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- PDB-4f58: Fab structure of a neutralizing antibody L3 from an early subtype... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f58
タイトルFab structure of a neutralizing antibody L3 from an early subtype A HIV-1 infected patient
要素
  • Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
  • Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig / antibody / gp120
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.488 Å
データ登録者Pan, R.M. / Kong, X.P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Viral Escape from Neutralizing Antibodies in Early Subtype A HIV-1 Infection Drives an Increase in Autologous Neutralization Breadth.
著者: Murphy, M.K. / Yue, L. / Pan, R. / Boliar, S. / Sethi, A. / Tian, J. / Pfafferot, K. / Karita, E. / Allen, S.A. / Cormier, E. / Goepfert, P.A. / Borrow, P. / Robinson, J.E. / Gnanakaran, S. / ...著者: Murphy, M.K. / Yue, L. / Pan, R. / Boliar, S. / Sethi, A. / Tian, J. / Pfafferot, K. / Karita, E. / Allen, S.A. / Cormier, E. / Goepfert, P.A. / Borrow, P. / Robinson, J.E. / Gnanakaran, S. / Hunter, E. / Kong, X.P. / Derdeyn, C.A.
履歴
登録2012年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
H: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
M: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
I: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
N: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
J: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
O: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
K: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,22223
ポリマ－187,7818
非ポリマー1,44115
水12,286682
1
L: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
H: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3306
ポリマ－46,9452
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
2
M: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
I: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2335
ポリマ－46,9452
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
3
N: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
J: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3306
ポリマ－46,9452
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
4
O: Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3
K: Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3306
ポリマ－46,9452
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.403, 126.413, 120.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
Light chain of Fab of a neutralizing antibody L3


分子量: 22495.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Heavy chain of Fab of a neutralizing antibody L3


分子量: 24449.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 28% PEG 4K, 0.17 M Li2SO4, 0.085 M Tris pH 8.5, and 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月27日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.488→46.5 Å / Num. all: 75889 / Num. obs: 76041 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.488→2.54 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F57

4f57


解像度: 2.488→46.5 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2564 3776 5 %random
Rwork0.208 ---
obs0.2105 75512 98.27 %-
all-76841 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.515 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.082 Å2-0 Å20.3747 Å2
2---6.7244 Å2-0 Å2
3---13.8064 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.488→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13078 0 75 682 13835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16518382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1884726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4882-2.51970.3366920.28661893X-RAY DIFFRACTION70
2.5197-2.55290.35151360.28662665X-RAY DIFFRACTION99
2.5529-2.58780.37471310.28872663X-RAY DIFFRACTION99
2.5878-2.62480.32171390.26982698X-RAY DIFFRACTION99
2.6248-2.6640.34461290.26022686X-RAY DIFFRACTION100
2.664-2.70560.351380.252696X-RAY DIFFRACTION100
2.7056-2.750.31941390.23352661X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.79740.28891240.2292688X-RAY DIFFRACTION100
2.7974-2.84820.24251390.23242687X-RAY DIFFRACTION100
2.8482-2.9030.30671490.2372665X-RAY DIFFRACTION99
2.903-2.96230.31621330.24772709X-RAY DIFFRACTION100
2.9623-3.02670.28161420.23652668X-RAY DIFFRACTION100
3.0267-3.0970.29111170.21552730X-RAY DIFFRACTION100
3.097-3.17450.28091580.21592675X-RAY DIFFRACTION99
3.1745-3.26030.28131360.21192694X-RAY DIFFRACTION100
3.2603-3.35620.24321500.21472676X-RAY DIFFRACTION100
3.3562-3.46450.2581630.20742645X-RAY DIFFRACTION99
3.4645-3.58830.24161610.20342658X-RAY DIFFRACTION100
3.5883-3.73190.24181360.19862696X-RAY DIFFRACTION100
3.7319-3.90160.25291400.19392708X-RAY DIFFRACTION99
3.9016-4.10720.22031650.18422659X-RAY DIFFRACTION99
4.1072-4.36440.19281380.16252685X-RAY DIFFRACTION99
4.3644-4.70110.23031390.15592700X-RAY DIFFRACTION99
4.7011-5.17360.21541400.1742714X-RAY DIFFRACTION100
5.1736-5.92090.20481390.1842700X-RAY DIFFRACTION100
5.9209-7.45480.25811510.21932737X-RAY DIFFRACTION100
7.4548-46.51240.22941520.20932680X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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