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万見
- PDB-4f6m: Crystal structure of Kaiso zinc finger DNA binding domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6m
タイトルCrystal structure of Kaiso zinc finger DNA binding domain in complex with Kaiso binding site DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
  • Transcriptional regulator Kaiso
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc finger / protein-DNA complex / double helix / DNA binding / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-CpG binding / regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...methyl-CpG binding / regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...: / Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator Kaiso
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Buck-Koehntop, B.A. / Stanfield, R.L. / Ekiert, D.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wilson, I.A. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular basis for recognition of methylated and specific DNA sequences by the zinc finger protein Kaiso.
著者: Buck-Koehntop, B.A. / Stanfield, R.L. / Ekiert, D.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wilson, I.A. / Wright, P.E.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Kaiso
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9336
ポリマ－27,7373
非ポリマー1963
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.760, 185.180, 112.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator Kaiso / Zinc finger and BTB domain-containing protein 33


分子量: 16086.575 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB33, KAISO, ZNF348 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)[DNAY] / 参照: UniProt: Q86T24
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量: 5780.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量: 5869.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.67 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium nitrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.2819 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 18774 / Num. obs: 18774 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.67 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.64 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 927 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→34.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23986 950 5.1 %RANDOM
Rwork0.22212 ---
all0.22306 18773 --
obs0.22306 18773 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 773 3 83 1835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8382.4472715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8095117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.15920.76952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.0515181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8231512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021175
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 69 -
Rwork0.382 1292 -
obs-1361 99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3511-0.39850.37288.7515-0.42571.2941-0.06170.05780.1543-0.40870.0750.448-0.3758-0.0038-0.01330.1444-0.0175-0.01990.1139-0.01420.149215.035765.079829.6909
24.7128-0.30040.88037.34980.570910.6076-0.09910.15890.0281-0.38460.26070.3649-0.1061-0.2875-0.16160.0338-0.0397-0.03040.1016-0.00270.142614.776667.485826.6934
37.2193-0.89081.2538.6824-0.52886.8806-0.22090.25380.3591-0.37070.2040.5622-0.8283-0.06260.01690.1273-0.014-0.04240.03080.03140.105814.966368.525526.3774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A482 - 597
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3E20 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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