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- PDB-4f4o: Structure of the Haptoglobin-Haemoglobin Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f4o
タイトルStructure of the Haptoglobin-Haemoglobin Complex
要素
  • (Hemoglobin subunit ...) x 2
  • Haptoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT/TRANSPORT PROTEIN / Globin Fold / Serine Protease Fold / Complement Control Protein / Haemoglobin scavenging / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex / OXYGEN TRANSPORT-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging of heme from plasma / Neutrophil degranulation / zymogen activation / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / antioxidant activity / immune system process ...Scavenging of heme from plasma / Neutrophil degranulation / zymogen activation / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / antioxidant activity / immune system process / acute-phase response / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / blood microparticle / defense response to bacterium / iron ion binding / serine-type endopeptidase activity / heme binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haptoglobin / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : ...Haptoglobin / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Ribbon / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta / Haptoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Andersen, C.B.F. / Torvund-Jensen, M. / Nielsen, M.J. / Oliveira, C.L.P. / Hersleth, H.P. / Andersen, N.H. / Pedersen, J.S. / Andersen, G.R. / Moestrup, S.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the haptoglobin-haemoglobin complex.
著者: Andersen, C.B. / Torvund-Jensen, M. / Nielsen, M.J. / de Oliveira, C.L. / Hersleth, H.P. / Andersen, N.H. / Pedersen, J.S. / Andersen, G.R. / Moestrup, S.K.
履歴
登録2012年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_src_nat / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_nat.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_nat / Item: _entity.details
改定 2.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Haptoglobin
D: Hemoglobin subunit alpha
E: Hemoglobin subunit beta
F: Haptoglobin
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Haptoglobin
J: Hemoglobin subunit alpha
K: Hemoglobin subunit beta
L: Haptoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,30943
ポリマ－278,60912
非ポリマー9,70031
水00
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Haptoglobin
D: Hemoglobin subunit alpha
E: Hemoglobin subunit beta
F: Haptoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,36722
ポリマ－139,3056
非ポリマー5,06216
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12480 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area50930 Å2
手法PISA
2
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Haptoglobin
J: Hemoglobin subunit alpha
K: Hemoglobin subunit beta
L: Haptoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,94221
ポリマ－139,3056
非ポリマー4,63815
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area50870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.880, 197.780, 322.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
13
23
14
24
15
25
35
45

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111Chain A
211Chain D
311Chain G
411Chain J
112Chain B
212Chain E
312Chain H
113Chain F and resid 38:97
213Chain L and resid 38:97
114Chain C and resid 38:97
214Chain I and resid 38:97
115Chain C and (resid 103:148 or resid 150:247 or resid 249:320 or resid 322:346)
215Chain F and (resid 103:148 or resid 150:247 or resid 249:320 or resid 322:346)
315Chain I and (resid 103:148 or resid 150:247 or resid 249:320 or resid 322:346)
415Chain L and (resid 103:148 or resid 150:247 or resid 249:320 or resid 322:346)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細The biological unit is composed of a Haptoglobin dimer binding two heamoglobin dimers.

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要素

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15064.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from red blood cells / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P01965
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16058.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from red blood cells / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02067

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質
Haptoglobin / Haptoglobin alpha chain / Haptoglobin beta chain


分子量: 38529.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from serum / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q8SPS7

-
糖 , 3種, 15分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 16分子

#6: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / 詳細: Purified from serum
#7: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG3350 10% Jeffamine M-600 200 mM Ammonium Citrate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 .0
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月13日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: Unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
201
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 104337 / Num. obs: 103264 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.37 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.9-34.270.7242.030.635194.6
3-3.14.580.5173.050.489199.5
3.1-3.24.540.4183.890.393199.8
3.2-3.54.390.2556.340.231199.8
3.5-44.50.12412.660.107199.6
4-54.320.06721.530.058199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QPW, 2QYO

1qpw

2qyo


解像度: 2.9→20 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 2251 2.18 %
Rwork0.2112 --
obs0.2116 103246 99.01 %
all-104337 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.012 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3861 Å2-0 Å20 Å2
2---5.5029 Å20 Å2
3---3.1168 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18508 0 652 0 19160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01219756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6226875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6076945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1222963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073382
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
13G1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
14J1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
21B1189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E1189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
23H1189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
31F481X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32L481X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
41C481X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42I481X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
51C1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52F1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.115
53I1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.133
54L1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9003-2.96340.37181280.36985774X-RAY DIFFRACTION92
2.9634-3.03230.38971400.35636304X-RAY DIFFRACTION99
3.0323-3.10810.3811360.32696215X-RAY DIFFRACTION100
3.1081-3.19220.36531410.31576334X-RAY DIFFRACTION100
3.1922-3.28610.32021380.28926270X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.39210.30191400.26936268X-RAY DIFFRACTION100
3.3921-3.51330.26611410.26186342X-RAY DIFFRACTION100
3.5133-3.6540.23861410.24986302X-RAY DIFFRACTION100
3.654-3.82020.2571410.2256317X-RAY DIFFRACTION100
3.8202-4.02150.21711710.19586294X-RAY DIFFRACTION100
4.0215-4.27330.18231130.17866372X-RAY DIFFRACTION100
4.2733-4.60310.18361620.15586315X-RAY DIFFRACTION99
4.6031-5.06590.18261080.15946392X-RAY DIFFRACTION99
5.0659-5.79790.20741680.17576383X-RAY DIFFRACTION100
5.7979-7.3010.20831120.19526535X-RAY DIFFRACTION99
7.301-49.45220.18981710.18656578X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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