-0.1472	-0.4108	-0.2113	0.2098	-0.5871	0.1987	0.0723	0.0504	0.152	0.0359	0.0751	0.0596	0.0162	0.2131	38.3647	-4.2952	8.4067
4	5.8338	-5.4743	-3.7879	8.0848	6.2156	4.8816	-0.1207	-0.0234	-0.2266	0.1748	-0.0003	0.1684	0.1855	0.0059	0.121	0.1493	-0.0002	0.0269	0.0676	0.0139	0.0644	23.7308	2.2434	10.702
5	14.0735	-12.9177	0.2687	22.1202	-1.0632	3.3923	-0.2729	-0.3748	-0.3566	0.4102	0.225	-0.0576	0.132	0.1051	0.0478	0.074	-0.0336	-0.0015	0.0789	-0.0044	0.0573	30.8673	-0.8011	17.6917
6	10.7168	3.6265	-1.5719	11.0682	9.8129	11.1053	-0.0998	-0.1932	-0.3994	-0.1927	0.3495	-0.4219	-0.162	0.481	-0.2497	0.1591	0.0319	-0.0192	0.2436	0.0596	0.2404	42.8869	-1.3062	20.0256
7	22.7631	-0.9744	-5.8217	3.859	-0.9472	6.5826	0.1549	-1.1548	0.7643	0.2662	-0.1381	-0.1929	0.1739	0.5523	-0.0167	0.1518	-0.0261	-0.0423	0.1547	-0.0395	0.0756	34.8899	1.6681	28.714
8	3.1386	1.0696	-0.8452	5.5523	2.5125	1.7399	-0.1023	0.1055	0.6791	0.0476	0.0259	0.6969	0.0689	-0.0426	0.0764	0.1799	-0.0215	-0.006	0.1874	0.0421	0.192	21.0657	-2.0905	24.6377
9	14.8625	10.1556	-7.1033	9.8402	-4.2391	4.2939	0.2281	-0.3422	-0.0774	0.4646	-0.2795	-0.1495	-0.0542	0.497	0.0515	0.1087	-0.0004	-0.033	0.1682	0.0045	0.0404	32.6805	-1.3087	25.9919
10	1.7371	2.0533	-0.6179	5.1944	-6.4137	11.901	0.2302	-0.3591	-0.0646	0.2476	-0.6418	-0.2676	-0.0613	0.6477	0.4116	0.0958	-0.0042	-0.0316	0.2205	-0.0245	0.2354	40.1087	6.5695	18.6142
11	7.7874	-1.7816	5.6428	11.542	-6.4069	19.5422	0.2033	0.7428	-0.2827	-0.6267	0.0323	-0.1851	-0.0894	0.3076	-0.2355	0.1258	0.0011	0.0707	0.0886	-0.032	0.114	36.2934	5.6181	4.5856
12	0.895	0.1403	0.7647	5.0045	-0.7657	2.1696	0.0247	-0.1493	0.0352	0.2019	-0.0439	-0.1301	-0.0419	0.0508	0.0191	0.0233	0.005	0.0073	0.0603	-0.0002	0.0791	34.264	2.4658	17.3006
13	1.5523	-4.478	2.0683	13.4695	-5.521	3.1269	0.0828	-0.0748	-0.1636	0.0334	0.203	0.4298	0.3539	-0.076	-0.2859	0.1823	-0.0219	0.0072	0.1227	0.0125	0.1551	28.2495	-2.4422	13.3172
14	5.4496	1.6282	1.6597	4.7184	-0.0766	0.5832	-0.0627	0.0729	0.0801	-0.1223	0.0328	-0.0692	-0.0049	0.0237	0.0299	0.0604	-0.0069	0.0202	0.0611	-0.0119	0.075	29.3238	10.2035	10.6211
15	5.4341	7.0826	5.0147	9.2499	6.2407	9.6303	-0.2647	-0.2238	0.2886	-0.3307	-0.2741	0.3594	-0.3148	-0.3741	0.5388	0.1738	-0.0048	-0.025	0.1342	-0.0016	0.0901	18.5405	10.4992	2.7858
16	10.2262	3.8126	7.4671	4.0452	3.5789	9.3087	-0.2123	0.3565	0.6234	-0.5176	-0.0268	0.4509	-0.4021	0.0352	0.2391	0.2397	0.0083	-0.0499	0.1293	0.0108	0.1777	20.3122	14.7913	7.5855
17	28.1231	-0.2063	0.8052	0.3465	0.9638	3.2396	-0.194	-0.6395	0.3358	0.0385	-0.0028	0.1555	0.006	-0.0817	0.1968	0.1338	0.0222	0.0277	0.1222	0.0052	0.2203	14.3136	10.8941	13.964
18	11.6534	7.4068	-1.745	13.3351	5.0549	4.6666	0.1955	-0.0834	0.6597	0.6499	-0.5886	1.0812	0.3425	-0.3906	0.3931	0.2046	0.0267	0.0328	0.3977	-0.0358	0.2756	-0.4403	5.4836	12.3681
19	18.0577	-4.7001	-6.1148	5.2499	2.3258	3.9105	0.0658	-0.1172	-0.1791	0.2814	-0.148	0.2397	-0.2767	-0.2642	0.0821	0.1249	-0.0115	0.0181	0.1171	-0.0123	0.1421	8.5092	7.7851	14.161
20	9.3335	4.5505	-3.2234	7.3252	-0.2605	2.0626	-0.0179	-0.066	-0.4918	-0.0239	-0.0059	-0.3162	0.2511	-0.0125	0.0238	0.1133	-0.0119	-0.028	0.0988	0.0152	0.0939	15.9306	-2.2874	9.9171
21	23.7188	0.7605	-15.4536	5.4924	4.5307	26.9482	0.4027	-0.7575	-0.0282	0.2568	-0.1986	0.361	-0.5393	-0.0037	-0.2041	0.1212	-0.0248	0.0272	0.0817	0.0406	0.0998	6.4821	-0.6135	19.664
22	14.5067	9.3641	7.9091	17.4626	11.5581	7.964	0.1036	-0.2434	0.6904	-0.1338	-0.5287	0.596	-0.0555	-0.3706	0.4251	0.1643	0.02	-0.025	0.2792	0.104	0.2297	-2.966	-4.8718	16.6875
23	39.7915	-4.9981	4.4504	4.1853	-2.2008	5.1517	-0.229	-0.6731	-0.2819	-0.1837	0.4725	0.3611	0.3476	-0.4525	-0.2435	0.0955	-0.053	-0.0173	0.099	0.0462	0.1177	5.7975	-13.5602	16.8243
24	13.9286	10.2041	1.3094	7.7858	2.3149	6.1372	-0.0517	0.132	0.0854	-0.0755	0.0973	0.0352	-0.233	0.1142	-0.0456	0.0932	-0.0245	-0.0207	0.0661	0.0441	0.0771	18.9716	-8.6362	20.0218
25	11.2788	0.9273	6.7635	4.3015	-1.4145	10.6567	0.2135	-0.2917	-0.1148	0.0897	0.2248	0.3946	0.4228	-0.1559	-0.4383	0.0721	-0.0204	0.0034	0.0671	0.0366	0.0901	7.4964	-10.0407	18.9353
26	11.5061	-6.6049	5.8659	10.6092	-9.3384	8.2225	0.3077	0.1713	-0.5218	-0.5745	-0.0657	0.2435	0.5092	0.0294	-0.242	0.1233	-0.0606	-0.0256	0.1606	0.0547	0.1392	0.5923	-5.8425	8.5685
27	4.0655	0.6085	-4.3655	0.3932	0.9461	15.3834	0.0603	-0.2227	0.4792	0.0018	-0.1843	0.1051	-0.4611	-0.0295	0.124	0.1474	-0.0348	-0.0679	0.1486	0.043	0.1774	4.8845	7.5625	4.758
28	1.8971	-2.5384	4.2795	13.236	-11.3684	12.9128	0.0343	0.001	-0.0011	0.2575	0.1871	0.4831	-0.1482	-0.1042	-0.2215	0.1092	-0.0152	-0.018	0.1151	0.0129	0.143	3.5257	-1.3809	5.1613
29	6.383	2.8373	-2.0433	6.8446	-0.2136	7.5382	0.1775	-0.7345	-0.0902	0.4026	-0.1931	-0.0085	-0.6606	0.3328	0.0156	0.1158	-0.0198	0.0163	0.1481	0.0511	0.0932	9.1335	-3.4568	20.0745
30	5.6682	-1.3079	-6.3735	8.3891	5.8695	12.865	0.1298	-0.2266	0.1581	0.3103	0.1106	0.1238	0.14	0.1772	-0.2404	0.0475	-0.0224	-0.006	0.0378	0.0148	0.0519	12.7899	0.8863	12.1795
31	2.0792	-0.6505	2.4582	4.7046	-1.2584	2.9636	-0.1856	0.0236	0.0518	-0.2943	0.1969	0.4054	-0.1347	-0.0103	-0.0113	0.1903	-0.0578	-0.0517	0.2107	0.0406	0.1232	10.7311	1.0207	2.3419
32	32.7972	8.2331	4.1549	8.3569	-1.5922	3.9872	-0.4092	0.245	-0.053	-0.4841	0.3957	-0.1448	0.17	0.199	0.0135	0.1353	-0.0372	0.0024	0.0904	-0.0183	0.0372	22.8389	7.3731	0.7205

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 22
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	23 - 28
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	29 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	36 - 41
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	42 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	47 - 53
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	54 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	59 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	64 - 69
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	70 - 80
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	81 - 86
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	87 - 94
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	95 - 99
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	1 - 6
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	7 - 12
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	13 - 18
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	19 - 24
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	25 - 31
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	32 - 35
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	36 - 41
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	42 - 46
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	47 - 53
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	54 - 58
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	59 - 63
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	64 - 69
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	70 - 75
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	76 - 81
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	82 - 87
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	88 - 94
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	95 - 99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)