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- PDB-4f3j: Crystal Structure of Trimeric gC1q Domain of Human C1QTNF5 associ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3j
タイトルCrystal Structure of Trimeric gC1q Domain of Human C1QTNF5 associated with Late-onset Retinal Macular Degeneration
要素Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Late-onset Retinal Macular Degeneration / L-ORMD / L-ORD / AMD / age-related macular degeneration / C1QTNF5 / CTRP5 / S163R / Ser163Arg / drusen / retinal deposites / 10-strand jelly-roll fold / MFRP / RPE / ciliary body
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen trimer / inner ear development / lateral plasma membrane / protein secretion / bicellular tight junction / transport vesicle / cell projection / apical plasma membrane / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls ...: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.337 Å
データ登録者Tu, X. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the globular domain of C1QTNF5: Implications for late-onset retinal macular degeneration.
著者: Tu, X. / Palczewski, K.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4241
ポリマ－16,4241
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5

A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5

A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2733
ポリマ－49,2733
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.621, 46.621, 138.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-304-

HOH

31A-326-

HOH

41A-346-

HOH

51A-380-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5


分子量: 16424.301 Da / 分子数: 1 / 断片: C1QTNF5 gC1q domain, UNP residues 103-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1QTNF5, CTRP5, UNQ303/PRO344 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXJ0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 5.0, 2 M NaCl, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.337→46.277 Å / Num. all: 25129 / Num. obs: 25129 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.337-1.412.50.3242.2839233430.32489.1
1.41-1.495.10.1863.91804735300.18699.8
1.49-1.650.1255.61627432810.125100
1.6-1.725.30.0827.91641731230.082100
1.72-1.8950.0659.41418028300.065100
1.89-2.115.30.0510.71358825480.0599.9
2.11-2.4450.04613.11148422860.046100
2.44-2.995.40.045121027419100.045100
2.99-4.2250.0657.7727814640.065100
4.22-46.2774.90.0826.139578140.082100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.28 Å
Translation2.5 Å46.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.337→46.277 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.76 / FOM work R set: 0.8959 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 17.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1649 1268 5.11 %RANDOM
Rwork0.1363 ---
obs0.1378 24801 97.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.032 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.91 Å2 / Biso mean: 26.6506 Å2 / Biso min: 3.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1914 Å2-0 Å20 Å2
2--4.1914 Å2-0 Å2
3----8.3827 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.337→46.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 0 90 1206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3731573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.046397
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.337-1.39040.33971180.2742223234184
1.3904-1.45370.25731330.20922662279598
1.4537-1.53040.21271410.14522644278599
1.5304-1.62620.18451440.123626802824100
1.6262-1.75180.15951170.10012684280199
1.7518-1.92810.15881500.105926772827100
1.9281-2.20710.15851540.11792655280999
2.2071-2.78070.15861530.13612637279099
2.7807-46.2770.15281580.14342671282999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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