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- PDB-4f6n: Crystal structure of Kaiso zinc finger DNA binding protein in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6n
タイトルCrystal structure of Kaiso zinc finger DNA binding protein in complex with methylated CpG site DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
  • Transcriptional regulator Kaiso
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc finger / protein-DNA complex / double helix / DNA binding / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / methyl-CpG binding / regulation of cytokine production / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...regulation of immune system process / methyl-CpG binding / regulation of cytokine production / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...: / Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator Kaiso
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Buck-Koehntop, B.A. / Stanfield, R.L. / Ekiert, D.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wilson, I.A. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular basis for recognition of methylated and specific DNA sequences by the zinc finger protein Kaiso.
著者: Buck-Koehntop, B.A. / Stanfield, R.L. / Ekiert, D.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wilson, I.A. / Wright, P.E.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Kaiso
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1758
ポリマ－27,7943
非ポリマー3805
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.049, 183.402, 230.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-802-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transcriptional regulator Kaiso / Zinc finger and BTB domain-containing protein 33


分子量: 16086.575 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB33, KAISO, ZNF348 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)[DNAY] / 参照: UniProt: Q86T24

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 5824.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 5882.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M NaCl, 0.1M sodium cacodylate, 10% glycerol, 30% Peg 600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→65 Å / Num. all: 11780 / Num. obs: 11780 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.36 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 536 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Kaiso from complex with Kaiso binding site protein

解像度: 2.8→65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26148 558 4.7 %RANDOM
Rwork0.22847 ---
obs0.23009 11779 99.32 %-
all-11779 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 761 15 15 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5792.4352755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3645119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.5921.27355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.15515185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2641511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021201
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 44 -
Rwork0.389 763 -
obs-763 94.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1190.34150.65688.74940.64781.8565-0.0354-0.0430.30290.53720.1238-0.2909-0.43510.0419-0.08850.18050.05060.03020.18840.0050.2151-14.6827-27.273724.1289
24.28320.4622-1.40295.15030.12687.52880.1324-0.82710.28440.86520.0594-0.1733-1.03750.3513-0.19180.44640.03210.06650.3147-0.01830.2965-16.8148-23.055829.4536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A481 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 19
3X-RAY DIFFRACTION2E21 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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