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万見
- PDB-4f3u: Crystal structure of 5-hydroxy-2'-deoxycytidine base paired with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3u
タイトルCrystal structure of 5-hydroxy-2'-deoxycytidine base paired with 2'-deoxyguanosine in Dickerson Drew Dodecamer
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(5OC)P*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / 5-hydroxy-dC / modified Dickerson / 5-hydroxy-2'-deoxycytidine
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Szulik, M.W. / Nocek, B. / Joachimiak, A. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of 5-hydroxy-2'-deoxycytidine base paired with 2'-deoxyguanosine in Dickerson Drew Dodecamer
著者: Szulik, M.W. / Nocek, B. / Joachimiak, A. / Stone, M.P.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(5OC)P*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(5OC)P*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3833
ポリマ－7,3592
非ポリマー241
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.287, 40.217, 65.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(5OC)P*GP*CP*G)-3')


分子量: 3679.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% MPD, 40mM sodium cacodylate, 12 mM spermine-tetra-HCl, 80mM sodium chloride, 20mM magnesium chloride., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25 Å / Num. all: 13718 / Num. obs: 13485 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-CollectCollectデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 436D

436d


解像度: 1.401→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.612 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 658 4.9 %RANDOM
Rwork0.17234 ---
all0.18 13382 --
obs0.17555 12724 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.09 Å20 Å20 Å2
2---2.47 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 488 1 94 583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.011546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.41.479840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg6.2193610
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3270.274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0360.02290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0270.02122
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.4783802
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.672520
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.9255819
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.438 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 58 -
Rwork0.233 778 -
obs--93.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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