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- PDB-5vmv: Kaiso (ZBTB33) zinc finger DNA binding domain in complex with its... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vmv | ||||||
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Title | Kaiso (ZBTB33) zinc finger DNA binding domain in complex with its double CpG-methylated DNA consensus binding site | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / DNA methylation / Zinc finger / Transcriptional regulator / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of immune system process / methyl-CpG binding / regulation of cytokine production / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...regulation of immune system process / methyl-CpG binding / regulation of cytokine production / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nikolova, E.N. / Stanfield, R.L. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: CH···O Hydrogen Bonds Mediate Highly Specific Recognition of Methylated CpG Sites by the Zinc Finger Protein Kaiso. Authors: Nikolova, E.N. / Stanfield, R.L. / Dyson, H.J. / Wright, P.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 120.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 90.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5vmuC ![]() 5vmwC ![]() 5vmxC ![]() 5vmyC ![]() 5vmzC ![]() 4f6nS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16217.771 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 471-604 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: DNA chain | Mass: 5544.634 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.89 Å3/Da / Density % sol: 68.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 30 % (v/v) 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.313→45.443 Å / Num. obs: 17383 / % possible obs: 90.81 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.35 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08636 / Net I/σ(I): 13.11 |
Reflection shell | Resolution: 2.313→2.396 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2765 / Mean I/σ(I) obs: 4.29 / Num. unique obs: 946 / CC1/2: 0.945 / % possible all: 51.16 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4F6N Resolution: 2.313→45.443 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.313→45.443 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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